小麥基因定位與基因組研究平臺構建

近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）小麥基因資源發掘與利用創新團隊牽頭構建了小麥基因定位與基因組研究平臺-WheatGmap（https://www.wheatgmap.org），為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的數據利用、分析和共享平臺。近日，相關研究成果在線發表於《分子植物》。

作科所研究員孔秀英介紹，集群分離分析（BSA）作為一種在分離群體中鑑定目標基因的方法，由於其高效、低成本的優點被廣泛應用。然而，對於缺乏生物信息學背景的研究者來說，如何深度分析高通量測序獲得的數據、正確選擇最優算法、有效利用已公布的海量數據成為當前應用BSA方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的限速步驟。研發一個界面友好、易操作的專業性數據處理平臺將對推動小麥研究有重要應用意義。

該平臺目前整合併分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序數據，包括全基因組測序(WGS)，外顯子組測序(WES)和轉錄組測序(RNA-seq)數據。為了方便用戶利用這些資源，網站整合了SNP-index、 Euclidean distance (ED)、QTLseqr和varBScore四種BSA模型。此外，網站集成了序列比對、基因注釋、表達分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。研究人員以黃綠突變體 ygl1 基因的快速定位和克隆為例介紹了群體構建、數據在線分析、候選基因篩選等流程。WheatGmap為小麥研究者提供了一個界面友好、易操作的小麥基因定位與基因組研究平臺，該平臺整合了多種基於BSA定位的模型和大量的數據，可以幫助科研工作者利用BSA方法進行小麥基因定位、克隆與功能研究，也可以共享測序數據及表型數據。同時，隨著泛基因組時代的來臨，後續還會對平臺進行數據更新與升級，使其功能變得更強大。（來源：中國科學報 張晴丹）

相關論文信息：https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.11.018

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