對於每一個進入生物領域的人，基本都避免不了分子克隆，當然就需要一個稱手的 DNA 比對軟體。今天給大家強烈推薦一款 DNA 比對軟體：
APE（a plasmid editor）
這款軟體不僅能做 DNA 序列比對，DNA 序列翻譯，還能夠做引物設計，酶切位點設計，質粒圖譜構建（這個還是 snapgene 更好用，不過人家是收費的），ORF 查找等非常多的實用功能，下面我來詳細介紹一下這幾個常用的功能。
在對話框中粘貼序列，工具欄有反向互補的工具，圖標為雙向箭頭，當反向測序時可用。再新建另一個文件，將所需序列粘貼，即可進行比對：
在 Tools 中選擇 Align Two Sequence 進行雙序列的比對，結果一目了然，mismatch 都被紅色標註清楚，雙擊想看的位置可進入到對話框中，方便找到突變的位置。
選中你想翻譯的序列，ctrl+T 即可進行對 DNA 序列翻譯成蛋白序列，還可自己進行設計每行顯示多長以及蛋白簡寫的方式。
輸入序列，在 Tools 裡找到 find primers，彈出對話框，包含有長度、Tm 值、GC 含量、GC clamp、二級結構等參數可以自行設計。
在做分子克隆的時候，要將片段插入到質粒中常用的方法就是酶切連接，這時候就要考慮目的片段選用什麼酶切位點合適。
同樣將序列輸入後，單擊 Enzymes 選擇 Enzyme Seletion 或者快捷方式 ctrl+E，即可彈出一個限制性內切酶列表，裡面有常用的酶。單擊酶可以對需要的內切酶進行標記，雙擊酶的名稱，即可彈出酶的酶切位點信息。
在將滑鼠單擊序列的任意位置，然後從該位置開始往後 （Find Next） 或往前 （Find Previous）查找 ORF 的序列，單擊 Find Next，軟體給出查找的結果。
APE 的 Tools 中還有許多功能，如質粒圖譜構建、sgRNA 設計、Golden Gate Reaction 等強大的設計功能，滿足實驗室大部分常規的使用，大家可就自己的需求進行學習。
軟體下載連結：
http://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/
封面來源：站酷海洛 Plus
圖片來源：作者提供