蛋分工作原理詳細來講就是蛋分運作過程中產生大量小泡泡，泡泡的表面有帶電荷的離子在上升過程中可以帶走水中的蛋白質。因為泡沫形態的表面張力比較大，蛋分是有效地利用氣泡的表面張力來分離水中的蛋白質，並將蛋白質擠出。
蛋白質分離器同臭氧機紫外線殺菌燈配合使用，會產生好的水質淨化作用，尤其是對循環水養殖，更是一種高效的處理手段。蛋白質分離器具有出去懸浮物、蛋白質、氨氮、亞硝酸鹽，增加系統溶氧、殺菌消毒等多種功能，同時配合臭氧使用可產生非常好的效果，但臭氧的產量要嚴格控制，注意臭氧的回收和使用管理，嚴禁將剩餘的臭氧排到大氣中。
用上節能環保型蛋白質分離器後節省人力物力，不需要大量的人工等候換水，用上設備之後，一直都在過濾水中的有害物質，減輕養殖戶的成本，提高養殖物的成活率，從而達到雙贏效果。