瘟疫，亦稱大流行，最常見的是鼠疫，又稱黑死病，有腺型、肺型和敗血症型三種，在人類歷史上有過三次跨洲際的傳染力。最早在《舊約聖經》中已出現類似鼠疫侵襲亞述軍的記載。首次的大流行發生於西元6世紀，疫情持續了五十多年；14世紀歐洲爆發「黑死病」，發病1至3日之內死亡，大約死亡一千七百萬至兩千八百萬條生命，死亡人數佔歐洲人口的四分之一以上，義大利、英國死者半數，據稱是由中國商人和蒙古軍隊傳入。第三次鼠疫大流行始於1860年，正值中國清朝後期。其它的疫疾還有痘疹（天花）、大頭瘟、羊毛瘟、疙瘩瘟、吐血瘟。
上古時期
中國古代殷墟甲骨文已有「蟲」、「蠱」、「瘧疾」、「疾年」等文字的記載。「癘」字可見於《尚書》、《山海經》和《左傳》。
[ 漢朝
公元2年，青周大疫，漢平帝詔曰：「民疾疫者，舍空邸第，為置醫藥。」
三國時期
建安二十二年（217年）冬天，北方發生疫病，當時為太子的曹丕在第二年給吳質的信中說：「親故多羅其災，徐、陳、應、劉一時俱逝」。除孔融、阮瑀早死外，建安七子之中竟有五人死於傳染病。曹植《說疫氣》描述當時疫病流行的慘狀說：「建安二十二年，癘氣流行，家家有殭屍之痛，室室有號泣之哀。或闔門而殪，或覆族而喪。」
魏晉南北朝
晉惠帝光熙元年（306年）：「寧州頻歲飢疫，死者以十萬計。五芩夷強盛，州兵屢敗，吏民流入交州者甚眾。」（《資治通鑑》）
永嘉年間（307年—312年），戰亂頻仍，雍州以東，「人多飢乏，更相鬻賣，奔迸流移，不可勝數。」、「又大疾疫，兼以饑饉，……流屍滿河，白骨蔽野。」（《晉書．食貨志》）
義熙元年（405年），益州大族譙縱據四川，自稱成都王。義熙二年（406年），劉裕派遣劉敬宣率兵五千人伐蜀。義熙四年（408年）九月，敬宣部隊勢如破竹，到達遂寧郡之黃虎，譙縱請求後秦姚興出兵，姚興遂派遣平西將軍姚賞等率兵增援，黃虎之戰中劉敬宣前進受阻，雙方相持六十餘日，敬宣部隊糧草啖盡，此時疾疫大起，「死者大半」，敬宣下令退出四川。到建康時，士兵十不存一。
隋朝
開皇十年（590年），首都長安發生疾疫。
大業八年（612年），山東、河南大水，不久出現疾疫。山東地區災情尤慘。
唐朝
代宗廣德元年（763年），江東大疫，「死者過半」。「辛丑歲（762年），大旱，三吳飢甚，人相食。明年大疫，死者十七八，城郭邑居為之空虛，而存者無食，亡者無棺殯悲哀之送。大抵雖其父母妻子也啖其肉，而棄其骸於田野，由是道路積骨相支撐枕藉者彌二千裡，春秋以來不書。」（《吊道殣文》）
宋朝
北宋慶曆八年（1048年），河北大水，次年三月疫災。
南宋嘉定元年（1208年），江淮一帶大疫。（《宋史·五行志》）
南宋度宗鹹淳七年（1271年），浙江永嘉地區大疫。
南宋德佑元年（1275年）六月，常州等城為元軍佔領，城內居民四處逃竄，「民患疫而死者不可勝計」。
南宋德佑二年（1276年）閏正月，元軍包圍了臨安府，德佑二年閏三月，臨安府大疫。
遼、金、蒙古
金末年哀宗正大九年（1232年），汴京疫病大起，「都人不受病者萬無一二，既而死者繼踵不絕。」當時汴京有城門12座，每日各門送出死屍多達2千具。
元朝
至大元年（1308年）春，紹興、慶元、召州大疫，死者二萬六千餘人。皇慶二年（1313年）冬，京師大疫。（《元史·五行志》）
至順二年（1331年），衡州連歲大旱，又發生疫災，「死者十九」（《元史·文宗紀》）。
1344年，中國淮河流域爆發黑死病，河北商人再沿「絲路」將之傳到印度、敘利亞、美索不達米亞等地。同時期蒙古人西徵時，將染疫屍體用投石機投入城中，由此散布病毒至歐洲各處。造成1347年歐洲大流行，大文豪薄伽丘的《十日談》即是以這場瘟疫為故事背景，描寫浩劫下的人性。
至正十九年（1359年）春夏，莒州沂水、日照二縣和廣東南雄路大疫。
明朝
萬曆八年（1580年），「大同瘟疫大作，十室九病，傳染者接踵而亡，數口之家，一染此疫，十有一二甚至闔門不起者」。萬曆《山西通忘》卷26記載，潞安「是歲大疫，腫項善染，病者不敢問，死者不敢吊」。
崇禎六年，山西出現瘟疫。崇禎「七年八年，興縣盜賊殺傷人民，歲饉日甚。天行瘟疫，朝發夕死。至一夜之內，百姓驚逃，城為之空」。
崇禎十年（1637年）以後，山西全境瘟疫大流行「瘟疫盛作，死者過半」，疫情傳到河南地區，「瘟疫大作，死者十九，滅絕者無數」。榆林府「大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作」。
崇禎十二年夏，商洛山中瘟疫流行，李自成、劉宗敏的義軍將士染病。
崇禎十三年，順德府（今邢臺）、河間府（今河間）和大名府（今大名）有大疫，人死八九。
崇禎十六年二月，北京大疫，病名叫「疙瘩病」，「大疫，人鬼錯雜。薄暮人屏不行。貿易者多得紙錢，置水投之，有聲則錢，無聲則紙。甚至白日成陣，牆上及屋脊行走，揶揄居人。每夜則痛哭咆哮，聞有聲而逐有影」。（抱陽生《甲申朝事小計》卷六）
崇禎十六年八月，天津爆發肺鼠疫：「上天降災，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），傳染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下數百人，甚有全家全亡不留一人者，排門逐戶，無一保全。」（谷應泰《明史紀事本末》）
崇禎十七年，天津督理軍務駱養性說，「昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。」
清朝
鹹豐五年（1855年）六月，清水大疫。六年五月，鹹寧大疫。十一年春，即墨大疫。六月，黃縣大疫。（《清史稿·災異志》）
俞樾的《曲園筆記》記載，「同治之初，滇中大亂，賊所到之處，殺人如麻，白骨飛野；通都大邑，悉成丘墟。亂定之後，孓遺之民，稍稍復集，掃除胔骼；經營苫蓋。時則又有大疫，疫之將作，其家之鼠，無故自斃，……人不及見，久而腐爛，人聞其臭，鮮不疾者，病皆驟然而起，……或逾日死，或即日死，諸醫束手，不能處方；……其得活者，千百中一二而已。疫起鄉間，延及城市，一家有病者，則其左右十數家即遷移避之，踣於道者無算，然卒不能免也。甚至闔門同盡，比戶皆空，小村聚中，絕無人跡……」
光緒二十年（1894年），鼠疫曾發現於香港，後即釀成疫癘。流行於世界。（《中國醫學史》，陳邦賢）
光緒二十八年（1902年）六月，京津地區爆發霍亂。死亡超過一萬餘人。直隸總督袁世凱在六月初十日給徐世昌的信函中說：「近日疫症大作，傷人甚多。」
1910年，伍連德（1879年—1960年）的《伍連德自傳》記載「這種病……滿州裡一帶的俄國人恐是最先染到的。有一部份以捕土撥鼠為之山東移民，患得更多。他們將鼠捕來，剝取其皮，染以顏色，冒充黑貂，售與西方婦女。……一俟有了二三十條鼠皮，即往客棧居住，靜候顧主之光臨。如果一人患有疫疾，即可傳染整個客棧，再延至他處。
歷史上因瘟疫改朝換代的也有。
三國時期的赤壁之戰在中國婦孺皆知，然而瘟疫在這場戰爭中的作用卻很少有人知曉。《三國志-魏書-武帝紀第一》中明確記載了曹軍的真正敗因「公至赤壁，與備戰，不利。於是大疫，吏士多死者，乃引軍還。」也就是說，曹軍在赤壁之戰中吃了敗仗不假，但並沒有因此導致一敗塗地，真正迫使曹軍敗走的原因是「大疫」。至於華容道捉放曹之類的情節，純屬小說家的文學創作了。
明朝亡於天災的說法，是現代明史研究者普遍認同的觀點。儘管「小冰河期」的乾冷氣候和頻發的旱災，助推了明朝的衰亡過程，但鼠疫卻在明朝的最後時刻砍出了最關鍵的一刀。明末鼠疫發生於1633年的山西，並於1641年蔓延到北京周邊地區。1643年底，更恐怖的事情發生了，傳播力和殺傷力更強的肺鼠疫逐漸取代了腺鼠疫。
1644年春，鼠疫在北京達到流行高峰，累計已造成北京20-30%的人口死亡，出現了「人鬼錯雜，日暮人不敢行」的人間地獄景象。就在此時，李闖王大軍撞上大運，輕而易舉地攻陷了這座原本城防堅固、防衛森嚴的帝都。然而當志得意滿的李自成坐在皇帝的寶座上之時，瘟疫的幽靈已經滲入到他的大軍之中。結果，一貫作戰頑強驍勇的大順農民軍，在鼠疫的侵襲下竟然短時間內戰鬥力大減，慘敗於多爾袞和吳三桂的聯軍，使北京城在短短一個多月就更換了兩次主人。李自成及其軍隊為何在這麼短的時間內就突然「腐化」了，一直是歷史學界討論的熱門話題，直到近10多年來，鼠疫這個幕後推手才被人推到了歷史研究的前臺。
傳統史學界在探尋上述歷史事件的原因和推動因素時，總是可以總結出勝利方有多麼英明睿智、未卜先知，失敗方則是怎樣的昏招迭出、無可救藥。然而，假如沒有瘟疫的神助攻，也許就不會有勝利方的臨門一腳，那麼上述結論可能就會顛倒過來了。每當看到專家們按照傳統史學的思維方式發表的類似評論時，我仿佛聽到了瘟疫之神正在某個陰暗的角落，發出了詭異而輕蔑的冷笑。
縱觀中國「二十五史」及各地地方志等史籍所記載的傳染病疫情記錄，總體趨勢是年代越往後，被記載的疫情就越多。這並不能說明疫情的頻率在中國歷史上呈現越來越高的趨勢，而更可能是因為越往後的年代，史料記載就越詳細，疫情被遺漏的機率就越小。但是有兩個時代，疫情次數與之前的時代相比呈現大幅度的增長，甚至高於其後的時代，說明這兩個時代確實是歷史上傳染病的高峰期。
第一個時代是東漢末期到三國初。實際上從東漢中期開始，傳染病疫情已經出現了發生頻率越來越高、強度越來越大的趨勢，並在東漢末年達到了疫情流行的最高峰。東漢最後三十年，有記載的全國性大瘟疫發生了12次，小規模的地方性疫情則不計其數。
204-219年是最可怕的年代，在瘟疫的蹂躪之下，很多地方的人口死亡率達到50%甚至更高，強度甚至可能高於歐洲14世紀中期的黑死病。醫聖張仲景在《傷寒卒病論》中描述「餘宗族素多，向逾二百，自建安以來，猶未十年，其亡者三分之二，傷寒十居其七」。東漢末年到三國初年，是中國有文字記載的三千多年歷史上人口減少最劇烈的年代，人口從6000多萬驟減到1500萬以下，而瘟疫可能是這個苦難年代的頭號殺手，在減少人口方面的作用可能超過了戰爭和饑荒。
那麼，東漢末期的大瘟疫究竟是什麼傳染病造成的呢？目前有鼠疫、流行性出血熱、傷寒、流感等多種說法，也有人認為是一種已經消失的古代傳染病。從多數病死者的症狀來看，這是一種由哺乳動物作為病毒宿主傳播，以突發高熱和劇烈呼吸道症狀為主要特徵，並出現血斑瘀塊的傳染病。結合症狀及其高致死率的特點，推斷為鼠疫的可能性最大。當然，個人認為應該是多種傳染病混合流行，以鼠疫為主要致死病種。
第二個恐怖的大瘟疫時代，前面也已經描述過，就是明末清初。這一次的主要流行病種比較明確，是鼠疫和天花這兩種古代最可怕的殺手接踵而至，輪流肆虐於神州大地。從萬曆年間開始，傳染病疫情出現了發生頻率逐漸增加，烈度逐漸提高的趨勢，在崇禎年間達到了最高峰。
明末清初一系列令人目不暇接的大事件，背後都有瘟疫忙碌的身影。除了鼠疫直接導致了北京城的意外淪陷和李自成軍隊的迅速「腐化」之外，天花也殺死了順治皇帝、多鐸等政壇大佬，而康熙皇帝被選為接班人的主要原因，就是他已經出過天花，不用擔心被感染了。從現有記載來看，兩大殺手似乎有所「分工」。鼠疫在底層民眾和士兵中的衝擊更廣，而天花則對上層政治人物的打擊更大。明末大鼠疫的發生，說起來也是一個徹頭徹尾的悲劇，饑荒中的民眾，為了避免餓死，挖開了老鼠洞，吃掉了老鼠及其儲藏的食品，而老鼠則留下了鼠疫桿菌，作為報復人類社會的工具。
那麼，東漢末三國初、明末清初這兩個時代，為何會成為中國歷史上最恐怖的大瘟疫時代？這兩個時代與歷史上其它時代相比，有何獨特之處？這兩個時代之間又有何共同點？首先會被提到的是，這兩個時代都是著名的亂世，大災之後必有大疫，戰爭、災荒之後必定會發生疫情，這在中國古代基本已成為規律。問題在於，中國歷史上的亂世也有很多，為何就這兩個時代的疫情特別強烈，達到了古代傳染病發病強度的頂峰？
如果我們從大尺度來觀察中華文明的發展歷程，我們會發現，東漢末三國初、明末清初這兩個時代，恰恰有一個共同點，都是中華文明對外交流的範圍發生質的變化之後，所面臨的第一個亂世。自從漢武帝時期鑿空西域，漢宣帝首次在西域設立管理機構之後，中亞就已被納入中華文明的輻射範圍。不過當時西亞和地中海區域尚處於混戰狀態，絲綢之路並未真正形成。東漢中期，漢帝國的勢力再次深入中亞，此時羅馬帝國和安息帝國已分別在地中海區域和西亞建立了穩定的秩序，絲綢之路真正貫通了。對於中國來說，這意味著從孤立於東亞大陸一隅，轉變為亞歐大陸核心區經貿文化交流鏈條中的重要成員，是中華文明對外交流範圍的第一次質的變化。此後在蒙古帝國時期，由於帝國的擴張使歐亞大陸各地發生了更加緊密的交流，但影響所及的範圍並未明顯超出此前的狀況，不能算是一次質的飛躍。
第二次質的飛躍發生在明朝的後期。16世紀的地理大發現，開始將全球連結起來，西班牙人、葡萄牙人相繼建立了地跨各大洲的帝國。這個時期的中國看似內斂保守，實際上也在不自覺地捲入全球化進程之中。東南沿海的貿易規模不斷擴張，「倭寇」這種海上武裝走私集團大量湧現。澳門成為西方人在中國的第一個立足點，西方傳教士也已經大批進入中國。
世界各地交流強度和範圍的擴大，既包括人員交流、商品交流的擴大，也包括物種交流、微生物交流的擴大。各地區難以避免會傳入一些新傳染病，或者舊傳染病的新亞種（明末的瘟疫，1918年的流感大流行，看似沒有新的傳染病病種發生，但很可能出現了新的亞種）。而對於這些新傳染病或新亞種，該地區的人口尚未有機會產生出免疫力，便導致了傳染病疫情的流行高峰。東漢末三國初、明末清初的傳染病流行高峰，用這種理論來解釋最為靠譜。當然在世界範圍內更典型的例子，則是歐亞大陸各種傳染病對於美洲原住民的大屠殺了。
在人類歷史上，兩種情況下最有可能引入新的傳染病病種或亞種。一是與原本沒有交流（包括直接和間接交流）的地區和人群發生了密切的交流；二是與原本沒有接觸的動物發生了密切的接觸（主要是指馴養各種哺乳動物）。
第一次世界大戰拿破崙失敗也是因瘟疫
歐洲人無不對1348年和1918年這兩個年份談之色變，前者是黑死病（1347-1353年）的高峰之年，這場黑死病殺死了當年歐洲約三分之一的人口。後者是歷史上最兇猛的流感大暴發的高峰之年，這場流感從歐洲開始蔓延至世界各地，吞噬了約5000萬條生命。
實際上傳染病改變歷史走向的事件常常發生，但耐人尋味的是，在傳統史學界的敘述中，傳染病的作用常常被完全忽略了。下面舉出幾個在學術界已得到廣泛認同的例子。
拿破崙大軍遠徵俄國的失敗，是導致拿破崙帝國由盛轉衰並最終覆滅的轉折點。實際上擊倒拿破崙大軍的頭號功臣是斑疹傷寒將軍，這場在法國大軍中肆虐的斑疹傷寒疫情，曾創造了每天殺死法軍6000人的記錄，無論是導致法軍死亡的數量，還是在法軍中所引發的恐慌和戰鬥力喪失，都比敵軍的作用要大得多。
另一個典型例子是1918年全球大流感在第一次世界大戰中的影響。蘇維埃革命使德國人結束了東線戰事，得以將全部力量聚集到西線。為了在美國人全面參戰之前結束戰事，德軍於1918年春季在西線發動了猛烈的攻勢，一度進逼到巴黎郊區。但來勢兇猛的流感大暴發，放倒了德軍一半以上的士兵，使德軍精心策劃的「最後一擊」化為泡影，雖然英法軍隊也飽受流感的折磨，但對於需要時間等待美國全面參戰的英法來說，這場大流感卻來得太是時候了。很多戰爭史專家認為，如果沒有這場大流感的阻擊，德國很可能會成為第一次世界大戰的最終贏家。
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