小麥基因id轉換

2021-02-15 小麥研究聯盟
小麥基因id轉換

小麥中國春基因組有眾多版本，也有了眾多的基因id。

不同研究之間使用的id不同，就不容易做比較。

如果想要知道是不是同一個基因，往往需要使用blast進行搜索，比對等。

今天我們提供一個基因id轉換的小工具，可以將以前版本的基因id轉換成最新版的基因id，即IWGSCv1.1版本。

http://202.194.139.32/idConvert/

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一次最多可以提交100個基因。我們也有提供所有基因的下載連結，如果需要可以自行下載。

結果如下所示：

其中code一欄，在提交頁面有一張圖片進行了解釋。如上述結果中，字母j表示查詢的TGAC轉錄本和1.1版本的轉錄本是可變剪切的關係。

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下面這張圖片是相關的字母解釋

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其實，我們前面也推送過一次基因ID轉換的內容。

小麥注釋基因不同ID之間的轉換

這還是只是一個基因組的不同基因id之間的轉換。現如今，小麥也有了眾多的基因組，每個基因組都從頭注釋一遍也不太現實。在多數情況下，是可以將中國春基因直接對應到其他基因組上的。當然也可以將小麥祖先物種的基因對應到中國春基因組上的。如果大家急需，請留言或者點讚吧。

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  • Gene ID 轉換工具
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  • 功能富集分析、基因ID轉換、查找同源基因、SNP注釋一站式服務
    個人覺得挺好看的呢~2、基因ID轉換該網站的基因ID轉換包括：1）60個物種基因ID的轉換；2）Ensembl, Refseq, Illumina, Entrezgene and Uniprot identifiers等不同資料庫來源基因ID的轉換；3）基因，蛋白質，晶片探針等ID轉換；進入網址：https
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    論文通訊作者之一焦雨鈴告訴《中國科學報》，原因在於小麥基因組異常龐大和複雜。一方面，小麥基因組的數量有17Gb，是水稻基因組的40餘倍、玉米基因組的5倍多。另一方面，小麥的基因組包含3套高度相似的亞基因組，來自於3種原本獨立的麥類植物，這些複雜性嚴重製約了小麥遺傳和育種研究。
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    近日，北京市農林科學院/北京雜交小麥工程技術中心研究員張立平團隊系統剖析了茉莉酸甲酯通路上關鍵轉錄因子MYC基因家族及其功能，有望為小麥育種和改良提供新思路。相關成果發表於《BMC基因組學》雜誌。因此，「花葯開裂度」成為影響小麥光溫敏不育系BS366育性的又一個關鍵因素。 白建芳介紹，先前通過噴施外源茉莉酸甲酯，也使BS366在可育環境下增加花葯開裂度，進而提高結實率，因此推測該不育系花葯開裂異常與茉莉酸合成及調控途徑相關。「同時，我們發現茉莉酸信號途徑參與了光溫敏雄性不育小麥的育性轉換，然而目前對其分子機制還不清楚。」
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