「最全」新版PubMed檢索攻略

2020-12-05 言爸說育兒

Pubmed改版以後,劉老師醫學統計發過一期教學內容:新版pubmed,配上這款插件,太好用了

這一期為大家準備了一個更全的檢索攻略,需要的小夥伴抓緊收藏奧。成為科研大神從學會檢索開始吧。(這麼好的乾貨一定要轉發!)

文獻檢索是每一個研究生必備的基本技能,前段時間PubMed徹底告別了舊版,改換了新版界面。

相比舊版,新版PubMed有點小清新今天以新版PubMed來演示怎麼實現PubMed快速檢索以及怎麼追蹤文獻。

目 錄

1. PubMed檢索規則1.1 布爾邏輯詞1.2 截詞符1.3 限定詞1.4 檢索欄位標識符2. PubMed檢索方式2.1 基本檢索2.2 高級檢索2.3 主題詞檢索2.4 作者檢索3. 查全率和查準率3.1 含義3.2 提高文獻查全率3.3 提高文獻查準率4. PubMed文獻追蹤4.1 PubMed網站追蹤4.2 創建RSS追蹤我們常說的文獻檢索通常是指狹義文獻檢索,是指通過構建檢索式(包括制定檢索詞、使用運算符、設置篩選項等),從文獻儲存系統中查找目標文獻的過程。

在PubMed中進行檢索前,先講講PubMed支持的各種檢索規則,知道了這些規則後,對學習PubMed檢索大有幫助。

1. PubMed檢索規則

1.1 布爾邏輯詞

用於表達檢索詞與檢索詞之間的邏輯關係的運算符。常見的邏輯關係詞有3個:AND、OR、NOT。

各邏輯詞的意義注意事項

檢索運算符AND、NOT、OR必須大寫默認檢索詞之間的"空格"為"AND"檢索;布爾運算是從左至右運行,可以通過括號來改變運算順序1.2 截詞符

截詞檢索是取檢索詞的一部分,加上截詞符號一起進行檢索,這種方式解決檢索詞的單複數、詞尾變化、同一詞的拼法變異等問題。

PubMed支持截詞檢索,常用的截詞符號為:* 代表零或一個以上字母;? 代表零或一個字母。

截詞檢索只針對單個詞,而對詞組無效,如:bacter*, 可以檢出以bacter為詞幹的單詞bacteria、bacterium等最多600個單詞。

截詞符既可以放在檢索詞之前,也可以放在詞語中間,或詞語最後。

1.3 限定詞

限定檢索通過將檢索詞限定在一個或多個特定欄位中,來減少搜索結果。

常用的限定檢索符號為:雙引號"",其表示強制檢索,這個跟谷歌、百度等搜尋引擎中的強制檢索是一樣的。

跟截詞符不同,使用雙引號進行強制檢索可以應用於某個單詞,也可以用於詞組。

注意:所有的檢索符號都必須是英文狀態下輸入

1.4 檢索欄位標識符

可以在檢索詞後面加上欄位標識符來指定檢索詞的含義,從而實現精確檢索。

常用的檢索欄位標識符如下:

2. PubMed檢索方式

在PubMed中,常用的文獻檢索的方式有以下幾種:

基本檢索高級檢索主題詞檢索作者檢索2.1 基本檢索

基本檢索是PubMed最常用的檢索方式。

在PubMed基本檢索框中輸入檢索詞,點擊Search即可檢索文獻。

比如在檢索框中直接輸入Acute Kidney Injury prediction model,點擊檢索。

在結果界面左邊可以選擇篩選條件來精確檢索,比如說精煉文獻類型、出版年份等等。

在進行基本檢索時,可以在檢索詞後加上截詞符號欄位標識符布爾邏輯符等進行精確檢索。

比如說檢索具體某一篇文獻,在文獻標題後加[TI]可以限定檢索文章標題。

2.2 高級檢索

基本檢索只適用於一般的檢索,如果需要詳細的更複雜的檢索某一方面的文獻,可能需要高級檢索。

通過搭配不同的欄位標識符和布爾邏輯詞,可以實現更精確的檢索。

2.3 主題詞檢索

主題詞檢索也是PubMed常用的檢索方式。主題詞檢索一般包括主題詞和副主題詞兩部分。

首先在進行主題詞檢索前,我們需要知道什麼是主題詞,什麼是副主題詞,以及從哪裡可以查詢主題詞。

主題詞是將文獻研究的主要論點概括成(標引)一個或多個規範化的語詞。

副主題詞是對主題詞的某一特定方面的限定,具有專指性。在進行主題詞檢索時可以根據需要添加副主題詞,可以添加多個,也可以不添加。

主題詞在哪裡查看?

在PubMed檢索框右下角點擊MeSH Database進入主題詞資料庫。

輸入檢索詞,點擊搜索,即可進入主題詞結果界面。

如下圖所示,Acute Kidney Injury就是我們要找的主題詞。

點擊Acute Kidney Injury後,進入主題詞界面,在這個界面可以查看副主題詞以及該主題詞的其他信息。

在下圖,我們還可以查看該主題詞的上下級主題詞。

我們可以選中多個副主題詞,也可以不選擇,點擊生成檢索式,在點擊下面的檢索,即可檢索文獻。

如下圖,我們選擇Acute Kidney Injury作為主題詞,選擇epidemiology、etiology和mortality這三個詞作為副主題詞,使用OR邏輯詞連接,主要檢索AKI臨床相關的文獻。

在生成的結果中,還可以使用篩選條件進行縮小範圍。

2.4 作者檢索

在進行作者檢索時,需注意文獻中作者名字顯示方式和PubMed檢索庫中作者名字顯示方式是不一樣的。

文獻中的名字顯示方式:名在前,姓在後;PubMed資料庫中顯示:姓在前,名在後。

因此在PubMed中進行作者檢索時需考慮上述差異,構建檢索式時應把姓放在前面。

我們在進行作者檢索時,一般是檢索導師或者某一領域的大牛,看看發表了多少篇論文等。在檢索時需注意中國人姓名有些是三個字的,比如說張三丰(Sanfeng Zhang),在PubMed文獻庫中名字可能存在兩種格式,Zhang sf OR Zhang s。檢索時兩種格式都要考慮檢索。即:Zhang sf[au] OR Zhang s[au]。

另外可以考慮在進行作者檢索時,添加作者機構檢索詞進行更精準的定位,但是考慮到院校重組合併以及跳槽等情況,所有在添加現機構檢索詞時需考慮以前機構的名稱。

3. 查全率和查準率

3.1 含義

在進行文獻檢索前,我們需要明白進行此次文獻檢索的目的,是希望查出來的文獻更多些,還是希望查出來的文獻更精準些

這就涉及到一個查全率和查準率的問題了。

查全率=查出來的相關文獻/文獻庫中全部相關文獻查準率=查出來的相關文獻/查出來的全部文獻

查全率和查準率一般不可兼得,在文獻檢索中是需要查全率高些還是查準率高些看各自要求。

3.2 提高文獻查全率

3.2.1 挖掘隱含檢索詞

就拿急性腎損傷而言,急性腎損傷在10多年前並不叫急性腎損傷,而叫急性腎衰竭、急性腎功能不全等,如果在文獻檢索中單純只檢索急性腎損傷,可能就檢索不到急性腎衰竭和急性腎功能不全的文獻。

再比如說預測模型,預測模型的叫法有很多種,預測模型、預測分數等,在檢索預測模型文獻時應考慮到不同的名稱。

以下都是預測模型相關的文獻,叫法不一。

除了從文獻中挖掘隱含檢索詞外,還可以從輔助工具如CNKI翻譯助手、導師同學交流、主題詞檢索等方法中挖掘。

3.2.2 熟練使用各種檢索規則

如上所示,文獻中預測模型有很多名稱,但是這些名稱都有一個共同點,都有predict這個詞,可以考慮在檢索的時候添加截詞符號,如前面所說,可以使用predict*這個檢索詞。

在檢索時也可以使用不同的欄位標識符或布爾邏輯詞OR來調整文獻檢索結果。

還可以檢索不同的資料庫來獲得更多的文獻。

3.3 提高文獻查準率

跟提高查全率不同,查準率是要縮小文獻檢索結果,去掉不相關的文獻。

提高文獻查準率的方法也有很多,比如說使用欄位標識符如[TI]、[AU]、[TW]等,或者使用限定檢索詞如雙引號進行強制檢索。另外也可以減少截詞符號的使用。

如果是使用主題詞進行檢索,可以在主題詞中添加1個或多個副主題詞來縮小範圍。

4. PubMed文獻追蹤

4.1 PubMed網站追蹤

PubMed除了提供文獻檢索功能外,還提供文獻追蹤功能,比如說我們通過檢索式Acute Kidney Injury[ti]檢索文獻,我們需要知道以後這方面的新文獻,希望PubMed網站可以發信息通知我們。按如下步驟操作,需註冊PubMed帳號:

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