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1,摩爾濃度(mol/L)與溶質質量(g)
m (g) = Desired Molarity (mol/L) x V溶劑 (L) x M溶質 (g/mol)
幾個常見的摩爾濃度單位:mol/L(M),mmol/L(mM),在引物濃度我們經常會用到mM,還有uM(umol/L)。
2,稀釋倍數n 和稀釋液的體積Vadding
n =Cfinal /Cstock
Vadding = Vstock(需要添加的儲備液體積)乘以(n-1)
例如,我們需要將100uL 50uM的引物稀釋為 10uM的的引物,則需要加入的ddH2O為:100X(50/10-1)=400uL
3,論OD260的重要性(當有NanoDROP的請自覺飄過)
CDNA/RNA (μg/ml) =Absorbance (OD260) * conversion factor
conversion factors:
1 OD260 Unit = 50 μg/ml, dsDNA
1 OD260 Unit = 40 μg/ml, ssRNA
1 OD260 Unit = 33 μg/ml, ssDNA
這裡的μg/ml也就是ng/μl,所以和Nanodrop測出來的單位是相同的。不過值得注意的是,這些都是估計值。
4,DNA/RNA 質量到摩爾數的估測轉換
dsDNA:
molesdsDNA (mol) = mdsDNA(g)/[(length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol]
ssDNA:
molesssDNA (mol) = mssDNA(g)/[(length of ssDNA (nt) x 308.97 g/mol) + 18.02 g/mol]
ssRNA:
molesssRNA (mol) = mssRNA(g)/[(length of ssRNA (nt) x 321.47 g/mol) + 18.02 g/mol]
這裡bp就是鹼基對數,nt就是核苷酸數。
正常估算來講一對鹼基的平均摩爾質量是650 g/mol,小編這裡用的是NEB (New England Biolab)給出的修正公式。617.96 g/mol 其實是除去了每對鹼基兩端的水分子(聚合成鏈的過程是要除去一個H和一個OH的)。最後又加上36.04 g/mol,是假設兩個-OH和兩個-H分別加在最後大分子的游離兩端。這樣的算法比直接使用650 g/mol要稍微準確一點,但是整個過程還是建立在估算鹼基對平均分子量的基礎之上,所以不論哪種方法計算出來的都是平均值而已。
5,粘合反應(ligation)插入片段和質粒的摩爾比例
Massinsert (g) = (insert/vectormolar ratio) x massvector (g) x (ratio of insert/vector lengths)
一般這個插入片段對質粒的摩爾比例可以是2:1或者是3:1,都可以根據自己的實驗而定。另外一個重要的比例就是插入片段對質粒的序列的長度比。
6,單位換算
1 ng = 10-3 μg =10-6mg = 10-9 g = 10-12 kg
1 cm3 = 10-3 dm3= 10-6 m3
1 cm3 = 1 mL
1 dm3 = 1 L
等等等……
都21世紀了,都流行用高科技,來來附上一個高能網址,這裡你能分分鐘搞定常用的單位換算:http://nebiocalculator.neb.com/#!/)。客觀。你還有什麼要求嗎?-,-