我國科學家構建小麥基因定位與基因組研究平臺
2020-12-22 新京報新京報訊（記者 周懷宗）隨著科技的發展，分子生物學、基因組學等在育種中使用的越來越廣泛。近日，一個小麥基因定位與基因組研究平臺—WheatGmap構建成功，該平臺由中國農科院作科所小麥基因資源發掘與利用創新團隊牽頭構建。據介紹，這一成果為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的數據利用、分析和共享平臺。相關研究成果在線發表於《分子植物（Molecular Plant）》。
WheatGmap頁面。網絡截圖
據團隊科學家孔秀英研究員介紹，集群分離分析作為一種在分離群體中鑑定目標基因的方法，由於具有高效、低成本的優點被廣泛應用。然而，對於缺乏生物信息學背景的研究者來說，如何才能深度分析高通量測序獲得的數據、正確選擇最優算法、有效利用已公布的海量數據？這成為限制當前應用集群分離分析方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的問題。因此，研發一個界面友好、易操作的專業性數據處理平臺，對推動小麥研究有重要的應用意義。
據介紹，該平臺目前整合併分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序數據，包括全基因組測序(WGS)、外顯子組測序(WES)和轉錄組測序(RNA-seq)數據。為了方便用戶利用這些資源，網站整合了四種集群分離分析模型，還集成了序列比對、基因注釋、表達分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。可以幫助科研工作者利用集群分離分析方法進行小麥基因定位、克隆與功能研究，也可以共享測序數據及表型數據。
同時，隨著泛基因組時代的來臨，團隊後續還會對平臺進行數據更新與升級，使其功能變得更強大。
WheatGmap頁面研究得到國家重點研發計劃、中國農科院科技創新工程和國家自然科學基金等支持。
新京報記者 周懷宗
編輯 張樹婧 校對 柳寶慶
來源：新京報
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