就在新冠疫情肺炎蔓延全球之際，臺當局日前收到重大噩耗。據環球網4月20日報導，臺海軍「敦睦艦隊」中的磐石艦截至目前已出現24人確診感染新冠肺炎。此前，臺灣地區新增新冠確診病例一度趨緩，但4月19日卻突然驟增22例，其中21例為臺軍「敦睦艦隊」編制下「磐石艦」人員。至此，「磐石艦」已有24人確診。臺灣地區流行疫情指揮中心指揮官陳時中直言：「我們很緊張」。受全球新冠疫情影響，此次「敦睦艦隊」出航，全程僅在3月12日-15日停靠帛琉，其後在公海航行近30天，4月9日返回臺灣，艦上人員則於4月15日下船。
值得注意的是，在「敦睦艦隊」返臺後，蔡英文和臺軍「參謀總長」黃曙光分別於4月9日、15日先後前往慰勞官兵。不過蔡英文當時僅在岸上揮手致意，黃曙光則親自主持結訓典禮並頒獎。國民黨「立委」陳以信表示，曾與艦上官兵近距離互動的黃曙光進行14天自主健康管理，那與黃曙光經常近距離互動的蔡英文，「是不是至少應該快篩一下確保安全呢？」蔡辦發言人對此稱，因配合防疫規定，官兵需在艦上完成30天檢疫，故並未上岸，蔡英文也只是在岸上揮手迎接，沒有接觸風險。
與此同時，國民黨在這個關鍵時期還「補了一刀」，國民黨團發新聞稿表示：臺灣防務部門遲至前天才拍板人員每天一片口罩，質疑日前稱無人感染的海軍，是否刻意隱瞞疫情或資訊傳遞過程出現破口，要求臺軍與民進黨當局行政部門儘速向外界釋疑。此外，國民黨團指出：蔡英文當局在此次抗疫期間對外宣傳相關作為皆以「超前部署」自誇，但面對臺軍口罩防疫需求不足，卻拿1千萬個口罩「援外」，讓臺軍出現防疫破口。
事實上，自新冠肺炎疫情在全球擴散以來，臺當局多次與美國政府「一唱一和」，毫無依據地抹黑中國與世衛組織，並將病毒與中國掛鈎。對此，國臺辦曾明確指出：民進黨當局「以疫謀獨」不擇手段，惡毒攻擊世衛組織及其負責人，縱容綠營網軍肆意散布種族歧視言論，我們對此表示強烈譴責。臺灣是中國的一部分，其參與世衛組織等國際活動，必須在一個中國原則下處理。民進黨當局炒作世衛組織涉臺問題、企圖「以疫謀獨」，是不可能得逞的。