clusterProfiler事後丸: 轉換ID為SYMBOL

2021-02-12 YuLabSMU

有一些軟體做了檢驗之後，是不告訴你那些基因在某個富集的通路中，顯然做為生物學家，是對此有興趣的。clusterProfiler系列，全部函數都會輸出，但看基因ID，比如ENTREZID或ENSEMBLE，這些都對人類不友好，看了你也不知道是什麼，為了讓大家看結果的時候，還能有點感覺，我們需要把基因翻譯成symbol，有那麼一批函數比如DO、GO、Reactome的分析都是有readable參數的，但有一些是沒有這個參數的，我被問得最多的是KEGG的分析為什麼沒有！

首先GO為什麼有？因為enrichGO和gseGO都是使用OrgDb，而OrgDb本身帶有ID轉換的注釋，而KEGG是在線去檢索KEGG資料庫的，KEGG並沒有提供這些信息，當然對於少量大家比較熟悉的模式生物，要支持還是很容易的，然而有些物種支持，有些不支持，大家又會問了，憑什麼我做的物種被BS了。所以啊，大家都不支持，挺公平。其實KEGG資料庫裡那麼多的生物，很多物種是沒有基因名的，有很多生物的注釋還停留在基因座，你讓我幫你轉ID，臣妾做不到啊。

但起碼對能支持的物種支持一下唄，以我一貫的作風，能幫小白解決的小問題，我都會去解決。於是我們有setReadable函數。但凡你能找到一個OrgDb，你就能用來轉ID，就這樣。

library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)

data(geneList, package="DOSE")
de <- names(geneList)[1:100]
x <- enrichKEGG(de)
## The geneID column is ENTREZID
head(x, 3)

##                ID         Description GeneRatio  BgRatio
## hsa04110 hsa04110          Cell cycle      8/47 124/7466
## hsa04218 hsa04218 Cellular senescence      7/47 160/7466
## hsa04114 hsa04114      Oocyte meiosis      6/47 125/7466
##                pvalue     p.adjust       qvalue
## hsa04110 8.437729e-07 9.450256e-05 0.0000888182
## hsa04218 5.568944e-05 3.118608e-03 0.0029310229
## hsa04114 1.195585e-04 4.463517e-03 0.0041950345
##                                        geneID Count
## hsa04110 8318/991/9133/890/983/4085/7272/1111     8
## hsa04218    2305/4605/9133/890/983/51806/1111     7
## hsa04114         991/9133/983/4085/51806/6790     6

y <- setReadable(x, OrgDb = org.Hs.eg.db, keyType="ENTREZID")
## The geneID column is translated to symbol
head(y, 3)

##                ID         Description GeneRatio  BgRatio
## hsa04110 hsa04110          Cell cycle      8/47 124/7466
## hsa04218 hsa04218 Cellular senescence      7/47 160/7466
## hsa04114 hsa04114      Oocyte meiosis      6/47 125/7466
##                pvalue     p.adjust       qvalue
## hsa04110 8.437729e-07 9.450256e-05 0.0000888182
## hsa04218 5.568944e-05 3.118608e-03 0.0029310229
## hsa04114 1.195585e-04 4.463517e-03 0.0041950345
##                                                 geneID
## hsa04110 CDC45/CDC20/CCNB2/CCNA2/CDK1/MAD2L1/TTK/CHEK1
## hsa04218     FOXM1/MYBL2/CCNB2/CCNA2/CDK1/CALML5/CHEK1
## hsa04114          CDC20/CCNB2/CDK1/MAD2L1/CALML5/AURKA
##          Count
## hsa04110     8
## hsa04218     7
## hsa04114     6

這不僅限於KEGG，你用自己注釋的時候，你也能用，即使你用了本來支持readable參數的函數，忘記加了，你也不用再跑一遍，因為你可以吃事後丸。同時這個函數也支持compareCluster的輸出。

其它的事後丸請猛擊：

常年招碩博士、博士後，約麼？

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