首先來說說魚缸底濾的工作原理：
底部過濾是放在水族箱底部，它由許多的網板組合而成，在網板上可以連接水泵的進水管，當水泵工作時，水流通過網板的底部的導流槽進入到過濾槽內，過濾後的水再回到水族箱內，進行一個良好的水循環 ，是培養硝化細菌最好的過濾，也是處理能力最強的過濾，但是他也有缺點。
先說說優點：
過濾面積大，當水泵工作時，底部過濾網與水族箱的底部的空隙中，會產生虹吸作用，形成一股強有力的水流，將網板上的髒物吸到過濾槽內。底部過濾器還可以根據飼養魚的大小、水族箱尺寸的大小增加水泵的數量，以增加水的過濾量。
缺點：
體積巨大一般得佔用魚缸底櫃空間，並且對水泵要求比較高，功耗比較大，水泵必須和溢流配合妥當，否則又水滿金山或水泵幹燒！所以，對技術水平要求略高。底部過濾的使用，抽水泵的功率不能太小，功率太小，底部的水流速太慢，容易滋生藻類，藻類在慢水流中，會大量繁殖。因此，使用底部過濾器時，所使用的過濾器的功率一定要大，這樣可以提高底部水的流速，使藻類不能在底部生存。底部過濾器最大的缺點是清洗比較困難！一旦需要清洗過濾器或水族箱，就要將底沙全部取出。
底濾濾材擺放順序：
第一格，白棉、藤棉；
第二格；細菌屋、陶瓷環、玻璃環、濾球等（可以選一種，也可以搭配使用）；
第三格，如果是最後一格，則可以放泵和加熱棒，如果不是，也可以放細菌屋等或是麥飯石；但是最後需要留一格放泵和加熱棒。
底濾與一個缺點就是斷點或者出問題之後容易出現燒壞器材或者水漫金山的情況，所以為了避免這種情況，一般都會搭配溢流使用，溢流對於底濾的作用：
溢流會因內外玻璃板之間的水體與魚缸中的水體會有落差，在大氣壓和重力的作用下魚缸中的水體將會整體向下，所以會不斷的有水從魚缸底進入玻璃板夾層中（這就是圖中下水流的形成原因），又因水自身的張力，上面的水會平向流進溢流區（這就是圖中下水流的形成原因），上下水流匯合後經過溢流區內的濾材後經下水管進入底濾槽，再由水泵將過濾後的水經上水管送回魚缸，以此完成過濾。停電後，水泵停止工作，在大氣壓和重力的作用下魚缸中的水確實會繼續流到溢流區內從而進入底濾槽中，但當魚缸中的水面和夾層中的水面達到同一高度後便無落差形成，所以此時就如同是一整缸的水了，也就絕對不會有落差了，在無落差的情況下就不會有水流形成，因此實際在停電後會流到底濾槽中的水就只有內外玻璃板之間的高度差距那些水，所以各位只要在底濾槽中預留出這部分水的高度，即使停電了也絕對不會出現漫水的情況了。
一張圖說明溢流的作用：
魚缸底濾設計圖詳解：
魚缸底濾應用實例：