用途
為Amber分子動力學模擬準備所需的拓撲和坐標文件。支持生物大分子、有機小分子體系，暫不支持膜蛋白。
預備知識
溶劑模型
通常研究的有機生物體系是在溶液（尤其是水溶液）中進行的，水對蛋白摺疊、熱力學性質有著極為重要的影響。為了反映溶劑化效應，一般要在分子動力學模擬中採用溶劑模型。溶劑模型可分為兩類：顯式溶劑模型（explicit solvent model）和隱式溶劑模型（implicit solvent model）。
顯式溶劑模型該模型直接將研究體系放在水盒子中，通常還添加抗衡離子以中和體系電荷。這種直接模擬溶質與溶劑之間相互作用的方法，大大提高了模擬的準確性，但大量水分子也會帶來計算量的急劇增加。通常使用一定大小的水盒子把溶質包裹起來，採用周期邊界條件（periodic boundary condition，PBC）來表現無限溶劑環境。
隱式溶劑模型該模型不添加水分子，而用連續介質模型（數學方程）來反映該效應。隱式溶劑模型有許多優勢，包括：減少體系粒子數目，降低計算開銷；無溶劑摩擦效應，加快構像變化，避免長時間模擬；無需顯式水的平衡過程。最著名的模型為廣義波恩（Generalized Born，GB）方法。
通常，我們在做常規分子動力學模擬時會採用顯式溶劑模型，而在之後的結合自由能計算則採用隱式溶劑模型（MM/GB(PB)SA方法）。
水模型
顯式溶劑模型需要在溶質周圍填充水分子，至今已經發展出許多水模型，以重現水的不同性質。Amber中可使用的水模型包括：TIP3P、TIP3P/F、TIP4P、TIP4P/Ew、TIP5P、OPC、OPC、POL3、SPC/E、SPC/Eb、TIP3PFB和TIP4PFB。此外，還有有機溶劑非可極化模型，包括：甲醇、氯仿、N-甲基乙醯胺以及尿素-水混合溶劑。
其中，最常用的水模型是TIP3P。該模型已經被證實在許多性質上與真實水存在不少差距。但由於歷史原因，過去很多力場都是基於TIP3P水模型建立的，總能量中溶劑部分的誤差在一定程度上被抵消了。TIP3P水模至今仍然在生物分子模擬中非常流行。
OPC是一個新的非極化、4點、3電荷剛性水模型，它在許多性質上顯著更好於常用的剛性水模型（如TIP3P）。最近對AMBER ff99SB的更新，消除了它對TIP3P水模型固有的偏倚，OPC也因此成為與之搭配使用的首推之選。
更多關於水模型的介紹，請見Amber 20手冊第52-54頁。
入口
平臺地址：https://cloud.yinfotek.com/
功能入口：左側菜單欄【計算方案】->【小工具】->【分子動力學】->【準備Amber文件】
步驟
1. 上傳分子結構
上傳處理好的3D分子結構文件。分子無殘基、氫原子缺失，mol2文件還需帶有原子電荷（請參照【處理PDB結構（進階版）】、【準備化合物結構】和【添加原子電荷】等教程）。
強烈建議：生物大分子（蛋白、核酸、多糖、磷脂）、輔酶、水、金屬離子等結構採用pdb格式文件，有機小分子用mol2格式。相同格式的組分，可合併為一個文件，也可分別上傳。如下圖，receptor.pdb包含蛋白、核酸、多糖、磷脂、輔酶、水和金屬離子，ligand-A.mol2和ligand-B.mol2為有機小分子。上傳多個mol2文件時需要注意順序，因為這決定了它們在研究體系中的排列順序。例如，先上傳ligand-A.mol2後上傳ligand-B.mol2，那麼，在複合物體系中，它們的順序是AB；反之為BA。
當有mol2文件時，會自動顯示其殘基名，用戶可修改為合適的名稱，以便準確標記該分子，方便後續分析。殘基名由三個（通常大寫）英文字母和（或）阿拉伯數字組成，例如：BAX。
如下圖所示，ligand-A.mol2文件包含2個分子，殘基分別為BAX和BAY，而ligand-B.mol2文件包含1個分子，殘基名為YF5。
2. 上傳參數文件
參數文件不是必須的，通常用於補充缺失的、特殊的參數，如：修飾後殘基（非標準殘基）的參數文件、輔酶參數文件、【添加原子電荷】時提示缺少的某些參數、特殊處理的金屬參數。
3. 設置模擬環境
有機生物體系通常在溶劑環境中進行模擬。若需使用顯式溶劑，可通過該設置添加溶劑和離子。
4. 分子力場
默認採用以下Amber力場，且目前暫不支持變更：
ff19SB：蛋白BSC1：DNAOL3：RNAGLYCAM_06j：多糖lipid17：磷脂GAFF2：有機小分子（支持C、N、O、S、P、H、F、Cl、Br和I等元素）5. 查看體系，下載文件 amber_files.zip。