2018年6月13日/
生物谷BIOON/---本周又有一期新的Science期刊（2018年6月8日）發布，它有哪些精彩研究呢？讓小編一一道來。本期的亮點是我國科學家再接再厲，在本期Science期刊上同時發表5篇論文，這5篇論文的標題分別為「Pulmonary neuroendocrine cells amplify allergic asthma responses」、「A LIMA1 variant promotes low plasma LDL cholesterol and decreases intestinal cholesterol absorption」、「Structure of the maize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II」、「Plants send small RNAs in extracellular vesicles to fungal pathogen to silence virulence genes」和「A selfish genetic element confers non-Mendelian inheritance in rice」。
圖片來自Science期刊。
肺部具有較大的表面面積，能夠檢測吸入空氣中的信號並對它們作出反應。肺部和環境之間的異常相互作用導致許多疾病，如
哮喘。體外數據表明肺神經內分泌細胞（pulmonary neuroendocrine cell, PNEC）是一類罕見的氣道上皮細胞，可起著化學傳感器的作用。一旦在體外培養中受到刺激，它們會釋放出富含神經肽、胺類化合物和神經遞質的緻密核心囊泡。這些生物活性分子能夠引發免疫反應和生理反應。最近開展的一項體內研究揭示出PNEC正常地形成被稱作神經上皮小體（neuroepithelial body）的自聚集單元是限制初始肺部（naïve lung）中的免疫細胞數量所必不可少的。然而，人們並不清楚PNEC是否能夠在體內將外源性氣道信號（如過敏原）轉化為下遊級聯反應。
為了檢驗PNEC在肺部中起著化學傳感器作用的假設，來自美國加州大學聖地牙哥分校、威斯康星大學麥迪遜分校、加州大學舊金山分校、華盛頓大學和中國上海交通大學的研究人員通過讓氣道上皮細胞中的Ascl1失活培育出缺乏PNEC的小鼠突變體。他們遵照現存的哮喘模型規定，讓這些小鼠突變體接觸卵清蛋白或屋塵蟎。他們測試這些小鼠突變體是否顯示出與對照小鼠不同的哮喘反應，並通過鑑定PNEC的分子效應物和細胞靶標闡明了它們的作用機制。作為對這些在小鼠中的功能測試的補充，他們還研究了人類
哮喘患者的PNEC是否會出現病理變化。相關研究結果發表在2018年6月8日的Science期刊上，論文標題為「Pulmonary neuroendocrine cells amplify allergic asthma responses」。
儘管在基線時是正常的，但是在遭受過敏原激發（allergen challenge）後，相比於對照小鼠，這些Ascl1發生突變的小鼠（即小鼠突變體）表現出嚴重下降的杯狀細胞增生（goblet cell hyperplasia）和免疫細胞數量。在研究可能產生的分子效應物時，這些研究人員發現在遭受過敏原激發後，相對於對照小鼠，PNEC產生的幾種產物在這些小鼠突變體中下降了，這些產物包括降鈣素基因相關肽（CGRP）和γ-氨基丁酸（GABA）。在探究可能存在的細胞靶標時，他們發現與PNEC相類似的是，2型先天性淋巴細胞（ILC2）在氣道分叉處富集。作為PNEC產生的一種產物，CGRP刺激體外培養的ILC2產生白細胞介素-5（IL-5）。相反，讓ILC2中的CGRP受體基因Calcr1失活會抑制對過敏原作出的免疫反應。與CGRP不同的是，GABA並不導致ILC2分泌的細胞因子增加。相反，讓GABA生物發生失活導致在遭受過敏原激發後發生的杯狀細胞增生存在缺陷，這提示著GABA是氣道上皮中發生的這種反應所必需的。此外，在遭受過敏原激發後，給這些發生Ascl1突變的小鼠注入CGRP和GABA的混合物可恢復免疫細胞增加和杯狀細胞增生，這就表明這兩種產物是PNEC在體內的主要分子效應物。與這些來自小鼠的研究結果相一致的是，這些研究人員發現在人類
哮喘患者中，PNEC的數量和它們形成的自聚集單元大小都增加了，這可能是這些患者對過敏原作出更強免疫反應的原因。
這些研究結果證實儘管PNEC是氣道中一個罕見的細胞群體，但是它們在將氣道中的過敏原信號放大為黏膜2型免疫反應中起著至關重要的作用。具體而言，PNEC通過它們產生的產物GABA刺激氣道上皮粘液產生。與此同時，PNEC通過它們產生的另一種產物CGRP刺激ILC2產生細胞因子，這些細胞因子接著招募下遊的免疫細胞。PNEC和ILC2在富集氣道顆粒的氣道分叉處形成神經免疫模塊。這些研究結果表明PNEC-ILC2軸的功能是檢測氣道中的輸入信號，如過敏原，並將這些輸入信號放大為肺部中的輸出信號，如過敏性
哮喘反應。
2.Science：重大進展！血液測試可預測孕婦早產在一項新的研究中，來自美國史丹福大學、賓夕法尼亞大學、阿拉巴馬大學和丹麥國家血清研究所的研究人員開發出一種針對孕婦的新型血液測試方法，該方法能夠檢測她們的胎兒是否會早產，檢測準確性為75％～80％。這種技術也可用於估計胎兒的胎齡（gestational age）或母親的預產期（due date），而且估計結果與超聲波檢查一樣可靠，但要比後者便宜。這種測試方法可能有助減少與早產相關的問題。相關研究結果發表在2018年6月8日的Science期刊上，論文標題為「Noninvasive blood tests for fetal development predict gestational age and preterm delivery」。論文通信作者為史丹福大學生物工程與應用物理學教授Stephen Quake博士和史丹福大學醫學院客座教授Mads Melbye博士。論文第一作者為前史丹福大學博士後學者Thuy Ngo博士和史丹福大學研究生Mira Moufarrej。
這種測試方法通過評估母體血液中的無細胞RNA（cell-free RNA）水平來測量母體、胎盤和胎兒基因的活性。這些研究人員使用妊娠期間收集的血液樣品，以便鑑定出哪些基因提供關於胎齡和早產風險的可靠信號。
這種胎齡測試方法是通過研究一組31名丹麥婦女在整個懷孕期間每周提供的血液開發出來的。這些女性都是足月妊娠。這些研究人員利用來自其中的21名女性的血液樣品構建出一種統計模型，這種模型鑑定出9種由胎盤產生的可預測胎齡的無細胞RNA，並利用剩下的10名女性的血液樣品來驗證這種模型。這種模型給出的胎齡估計值在大約45%的時間裡是準確的，這與懷孕頭三個月的超聲波檢查的胎齡估計結果（準確率為48%）相當。
為了弄清楚如何預測早產，這些研究人員使用了來自38名有早產風險的美國女性的血液樣品，其中這些女性之前已發生過早期子宮收縮或早產。這些女性在她們懷孕第二個三個月或末三個月期間提供了血液樣品。在這組女性中，13名女性早產，其餘的25名女性足月分娩。這些研究人員發現來自母體和胎盤的7個基因產生的無細胞RNA水平能夠預測哪些妊娠會提前結束。
Moufarrej說，「大多數是母體基因。我們認為正是母體發出一種信號表明她準備分娩了」，並指出這些預測早產的基因不同於那些提供胎齡相關信息的基因。
這些研究人員需要在更大的孕婦群體中驗證這種新的測試方法，然後才能讓它廣泛地使用。 Quake指出，2008年他的團隊開發出的檢測唐氏症候群的血液測試方法（PNAS, 21 October 2008, doi:10.1073/pnas.0808319105）如今每年在300萬多名孕婦中使用。
3.Science：我國科學家鑑定出有助調節血液膽固醇水平的LIMA1基因突變在一項新的研究中，來自中國科學院大學、武漢大學、新疆醫科大學附屬第一醫院、上海科技大學和中科院上海生命科學研究院的研究人員鑑定出一種至少部分地負責調節血液中的膽固醇水平的基因突變。相關研究結果發表在2018年6月8日的Science期刊上，論文標題為「A LIMA1 variant promotes low plasma LDL cholesterol and decreases intestinal cholesterol absorption」。在這篇論文中，這些研究人員描述了他們如何追蹤編碼參與這個過程的一個關鍵蛋白的基因發生的突變。
這項研究著重分析一個家庭的基因，這個家庭除了一個成員之外都具有異常低的血液LDL-C水平。這些研究人員能夠分離出一種特定的基因突變，這種突變使得這個成員與這個家庭的其他成員與眾不同：LIMA1基因突變。基於這一結果，他們隨後對來自我國哈薩克族的508人---已知這些人具有低水平的血液LDL-C---進行基因測試。他們著重分析的這個家庭也來自我國哈薩克族。對這些數據的分析結果表明那些具有較低血液LDL-C水平的人也攜帶這種相同的基因突變，而那些沒有攜帶這種突變的人具有正常的血液LDL-C水平。更加密切的研究發現這種基因突變負責產生一種他們稱之為LIMA1的蛋白。這些研究人員推測，這種蛋白是LDL-C的一種調節劑。
為了更多地了解關於LIMA1的信息，這些研究人員利用小鼠進行了研究，結果發現這種蛋白似乎在小腸中表達。他們還提出能夠合成出這種蛋白，這可能導致人們開發出降低人體內的膽固醇水平的藥物，並且有望降低患上心血管疾病的風險。
4.Science：我國科學家解析出與兩個捕光複合物結合在一起的植物光系統I結構陰天或遮陰的樹木會引起光線波動，這種光線波動能夠導致植物光系統I和II（PSI和PSII）中的能量流動失去平衡。Xiaowei Pan等人解析出與兩個捕光複合物（LHC）結合在一起的PSI結構。一個LHC與PSI永久性地結合在一起。另一個LHC在最佳條件下給PSII提供光能，但是能夠通過一種檢測葉綠體的氧化還原環境的激酶磷酸化後切換至一種PSI結合狀態。 LHC在光系統I和II之間的移動有助於維持均勻的能量流動。在將PSI核心連接到每個LHC上的結構中可觀察到兩個含葉綠素的亞基。
5.Science：對類人猿基因組進行高解析度比較分析迄今為止獲得的大多數非人靈長類動物基因組因它們存在許多空白區域和依賴於參考人類基因組提供的指導而被「人源化（humanized）」。 為了消除這種人源化影響，Zev N. Kronenberg等人 生成並組裝一隻黑猩猩、一隻紅毛猩猩和兩個人的長讀取基因組，並將它們與之前獲得的大猩猩基因組進行比較。這種分析識別出人類和特定猿譜系特異性的基因組結構變異。人類和黑猩猩大腦類器官之間的比較結果表明相對於黑猩猩而言，人類中特定基因下調表達與這種分析中鑑定出的非編碼變異相關聯。
6.Science：發現來自泥盆紀南極洲的化石四足動物當我們想到所有現代脊椎動物的祖先---泥盆紀四足動物（Devonian tetrapod）---時，我們往往想像成兩棲動物樣生物從水中遷移到潮溼的熱帶森林或沼澤。的確，之前描述的這類四足動物樣品都是從熱帶地區獲得的。Robert Gess和Per Erik Ahlberg如今描述了兩個來自泥盆紀南極洲（Devonian Antarctica）的化石四足動物。因此，四足動物的分布可能是全球性的，這促使我們重新思考這個重要群體產生的環境。
7.Science：蜜蜂也存在對零的理解有人說，社會對零的理解的發展促進了人類的重大智力進步，並且我們被認為在這種理解中是獨一無二的。儘管最近的研究已表明其他的一些脊椎動物也理解「空集（empty set）」的概念，但是Scarlett R. Howard等人如今證實對這種概念的理解存在於未經培訓的蜜蜂中。 這一發現提示著這種理解在處理環境複雜性的親緣性較遠物種中獨立地進化出來，而且它可能比之前認識的更加廣泛地分布。
8.Science：我國科學家揭示植物通過胞外囊泡運送小RNA沉默致病真菌中的毒力基因植物能夠利用小RNA（sRNA）幹擾病原菌中的毒力基因表達。Qiang Cai等人證實小芥菜植物擬南芥通過胞外囊泡將防禦性sRNA運送到壞死性真菌灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）中。這些含sRNA的胞外囊泡在感染位點堆積，並且被灰葡萄孢菌細胞攝取。這些運送過來的宿主sRNA誘導真菌中的致病性基因沉默。因此，在與這種病原菌的進化軍備競賽中，擬南芥進化出胞外囊泡介導的RNA幹擾作為它的免疫反應的一部分。
9.Science：我國科學家揭示自私的遺傳因子賦予水稻非孟德爾遺傳讓野生稻和馴化水稻雜交經常導致雜交不育。這種遺傳障礙能夠阻止來自野生稻的潛在有益基因轉移到馴化水稻品種中。為了理解這些阻止基因流動的遺傳障礙，Xiaowen Yu等人繪製出一種決定著野生稻和馴化水稻之間的不育性的數量性狀基因座（QTL）。這種QTL編碼在配子發生過程中都表達的兩個開放閱讀框（ORF）。這兩個ORF編碼一種影響花粉發育的毒素和一種維持花粉活力所必需的解毒劑。因此，自私的
遺傳因子能夠引起促進生殖隔離的進化策略產生。（生物谷 Bioon.com）
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