一款簡易的基因序列對比軟體,你值得擁有!!!

2021-03-01 醫學方

APE是一款序列分析軟體,可以對序列進行分析比對,引物設計,DNA序列翻譯等等,因此它的用途是十分廣泛的,如分子克隆等。那麼今天就給大家介紹一下它的下具體應用步驟吧。打開軟體後,點擊File-new,建立對話框,複製所要分析序列。或者點擊open,打開下載的序列(fasta或者gb格式)。

點擊Enzymes,進入Enzymes select,可以對序列進行包含酶切位點分析,在進行克隆實驗時,儘量避免選擇序列所包含的限制性內切酶,避免插入片段被酶切。為克隆實驗提供參考。

選中序列後,點擊Tool中Find primer,軟體默認引物長度為20—25nt,GC含量45-60%,Tm值55-60度,軟體可以自動分析序列,設計特異性引物,非常方便。

打開兩個序列文件,點擊Tool中Align two sequence, 可以對兩個文件進行序列比對,其中不同序列部分軟體進行紅色標註,一目了然。

選中序列後,點擊Tool中 sgRNA可以進行輔助設CRISPR/CAS9引物。建議作為參考。

選中序列後,點擊Ctrl+T,可以將選中序列翻譯為蛋白質序列。

   該軟體還有許多其他功能,在這裡不一一介紹了,大家可以親自體驗下軟體的應用。忘記一件重要的事情,想獲得,回復「APE」獲取軟體壓縮包哦!!!「醫學方」始終致力於服務「醫學人」,將最前沿、最有價值的臨床、科研原創文章推送給各位臨床醫師、科研人員

醫學方已推出「實驗室那些事兒」「SCI寫作技巧」「文獻精讀與解析」「醫學英語輕鬆學」「國自然基金申請」「臨床數據挖掘」、「基因數據挖掘」、「R語言教程」、「醫學統計學」、「微創動物實驗培訓」等多個專題課程,如需了解課程詳細推文,可關注「醫學方」公眾號,點擊「精品專題」進入

騰訊課堂:https://medfun.ke.qq.com

網易雲課堂:http://study.163.com/u/ykt1467466791112

客服電話:15821255568

客服微信:yixuefang1234

溫馨提示:醫學方還設有專門的討論群哦~各位明星導師都在群中,可以解答各位的遇到的問題,如有興趣,可以加客服微信後加入群聊...

相關焦點

  • 乾貨時間 | 序列比對,科研必備的幾款軟體!
    今天我們詳細地給大家介紹一款必會比對程序BLAST的用法,再給大家說一說幾種常用比對軟體的優缺點,方便大家自己選擇。 BLAT(The BLAST-Like Alignment Tool)也是一款常用的序列比對工具,對於DNA序列,BLAT是用來設計尋找95%及以上相似至少25個鹼基的序列。對於蛋白序列,BLAT是用來設計尋找80%及以上相似至少20個胺基酸的序列。
  • 乾貨 | 一款超好用的 DNA 序列比對軟體
    今天給大家強烈推薦一款 DNA 比對軟體:APE(a plasmid editor)這款軟體不僅能做 DNA 序列比對,DNA 序列翻譯,還能夠做引物設計,酶切位點設計,質粒圖譜構建(這個還是 snapgene 更好用,不過人家是收費的),ORF
  • 使用BioNumerics軟體批量下載NCBI中基因序列
    使用BioNumerics軟體批量下載NCBI中基因序列大家可能曾經都被如何批量下載NCBI中的數據所困擾,在NCBI的網站上苦苦搜尋,但是無從下手。本文將介紹如何通過BioNumerics軟體實現基因序列的批量下載。
  • 序列比對綜合分析軟體
    Geneious 8.0.3序列綜合分析軟體;MACAW 2.05多序列構建與分析軟體。Clustal W 2.1用來對核酸與蛋白序列進行多序列比對(multiple sequence alignment)的軟體。FASTA 36.3.6f。將一條序列與另一條序列進行比較或在資料庫中查找同源序列並輸出。
  • 昆明植物所完成新款基因組DNA微衛星序列軟體的研發
    昆明植物所完成新款基因組DNA微衛星序列軟體的研發 來源:昆明植物研究所   發布者:左麗媛   日期:2016-09-09   今日/總瀏覽:3/2443
  • 三款Android音樂播放軟體耗電量對比測試
    這個段子絕對不是空穴來風,如果你手頭正有這樣一部電老虎似的智能機的話,那麼充電器和數據線幾乎就要隨身攜帶了。而在電池耗電的原因中,我們發現耗電的快慢又與你安裝的每個app應用耗電情況存在必然的聯繫。為了幫助廣大網友更好地選擇APP應用,Candou評測小組嘗試對國內比較知名的APP應用進行了一個橫向測試,希望用相對客觀的方式得出他們耗電量的情況,供你在選擇下載時參考,而今天為大家帶來的是三款音樂播放軟體的耗電量測試。
  • 香蕉為何擁有人類基因?單看DNA序列,你和香蕉的相似度超過60%
    也許你會覺得這種說法有些荒謬,但事實上所有不同生物的DNA代碼都有相似的聯繫,比如我們經常見到的水果:香蕉,裡面就有60%的DNA和我們人類是相似的。香蕉基因跟人類相似,到底是不是無稽之談?DNA和基因又有何區別?人類和香蕉的相似度是真的嗎?香蕉為何會擁有人類基因呢?這個統計數據到底從何而來?
  • 常用在線序列比對工具
    EMBL-EBI提供大量的對比工具在線服務,並不代表其擁有這些工具的所有權。 按工具功能大致可以分為3類:配對序列比對工具,多序列比對工具以及序列相似性搜索工具。>該主頁提供了多款多序列比對工具,其中Clustal Omega結果形式是全局比對形式,但是算法還是局部比對算法,不建議在分子進化樹分析過程使用Clustal相關程序,因為其速度及準確度均遜色於下述的MAFFT及MUSCLE。
  • 序列比對軟體
    今天小編特意給大家整理分享了有關序列比對綜合分析的軟體,聰明的你們快來試試有沒有心儀的軟體工具。Geneious         序列綜合分析軟體(https://www.geneious.com/)ClustalW  2.1用來對核酸與蛋白序列進行多序列比對(multiple sequence alignment
  • 手機電池不給力 兩款電量檢測軟體對比評測
    今天小編就給大家帶來兩款Android手機的電量監測軟體,看看到底是哪一款軟體的效果更好。  軟體名稱:GO省電  軟體大小:1.42 MB  適用平臺:Android 2.2.x以上  GO省電是GO團隊開發的一款專業電池管理工具,可以通過調節手機屏幕亮度、開啟/關閉網絡等方法幫助我們節省電池電量,同時還可以監視每款軟體的耗電情況
  • 醫學生物行業常用專業軟體介紹
    一、DNA基因分析類軟體1、SnapGene是一款功能強大的DNA序列分析軟體,使用能夠幫用戶分析和修改DNA圖譜並將它們導出到其他格式,支持分析酶切位點、標籤、啟動子、終止子和複製子等質粒原件,生成詳細的DNA序列文件。
  • 曙光生物基因序列研究解決方案
    包括了兩層含義,一是對海量基因數據的收集、整理與服務;二是從數據中發現新的規律,也就是用好這些數據。         廣泛使用的基因序列比對和搜索軟體有Fasta ,Blast,以及多序列搜索工具Clustalw,Clustalx,這些基因組信息學軟體都已經在曙光伺服器上得到部署和應用,並有相應的成功案例。
  • 【雨果推薦】外貿Loft HD:一款可隨時隨地開發客戶的移動辦公軟體
    當別人已在夢鄉之中遨遊時,你還拖著疲憊之身在辦公室裡「挑燈夜戰」。當別人已在夢鄉之中遨遊時,你還拖著疲憊之身在辦公室裡「挑燈夜戰」。 不過,「苦逼」的外貿人將迎來巨大的利好消息:外貿行業首款移動辦公軟體面世了,以後工作再也不用局限於三尺辦公桌和高壓的辦公室裡,對於要加班加點的外貿人,更可以輕鬆實現在家辦公或者找個心儀舒適的環境奮戰。
  • 手機看書誰最強 四款主流閱讀軟體橫評對比
    但面對種類繁多的手機閱讀軟體,各位書友們會不會感到迷茫?那麼到底在手機上看書誰的體驗最好呢?今天,我們就對現在市面上比較流行的書旗小說、掌閱、QQ閱讀和多看閱讀四款閱讀軟體進行一下對比評測,看看到底誰是手機上看書體驗最好的軟體。為了保證測試的準確性,我們在同一場景下環境下進行了測試,測試機型是Smartisan M1L,系統版本為Android 6.0.1。
  • 這5款英語口語軟體總有一款適合你
    不過得益於移動網際網路技術的快速發展,現在有越來越多的手機軟體app開始致力於幫助學員以提升口語為核心。   以下這5款口語軟體就是大多數英語學習者下載了會一直保留在手機裡的軟體,相信裡面總有一款適合你哦。
  • 8款電腦小軟體,瞬間提升你的逼格!
    大家電腦上一定都有很多軟體,但是有的時候感覺操作起來並不讓人很享受,也不是很便捷。今天,小編給大家整理了8款小眾卻實用的電腦軟體,快點拿去提升逼格吧!1.證照之星證照之星是一款頂級的證件照製作方面的軟體。
  • 如何使用Sequencher軟體查看DNA序列
    Sequencher是DNA序列分析的工業標準軟體。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作,並且因為它的極速 Contig組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具,以及卓越的技術支持而眾所周知。使用Sequencher軟體查看DNA序列使用Sequencher的方法步驟:A、查看峰圖或編輯打開軟體載入文件(abl格式)雙擊打開文件,可見序列信息點擊右上角的「show chromatogram」可見峰圖
  • 動態範圍大作戰 三款HDR軟體效果對比
    對於Photomatix Pro,是一款專門做HDR的軟體,雖然專門做HDR的軟體很多,但是Photomatix Pro由於功能強大,而且效果出眾,自帶效果非常符合現代攝影中HDR的審美風格,因此深受風光攝影師喜愛。但是這一款不具備圖像處理功能,單純是HDR的軟體,而且不能內置於PS作為插件使用,因此後期調色還需要搭配PS進行。
  • 這是一塊具有強大科技基因的定製狗牌,你也值得擁有!
    如題,今天要和大家分享的是一塊狗牌,一塊具有強大科技基因和網際網路基因的定製狗牌。
  • 一款千元級別極具性價比的限量款智能手錶,你絕對值得擁有
    如今消費者對於智能手錶這一詞彙可以說早已經不再陌生,隨著近兩年來智能穿戴的井噴式發展,從簡單的智能手環到功能更加豐富的智能手錶早已融入人們的生活,雖不能稱得上生活所必需,但卻變得不再神秘隨處可見。作為一名」穿戴迷」的本人從小米手環時代開始對於此類產品就一直關注,至今也是上手嘗試過幾款,一番體驗下來相對而言智能手錶以更加豐富的可玩性深受本人青睞,所以對於智能手錶動向本人一直格外關注,而縱觀目前整個智能手錶市場,16年由騰訊與歌爾注資參與的真時科技推出的Pacewear Hype智能手錶一直令本人印象非常深刻,而本次有幸的是在真時科技周年之際本人幸運的拿到了其限量周年紀念款