2007年，日本琉球大學地質學家木村政昭在一次學術會議上，認為在日本與那國島附近海底發現的石頭城遺蹟，是一座如傳說中沉入大西洋的亞特蘭蒂斯島上一樣的古人類遺址。他可能是在2000年前一次大地震中沉入海底。這處遺蹟的稜角分明，其中一個如金字塔形狀結構矗立水中，另外還有一些碎石貌雕刻而成動物或者人像，許多日本科學家稱其為日本的「亞特蘭蒂斯」。
至於這座海底城市是人造的還是天然的有不同的說法，琉球大學的理學院名譽教授木村正昭聲稱，這些是人造的巨石！但也有人表示反對。不過值得一提的是，這些海底的遺址（巨石）據推測已經有1萬多年的歷史了！
這座城市的總體面積我們還不得而知，此城市的重要性發現同時體現在文物的數量和質量上，這些文物包括古希臘時期的陶瓷製品和石器，事實上，真實在海邊發現的陶瓷碎片，引導科學家們進一步探尋、並最終發現了這座城市，在廢墟中中共發現6000多件文物，被蟶子為「考古學家的天堂」！
這個建築可能是一座遠古宗教的神殿，用來讚美某個遠古的神。」圍繞著它的是一條寬度在6米到50米的環形路，它以一道矮牆為界，只能通過牆上的一座拱形大門打開。在這條環行路之外，也就是在金字塔主體結構的周圍，還存在著其他五座體積相對較小的建築物。
不過，令人感到奇怪的是，日本政府對此重大發現卻一直不感冒，也一直沒有公開宣布，他們將遺蹟命名為「海底地形」，甚至一度禁止外國科研人員前往遺蹟調查。