新疆，最原始的稱呼是柱州，今天新疆大部分地區從中國西漢一直到魏晉南北朝都屬於中國版圖，唐朝再次納入中國版圖，元朝時為蒙古族察合臺汗國地，清朝時再次納入中國版圖。漢稱西域，意思是中國西部的疆域，這一名稱自西漢出現於我國史籍。不時被北方遊牧民族侵佔。最後一次被侵佔是在明清換代時期。1757年，清乾隆帝再次收復故土，把這片土地命名為「新疆」，取「故土新歸」之意。
清朝乾隆24年合併天山北麓及天山南麓，改稱伊犁。1884年設立新疆。轄境相當於今新疆維吾爾自治區。今天新疆大部分從中國西漢一直到西晉都屬於中國版圖，南北朝時期也對當時各個中央王朝臣服，關係良好。唐朝設置安西及北庭大都護府，西域依舊納入中國版圖，且面積也擴大到裏海流域。元朝在今伊犁河流域曾設置阿里麻裡（阿力麻裡）行省，但不久就併入察合臺汗國。又在阿姆河南岸曾設立行省。今烏魯木齊一帶曾設置別失八裡行省，後一度被察合臺汗國佔據，後期重新成為元朝的轄地。元朝時部分為蒙古族察合臺汗國、窩闊臺汗國地，明朝時再次納入中國版圖，因「新開闢的疆域」而稱新疆。唐宋為西域；元明為察哈臺汗國和窩闊臺汗國地；清統一其地，其北部稱回部、南部稱準部，合稱回疆，設伊犁將軍，又以其為新闢疆土而稱新疆（其時貴州新闢疆土亦稱新疆）；清末設新疆省，是為新疆得名的開始；民國仍之；建國後改新疆維吾爾自治區，區名至今未變。 主要城市：烏魯木齊、克拉瑪依、昌吉、塔城、伊寧、庫爾勒、阿勒泰、阿克蘇、喀什。
先秦時期
近代新疆各地考古資料表明，最晚在六七千年以前,新疆地區已有人類活動。在大約距今二三千年以前的新石器時代，天山南北各地，諸如哈密的三道嶺、七角井、吐魯番盆地的阿斯塔那、烏魯木齊縣的柴窩堡，以及木壘、奇臺、伊犁、庫車、巴楚、且末、于闐、皮山等地都已出現人類祖先活動的遺蹟，其石器形制、打刻技術以及共存的陶器色彩、花紋與我國甘肅、內蒙、寧夏等地相近。原始社會時期。成書於戰國時期的《山海經》和《穆天子傳》中,有關周穆王西巡崑崙會見西王母的故事。新疆境內考古發掘出土的大量陶器,其中不少彩陶的圖案紋飾與中原內地同期出土的陶 器圖案紋飾相同或相近似。距今3000年前，新疆出土的彩陶三角形紋、渦紋、弦紋的繪製和諸如陶豆一類器形，說明甘肅和內地彩陶藝術已影響到新疆彩陶文化藝術的發展。
兩漢時期
我國古史中對於西域地理歷史的真實具體記載當始自漢代，同樣也在漢代，中央政府在西域各地開始設置地方政府機構，所 西漢疆域圖:自漢朝起，新疆就是中國領土以，自漢代以後，西域便已是我國不可分割的組成部分。至西漢初年，天山南北各地社會經濟已有很大發展。
西漢王朝統一西域大業是從討伐匈奴開始的。匈奴是秦漢之際在我國北方草原地區活動的一個實力強盛的遊牧民族，初弱，後強盛。漢朝對北方地區，包括西域的統一管轄，結束了該地區長期以來諸遊牧部落不相統屬的分割局面，為後來全國性的統一局面形成創造了條件。
漢武帝劉徹為了打敗匈奴，鞏固其統治，決 新疆定「通西域，以斷匈奴右臂，隔絕南羌，月氏」。為此他先派張騫兩度出使西域，以加強同西域諸地的聯繫，共同對付匈奴。張騫西使加深了中原地區對西域的了解，密切了兩地之間政治、經濟聯繫，擴大了漢朝在西域諸地的政治影響，為漢朝統一西域創造了條件。漢武帝又命李廣利於太初元年（前104年）、三年兩伐大宛（在今中亞費爾幹納盆地），使西域的許多城國相繼臣服於漢。前102年，漢軍攻破大宛城（今費爾幹納），漢朝在西域各國中的威望大增。翌年，漢朝在西域的輪臺、渠犁等地駐兵屯田，並置使者校尉統領之。因匈奴內爭，其主管西域的日逐王先賢撣率萬餘眾降漢，漢使護鄯善以西使者鄭吉迎之，匈奴在西域的統治力量隨之瓦解。於是漢廷使護鄯善以西南道諸地的鄭吉「並護（車 鳴沙山師以西）北道，故號曰都護」。西域都護是西漢政府在西域設置的最高軍政機構，治烏壘城（今新疆輪臺東北），「鎮撫諸國，誅伐懷集之」，並「督察烏孫（在今新疆伊犁河流域）、康居（在今哈薩克斯坦境內巴爾喀什湖與鹹海之間）諸外國動靜，有變以聞，可安輯安輯之，可擊擊之」。
西漢時期，隨著東西方經濟文化的交流傳播，極大地帶動促進了西域社會經濟的進一步發展。西域的農作物胡麻、蠶豆、石榴、大蒜、葡萄、苜蓿等相繼傳入內地，被譽作「天馬」的大宛馬、烏孫馬、各種毛皮也通過「絲綢之路」源源不斷地進入到中原地區。同時， 原地區的絲綢和絲織品也傳入西域並經此西傳歐洲。此外，伴隨著屯田士兵而傳入西域的還有先進的生產工具和農業經驗，如鐵鏵、鐵鋤等鐵製農具及代田法，還有掘井技術和冶鐵技術等。
西域的手工業，如陶器製造，毛紡織品，玉石製造業技術工藝俱有相當高的水平。漢代新疆廣泛流行漢朝的五銖錢，和田馬錢以及安息銀幣等說明了該地區蓬勃發展的商業水平。
魏晉南北朝時期
魏黃初三年（222年），魏繼承漢制領護西域，在伊吾（哈密）置宜禾都尉，在高昌（吐魯番）設「戊己校尉」， 在車師後部賜其王守（署理）侍中官職，號大都尉，後又置西域長史管理西域各民族。 265年，司馬炎代曹魏建立西晉，在西域設立了戊己校尉和西域長史等管理機構。 東晉鹹和二年（327年），割據河西的前涼張駿攻取伊吾，劃屬敦煌郡，以參軍索孚為伊吾都尉。鹹和四年設立高昌郡，隸屬沙洲（今敦煌），此為高昌按內地行政設官之始。永和元年（345年）徵服焉耆，張駿還派軍隊伐龜茲、鄯善、于闐，中央集權在西域地區進一步鞏固。 東晉隆安四年（400年），河西李皓佔據敦煌。西涼建立不久，駐軍玉門、陽關以西諸城，控制西域。太平真君三年（442年），北魏滅北涼，西域諸國降附北魏，高昌王麴嘉及其子孫多次受北魏冊封。太延元年至末年（435—439年），西域各國遣使向中原朝貢，使臣連年不斷。隨著北魏勢力進一步擴大，太和十二年（488年），北魏置伊吾郡。 永熙三年（534年），北魏分裂為東、西魏，後被北齊、北周取代。中央王朝在西域陷入低谷。 南北朝末期，西域出現了社會大動蕩和民族大融合的局面。5世紀末，吐谷渾和柔然開始分別侵入新疆南部和北部，中原政權（北朝）逐漸喪失對此地的控制。從6世紀開始，突厥在阿爾泰山地區崛起，數年間擊敗柔然，建立了西至鹹海、東抵大興安嶺、橫亙中亞的突厥汗國。583年突厥分裂為東西二部，新疆屬西突厥。
隋唐時期
隋唐時期是我國封建社會空前繁榮、昌盛的時期。隋朝從突厥人手中奪取了西域東部，又滅吐谷渾，把行政區擴大到今若羌、且末和青海湖西、興海縣東一帶。大業五年，煬帝巡幸河西，高昌王麴伯雅等27國首領使者，到張掖覲見，盛況空前。大業六年，設立鄯善（今若羌）、且末、伊吾三郡，在伊吾城之東北設柔遠鎮。 唐太宗貞觀十四年（640年），唐軍佔領高昌，於該地置西州，又於可汗浮圖城（今吉木薩爾）設庭州；同年在高昌設安西都護府，後遷至庫車，改置為安西大都護府。統安西四鎮：龜茲、疏勒、于闐、碎葉（今吉爾吉斯斯坦的託克馬克市），轄境相當今新疆及哈薩克東部、吉爾吉斯北部楚河流域。自顯慶元年（656年）至麟德元年（664年），這期間，是武則天為皇后輔佐高宗到垂簾聽政階段。在之後的二十年間，唐軍發動了對西突厥的一系列遠徵，唐高宗發大軍分南北兩道進攻西突厥，一舉滅掉了西突厥，在657年西突厥徹底投降，西突厥領土全部為唐所有。顯慶、龍朔年間（661-663年），唐軍平定西突厥，轄區擴大至今阿爾泰山西至鹹海及蔥嶺的東西各部直至阿姆河兩岸城的諸城邦國包括今新疆大部分。670年安西四鎮被吐蕃攻佔，693年武周再次佔領。唐朝鹹亨元年（670年），安西都護府治所移至碎葉城。8世紀中葉安史之亂發生時，吐蕃再次在之後的三十年內逐步控制了天山山脈南部的和河西走廊的廣大地區，甚至在763年洗劫了唐朝京城長安。同時，回鶻人控制漠北漠南甚至到中亞的廣大地區，包括新疆北部。9世紀中葉後，吐蕃和回鶻都衰落下來，這一地區進入混戰時期。宋元時期
9世紀之後的中原王朝無暇顧及西域，西域出現了幾個國家並列存在的 新疆局面。其中主要有高昌、黑汗王朝和于闐等地方政權。840年漠北回鶻汗國覆滅高昌與喀喇汗王朝後，由西遷西域的回鶻人匯同其他操突厥語諸族建立地方政權。于闐是古老的塞人居地。唐亡後，于闐尉遲王族執政，與中原地區往來密切，因曾受過唐朝冊封而自稱李姓。
黑汗王朝在10世紀和11世紀控制今日的新疆西部，同一時期回鶻的一支在新疆中部定居。遼國覆滅前夜，宗室耶律大石率部西遷，在佔據西州回鶻和黑汗國舊地後，向西擴展到阿姆河流域，大石於1132年（一說1131年）稱帝，建立西遼政權 。疆域包括天山南北，帕米爾高原以西至鹹海以南的阿姆河西岸，巴爾喀什湖東北至蒙古西部。
1206年，蒙古帝國建立，1271年改國號為元朝。蒙元時期西域大部分地區為成吉思汗次子察合臺的封地即察合臺汗國。另外元朝在今伊犁河流域曾設置阿里麻裡（阿力麻裡）行省，但不久就併入察合臺汗國。又在阿姆河南岸曾設立行省，後併入伊利汗國。今烏魯木齊一帶曾設置別失八裡行省，後一度被察合臺汗國佔據，後期重新成為元朝的轄地。
明清時期
明代在西域處於退縮狀態，在今克什米爾東北和藏西設置俄力思軍民元帥府；1406年， 又設立哈密衛，任用當地世族首領為各級官吏統轄當地軍政事宜，維持商貿通道安全，對西域地區實施羈縻控制。洪武三年（1370年）察合臺汗國滅亡後其後裔建別失八裡，都城在別失八裡（今吉木薩爾北破城子），永樂十六年（1418年）遷都亦力把裡（今伊寧）。15世紀中葉，吐魯番部強大，1472年，哈密等衛所一度被吐魯番攻破，諸衛內遷，後復，1514年再度被並，明朝最後退守嘉峪關。明朝中葉，東察合臺汗國演變為葉爾羌汗國。元、明兩代，西域各族人民為保衛和開拓祖國邊疆、繁榮西域經濟、發展科學文化技術，作出了卓越的貢獻。 17世紀，準噶爾（蒙古的一支）叛亂，並攻打外蒙古。1697年，清軍擊敗了準噶爾，控制了新疆東部。1755年，清朝攻佔固勒扎；1757年，清朝徹底平定了準噶爾叛亂。乾隆皇帝把這片土地命名為「新疆」，取因「故土新歸」之意。1759年，清朝又平定天山以南因準噶爾部消失而趁機坐大的回部，即伊斯蘭教白山派首領大小和卓反叛，從此完全確立了清朝對新疆的穩固統治，回部之前在準噶爾暴力統治之下。而準噶爾部被滅族也直接導致新疆及中亞部分完全伊斯蘭化。 1771年，土爾扈特人在首領渥巴錫的帶領下打敗沙皇俄羅斯的阻攔從幾千裡外的哈薩克草原回歸祖國。1755—1757年，清朝統一西北地區，解除了哈薩克汗國來自準噶爾貴族的威脅。大、中、小三個玉茲，曾先後表示歸順清朝，部分牧民遷回阿勒泰、塔城、伊犁地區放牧。清朝平定準噶爾後，要求歸附的不僅僅是哈薩克和布魯特，蔥嶺以西的各部落，如浩罕、今天新疆西部的巴達克山、帕米爾、布哈爾、山克、塔什幹、愛烏罕（阿富汗）等紛紛表示歸附。
近代
1840年的鴉片戰爭是中國近代社會的開端，鴉片戰爭以後，新疆和祖國其他地區一樣，逐漸淪為半封建半殖民地社會。新疆各族人民反地外國入侵，反對分裂以及反對封建剝削壓迫的鬥爭任務更為繁重。新疆同祖國的命運越來越密切。 16世紀沙皇俄羅斯侵入西伯利亞。19世紀中葉，俄羅斯帝國威脅清朝的整個北部邊境。1864年的《塔城條約》將新疆西北部巴爾喀什湖以南大約44萬多平方公裡的領土割讓給俄國，這些土地現在分別屬於哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦。
第一次鴉片戰爭以後，大清王朝日益衰弱，中國領土主權遭到帝國主義的踐踏。位處祖國西北邊陲的新疆更深受沙俄侵吞之害。沙皇俄國在完成對西伯利亞的擴張之後，開始蠶食侵佔我國領土。1860年到1851年前，沙俄迫使清政府籤訂喪權辱國的《中俄北京條約》《中俄勘分西北界約訂》《中俄伊犁塔爾巴哈臺通商章程》。
1865年春，由於清朝衰落，毗鄰新疆的中亞浩罕國的阿古柏從喀什進入新疆，統治新疆絕大部分地區達6年無惡不作，給新疆人民帶來沉著災難。1871年，俄國侵佔包括固勒扎城（伊寧市）在內的伊犁河谷，當時清朝在新疆只剩下塔城等少數據點。
1875年，清朝陝甘總督左宗棠就任欽差大臣，督辦新疆事務。到1877年底，清軍陸續收復了中亞浩罕汗國阿古柏侵佔的天山南北諸地，史稱「清軍收復新疆之戰」。 其後沙俄又藉口伊犁農民起義和阿古柏勢力威脅到俄國安全，打著保護和代守的旗號，公然出兵佔領伊犁。新疆面臨為外國瓜分侵佔的危險。 1881年，清政府收復被沙俄佔領長達11年之久的伊犁地區。1884年設立新疆省，實行與中國本部18省一樣的行政制度，由巡撫統管全疆各項軍政事務，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今烏魯木齊）。
光緒七年二月，清政府使臣曾紀澤（曾國藩之子）經過與沙俄艱苦的外交鬥爭，幾經周折，終於達成《中俄伊犁條約》，條約議定次年沙俄軍隊撤出伊犁，中國以賠款和允許俄商在新疆貿易不納稅，俄國在嘉峪關和吐魯番設領事作為代價。1882年，伊犁終於回到祖國的懷抱。
光緒十年（1884年），清政府發布新疆建省上諭，劉錦棠被任命為首任新疆巡撫。1885年，沙俄吞併中亞大部分地區，盜走乾隆御界限碑。隨後，俄國人又炮製了「帕米爾乃浩罕遺產」之謬論，妄圖強佔該地。1892年，俄國不顧清軍在此已增設哨所而大舉南侵，強佔了中國清朝新疆西南薩雷闊勒嶺以西兩萬多平方公裡的領土。其實中國與中亞國家的邊界問題，其最根本的源由就是清後期與沙俄籤定的一系列割地賠款的不平等條約中遺留下的。1880年代左宗棠抬棺率兵收復整個新疆，清朝和沙俄籤定邊界協議，按協議是山口往南的垂直直線劃線，後來沙俄在原有割地基礎上又侵佔2.8萬多，一直不還。
十月革命後，列寧曾稱要歸還不平等條約中侵佔的一切中國領土，但是1921年蘇聯紅軍進入中國唐努烏梁海地區，8月13日，唐努烏梁海宣布「獨立」。 1944年10月13日，正式改名為「圖瓦蘇維埃社會主義自治共和國」。17萬平方公裡土地成為蘇聯領土。
而不包含在條約中的被佔領土也就一直懸而未決。 根據《中俄伊犁條約》而籤訂的《中俄續勘喀什噶爾界約》，將帕米爾西部割讓給沙俄（見沙俄侵佔帕米爾事件）。二十一年沙俄又在英國默許下，違約侵佔薩雷闊勒嶺以西中國領土。清政府對此提出了多次抗議，沙俄從此也就不再理會，一直霸佔該地。但以後歷屆中國中央政府都不承認。
清朝對新疆的經營，無論是規模和範圍皆遠勝從前歷代，社會經濟得到前所未有的進步和發展。1、屯田戍邊，農墾事業規模空前。2、移民及人口增長。3、礦產資源的開發利用進入一個新的時期。4、商業貿易有一定發展。5、興辦各種文化教育事業。
二十世紀
清王朝進入公元20世紀後，已是窮途末路，氣數臨近，資產階級革命運動日益高漲。革命黨人的足跡，也踏上新疆的土地。1911年10月武昌起義不久，新疆革命黨人劉先俊等人計劃於迪化城策動起義。因叛徒出賣而失敗。翌年，以楊纘緒、馮特民、李輔黃為首的革命黨人在伊犁起義成功。宣告清朝在伊犁反動統治的結束。之後因清朝宣統皇帝退位，袁世凱命楊增新為新疆都督，楊增新採用軟硬兼施的手段，迫使革命黨人妥協，資產階級領導的伊犁起義失敗。但伊犁起義作為新疆各族人在資產階級革命影響下發動的旨在推翻清王朝，埋葬封建制度的偉大革命鬥爭功不可沒。 伊犁起義還激發了新疆各族人民反帝愛國的熱情和鬥志。
楊增新竊取伊犁起義成果擔任新疆都督後，實行專制獨裁統治，製造民族不合，推行愚民政策，鎮壓不同意見，遭到社會各界的反對。在統治新疆17年後，終於死於統治集團內訌。1928年，愚昧不堪的金樹仁繼新疆都督，社會動亂進一步加深。1933年末，金樹仁被迫出逃。陰險狡詐的封建軍閥盛世才接任都督，開始其長達10年之久的反動統治。
盛世才是一個典型的反動政客。擺出一付積極治理新疆的虛偽面孔，積極發展同蘇聯的聯繫，妄圖利用蘇聯人的支持保持自己「新疆王」的獨裁地位。在一些進步青年的影響和蘇聯的幫助下，盛世才於1936年形成「反帝、親蘇、民平、清廉、和平、建設」的「六大政策」。1937年，盧溝橋事變後，中國共產黨為了團結一切力量共同抗日，同盛世才結成抗日民族統一戰線。1937年10月，盛世才同意我黨在迪化成立八路軍辦事處，滕代遠任主任。隨後，黨中央派遣了一百多位黨員來疆工作。
中國共產黨人在新疆工作取得的成就使盛世才十分不安，1939年有意製造摩擦，冷淡關係。1941年德國法 新疆西斯發動侵蘇戰爭，盛世才錯誤估計形勢，公開與蘇聯、中共對抗。製造所謂「四一二陰謀暴動案」捕殺中共黨員，殘酷殺害陳潭秋、毛澤民、林基路等中共黨員，拋棄六大政策，投向國民黨蔣介石。
30年代初，蘇聯出兵幫助盛世才擊敗了有日本背景的馬仲英，並剷除了英國支持的喀什回教共和國。
抗戰末期，蘇聯再次介入新疆事務。1944年，伊犁、塔城地區「解放組織」在蘇聯伊寧領事館領導下起事，在伊犁、塔城和阿爾泰地區成立了東突厥斯坦共和國。當時被殺漢回民眾達十萬人。1944年9月，蔣介石將盛世才調到南京，派吳忠信任新疆省長，並命令西北軍閥甘肅省主席馬步芳派一個軍的騎兵駐紮在新疆各地，進行武裝平叛。
蘇聯調解伊寧政權與國民黨談判，成立新疆省聯合政府。伊寧方面放棄了「東突厥斯坦共和國」的稱號，但維持事實上獨立直到1949年中國人民解放軍解放新疆為止。因為這個政權是反對國民黨的，新疆解放以後，官方稱其為三區革命，是中國新民主主義革命的一部分。
1949年，國共內戰末期，在彭德懷的人民解放軍第一野戰軍8月26日佔領蘭州繼而佔領甘肅全境之後，經過張治中在中斡旋，新疆的國民革命軍軍政長官陶峙嶽、包爾漢等宣布脫離廣州的臨時國民政府起義。9月25日第一野戰軍第一兵團在王震將軍率領下攻佔烏魯木齊，1955年改新疆為自治區。1962年蘇聯陸續對中國西北華北東北進行武裝摩擦，4月阿勒泰、塔城、博爾塔拉到伊犁四個地區二十幾個縣，共有邊民六萬七千餘人逃到了蘇聯，有兩個縣跑得還剩幾百人。事件發生之後，新疆軍區副參謀長祖農·太耶夫少將和馬爾果夫·伊斯哈科夫少將率領40多名校、尉級軍官叛逃蘇聯。史稱「伊塔反革命暴亂事件」 （或「伊犁暴亂」）。