多個時間點的ROC曲線還可以這樣畫!

2020-12-05 騰訊網

之前介紹了用ggplot2來定製多個時間點的ROC曲線

那個圖可能更好看，容易和ggplot2系列的圖一起組合。

這個圖在模型構建裡面經常出現，模型構建必須有預測的終點，即生存事件，假如團隊能夠有一批擁有生存時間，而且臨床資料都齊全的患者數據，那麼可以做的事情就很多了。

僅僅是生存模型的構建，就有mRNA的，lncRNA 的，MiRNA的，這幾個聯合起來的，有甲基化位點的，有腫瘤浸潤的，有可變剪切的，反正是只要對生死有影響的指標，都可以拿來構建模型，所以TCGA數據是個寶，人人都想來淘金，淘金的人多了，喝水就是個問題，而我不生產水，我只是大自然的搬運工。

今天，我來提供R基礎繪圖的繪製多點ROC曲線的方案。

使用的數據儲存在rt這個數據框中

實際上我們要用的是前三列，第三列是lasso回歸構建的生存模型預測的風險值 計算方法在暑期課程的甲基化部分，也可以看一下這個帖子：

本次使用「timeROC」這個包來計算AUC,這個包可以同時計算多個時間的AUC

查看ROC_rt

畫圖如下

這次的繪圖，更簡單，更直觀。

可以跟上次的圖比較一下

我比較喜歡上一次的圖。

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