最近，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室「百人計劃」章張研究員，帶領其團隊成功開發出「編碼蛋白質DNA序列並行比對工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）」。該研究成果發表在《生物醫藥與生物物理研究通訊》（Biochemical and Biophysical Research Communications，BBRC）期刊上。
同源序列比對是生物信息學最普遍使用的分析方法之一，其中，編碼蛋白質DNA序列比對最為常見，對比較基因組學、分子進化學、系統發育等領域具有重要的基礎意義。為獲取相應的比對結果，通常採用的方法是將蛋白序列的比對結果「回譯」（back-translate）成DNA比對序列，這樣的比對結果比直接進行DNA序列比對更可靠、準確。為此，科學家提出了多個不同的工具，採用的策略都是先進行蛋白質序列比對，然後將比對結果回譯成DNA比對。然而，這些工具每次只能處理一組同源數據，無法實現多組同源序列的對比工作。
鑑於傳統工具所產生的弊端，基因組所科研人員開發了ParaAT，成功解決了此項科研難題。ParaAT可實現多組同源編碼蛋白質DNA序列的並行比對，不僅解決了大規模、多組同源序列的比對工作，同時也大大降低了運行時間，獲得了較好的並行加速比（speedup），適合海量數據的分析工作。
ParaAT可在不同作業系統下運行，支持多種不同的輸出格式，方便後續相關的生物信息學分析（如用於檢測自然選擇壓力的KaKs_Calculator）。(生物谷Bioon.com)
A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments
Zhang Zhanga, Jingfa Xiaoa, Jiayan Wua, Haiyan Zhangb, Guiming Liua, Xumin Wanga, Lin Dais
Constructing multiple homologous alignments for protein-coding DNA sequences is crucial for a variety of bioinformatic analyses but remains computationally challenging. With the growing amount of sequence data available and the ongoing efforts largely dependent on protein-coding DNA alignments, there is an increasing demand for a tool that can process a large number of homologous groups and generate multiple protein-coding DNA alignments. Here we present a parallel tool – ParaAT that is capable of parallelly constructing multiple protein-coding DNA alignments for a large number of homologs. As testified on empirical datasets, ParaAT is well suited for large-scale data analysis in the high-throughput era, providing good scalability and exhibiting high parallel efficiency for computationally demanding tasks. ParaAT is freely available for academic use only at http://cbb.big.ac.cn/software