有些特殊的神奇寶貝是可以進化成兩種樣子的，根據不同的進化方式，它們就會變成完全不一樣的形態，這讓神奇寶貝訓練家多了不少選擇的餘地，根據自己需要可以為神奇寶貝選擇不一樣的道路，也能在面對不同對手時施展出不一樣的殺手鐧。那能夠進化成兩種形態的神奇寶貝有哪些呢？
呆呆獸進化呆河馬、河馬王
呆呆獸是一種時常發呆的神奇寶貝，沒有人清楚它們腦袋裡到底在思考什麼，因為每天只是發呆就將一天就過去了，呆呆獸被大舌貝咬住尾巴後就會進化成呆河馬，雖然能夠直立行走了，但比以前變得更呆了，戴著王者之證的呆呆獸會進化成河馬王，會擁有絕頂的聰明才智，成為呆呆獸族群的領導者。
科斯莫姆進化索爾迦雷歐、露奈雅拉
神奇寶貝中體重最重的神奇寶貝不是吼鯨王也不是固拉多，而是這隻小小的傢伙，它的名字叫科斯莫姆，是第二形態的過渡階段。體型變得比第一階段還要小，但進化後就能變成體型碩大而且實力強大的兩種神獸，太陽形態索爾迦雷歐、月亮形態露奈雅拉。
珍珠貝進化獵斑魚、櫻花魚
珍珠貝生活在深海中，只有潛水時才有可能發現它們，珍珠貝產出的珍珠價值十分昂貴，是不少貴族爭相爭奪的物品，也有因此而收服珍珠貝妄圖發財的，珍珠貝身上如果攜帶深海之牙，它就能進化成為獵斑魚，如果使用的是深海鱗片，珍珠貝則會進化成櫻花魚，一隻帥氣一隻美麗漂亮。
刺尾蟲進化毒粉蝶、狩獵鳳蝶
刺尾蟲生活在芳緣地區的森林中，是一種非常常見的神奇寶貝，但沒進化的樣子實力很弱，經常受到鳥類神奇寶貝的捕食，刺尾蟲能夠兩度進化，根據自身屬性不同，能夠進化成兩種不同的繭狀樣子盾甲繭和甲殼繭，再度進化後就變成了毒粉蝶和狩獵鳳蝶，武藏和小遙就分別有一隻，你喜歡哪一種？
奇魯莉安進化沙奈朵、艾路雷朵
宛如超能力少女般形態的神奇寶貝奇魯莉安，她能夠控制強大的超能力，將對手耍的團團轉，因為相貌美麗的緣故，奇魯莉安非常受歡迎，不少人希望收服一隻這個小可愛養在家裡，奇魯莉安一般會進化為沙奈朵，但如果用了覺醒石就會進化為同時兼具超能力和格鬥技的艾路雷朵。