水源熱泵系統不同於土壤源熱泵系統，它是一個開放的循環，利用井裡的水來加熱或冷卻你的住宅。在夏季，它會把你家裡的熱量排入水中，而在冬季，它會把水裡的熱量輸送到你家裡。
前幾年，開放式水源熱泵系統環路很常見，但是經過一段時間的運行後，現在封閉的土壤源熱泵系統環路佔據了主導地位。這部分是由於土壤源熱泵系統技術的重大改進，部分是由於某些地區的水源熱泵過量使用，帶來的一些列環境和地質問題。到目前，如果通過環評以及拿到取水許可證，水源熱泵系統依然是不錯的選擇。
要有一口合格的水源熱泵抽水井，它必須滿足三個條件：供水量、水質和抽水成本。
供水量
在我們國家西部許多地區，沒有足夠的地下水以滿足一個水源熱泵系統的水流量。例如一個3噸的水源熱泵每年的用水量約為4500噸。一般區域很難提供這麼龐大的供水量。但是由於水源熱泵不改變水質，只利用水溫，所有的水換熱後經水源熱泵主機返回地下蓄水層，沒有水資源的浪費。一個合格的水源熱泵系統必須考慮長久，確定井水供應量能滿足水源熱泵機組的需求。
井水水質
導致水源熱泵成敗的因素有許多，尤其是水質的化學性質。如果水中含有大量的雜質，那麼它會很快讓熱交換器堵塞，或者引起換熱效率急劇下降。為了使井水與水源熱泵的換熱器相匹配，井水的礦物質、pH值和溫度都必須在一定的範圍內。
pH值過高或過低的水會腐蝕熱交換器和金屬管道閥門等，不能使用。此外，水溫越高，酸或鹼溶解熱交換器的速度越快，可接受的pH值範圍就越小。在我國南方，地下水的溫度較高，大多數的時間是在冷卻模式下，所以我國南方水源熱泵pH值要求比北方pH值更中性。
隨著時間的推移，水源熱泵系統熱交換器需要清洗，但它會增加後期使用成本。需要清洗的頻率將決定這類井是否可用。大多數情況下，最好是使用一個封閉的水源熱泵環路，可以減輕清洗水源熱熱泵環路的不便。
抽水成本
水井的抽水成本也會影響該水源熱泵系統是否可用。抽井水的主要成本是井水在水泵作用下提升到主機房，這時對泵的功率就有要求，如果井水較深，距離較遠，那麼水泵功率就越大；反之則越小。除了水泵功率之外，還有一個就是水泵的成本。一個性能穩定、效率高的水泵也將花費一筆費用。
總之，水源熱泵的應用一定要結合當地實際情況，不能草率行事。