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1941年12月7日，日本聯合艦隊偷襲珍珠港，悍然挑起了太平洋戰爭。在一次次戰鬥中，美國人親自「領略」了日軍拼死頑抗的「戰鬥精神」，他們不太明白日軍為何在戰場上不懼死亡？於是，美國開始研究日本軍國主義的根源。
1945年，美國陸軍部下令拍攝了一部名為《認識你的敵人日本》的影片。影片中解說道：「天皇對於日本人來說是最神聖的神，他一人獨掌政治、宗教大權。日本人相信戰死之後靈魂可以被供奉于靖國神社，對於日本人，最高的榮譽就是戰死後被供奉在靖國神社，因為連天皇也會去俯首參拜，所以日本人與其投降不如選擇戰死。」可以說，戰前的靖國神社實際上完全是日本軍國主義用以愚弄和籠絡國民，煽動他們效忠天皇並甘心充當炮灰的御用工具。
美國國立公文館保存著一份1944年的美國國務院「戰後計劃委員會」的機密檔案。檔案中寫道，「靖國神社等神社並非我們所認為的宗教。它們崇拜軍國主義分子，培育了攻擊性的國家主義精神，這樣的神社違反信教自由，應當關閉……」
部分美軍將領主張燒毀靖國神社，從精神上徹底解除日本武裝
1945年8月15日，日本宣布無條件投降。30日下午兩點，美軍將領麥克阿瑟乘坐的「巴丹」號座機抵達東京郊外的厚木機場。在鼓樂聲中，麥克阿瑟志得意滿，叼著玉米棒芯菸斗走下舷梯，他將作為盟軍最高司令官、7500萬日本人的絕對主宰者開始統治日本。此時的麥克阿瑟對日本軍國主義恨之入骨，他一到任就下令解除日本武裝，逮捕戰犯。隨後，美國公布了「戰後初期對日政策」，表明美軍將在日本實施宗教信仰自由，並禁止日本人打著宗教的旗號，搞極端國家主義和軍國主義組織及運動，矛頭直指靖國神社。
緊接著，美國國務院也公開宣布了廢止日本國家神道，全面壓制軍國主義、極端國家主義的方針。美國政府、宗教界等就靖國神社的處置問題提出了各種方案，有的認為應該變成「國營紀念碑」，有的主張改為「無宗教色彩的追悼設施」，等等。然而在駐日美軍軍官們眼中，這實在是太便宜日本人了。一些美軍將領，尤其是盟軍總司令部(以下簡稱盟總)對敵諜報部的軍官們，強烈建議麥克阿瑟放一把大火燒毀靖國神社，從精神上徹底解除日本的武裝。這個建議打動了麥克阿瑟，很快，100名美國大兵開進了靖國神社。
為矇混過關，日本人想把靖國神社偽裝成娛樂一條街
美軍的行動讓日本軍國主義分子陷入了極度驚慌，就在這時，他們接到了前首相東條英機的密令，稱「靖國神社要永久存續，天皇亦理應參拜」。隨後，日本軍國主義分子展開了積極活動，企圖維護靖國神社。靖國神社權宮司(負責人)橫井時常考慮到，因為人們都認為靖國神社是戰爭的中心，原封不動保留是不可能的。於是，橫井想出一個花招，他決定利用盟總尊重信教自由的政策，以純宗教的姿態維護靖國神社。1945年11月26日，橫井親自拜訪盟總宗教科科長巴斯，提出了靖國神社由國家神社變為宗教廟宇的方案，至於名字則無所謂，改稱廟也好，宮也罷，或者乾脆改稱靖國廟宮。為誘使盟總接受該方案，橫井甚至提出，可以考慮將靖國神社一帶變成以學生為主要服務對象的娛樂一條街，設立劇場、音樂廳、美術館等。此外，日本軍國主義分子還煽動由戰爭遺孤組成遺族會向盟總遞交請願書，希望盟總保留靖國神社。橫井的障眼法最終騙過了巴斯，巴斯對橫井的方案大加讚賞，並提交給了麥克阿瑟。
就在橫井等人積極遊說盟總的同時，日本陸海軍省也在緊鑼密鼓地策劃靖國神社臨時大祭，為死掉的日本侵略軍招魂。儘管此事遭到一些美軍軍官的強烈反對，但由於當時圍繞靖國神社的處理問題，盟總內部發生了意見分歧，最後大家統一了意見，決定允許日本人舉行大祭，並視大祭的情況來決定如何處置靖國神社。
1945年11月20日，在盟總的監視下，靖國神社舉行了大祭，這是日本戰敗後的第一次，也是最後一次由國家主持的大祭。裕仁天皇和幣原首相為首的政府各級官員以及日軍代表參加了大祭，參拜者人數達到3萬人。為了給盟總留下良好的印象，軍人們穿著西服入列參拜。
日本人的偽裝終於有了收穫，1945年12月15日，盟總發布了麥克阿瑟第448號指令，即所謂的「神道指令」，宣布廢止國家神道，實行政教分離。但這道命令卻同意靖國神社脫離國家管理成為宗教法人，並與其他宗教團體享受同等待遇，靖國神社終於逃過了滅頂之災。
羅馬教廷代表勸阻麥克阿瑟，美為冷戰考慮保留靖國神社
1946年4月，靖國神社接到盟總的新通告，禁止天皇參拜靖國神社。接著，在中國、蘇聯等國的強烈要求下，美軍用水泥將靖國神社內紀念日軍侵略戰爭的13米高的大石燈籠抹平。11月，盟總又發布了關于靖國神社的新指令，指出靖國神社是軍國主義神社，不承認將國有土地轉讓給神社，靖國神社存在的合法性再次遭到了質疑。1951年9月，盟總批准了土地轉讓事宜，靖國神社最終得以苟延殘喘。此時的靖國神社雖已降為一般性的宗教團體，但神社中供奉的戰爭亡靈的靈位並沒有撤除。
隨著1952年美軍佔領時代的結束，各種祭拜靖國神社的活動相繼「死灰復燃」。靖國神社搖身一變成為少數右翼勢力為軍國主義招魂、為侵略戰爭翻案的政治舞臺。
至於當年美軍為何沒有燒毀靖國神社，據說是麥克阿瑟徵詢了羅馬天主教教廷駐日代表比特神父的意見後，中止了燒毀靖國神社的計劃。然而比特神父僅靠一人之力就能保住靖國神社麼？真正的答案顯然不是這樣。
幾十年後，一份盟總的解密文件揭開了謎底。這份名為「關于靖國神社的將來的見解」的文件赫然寫道：「應該保留靖國神社，廢止恐怕反而會增加事端。」文件指出了沒有廢止靖國神社的理由——美國人擔心這不利於美國對日本的佔領。正如巴斯後來在接受日本NHK電視臺採訪時回憶說：「繼續制裁日本，不是我們的願望，那時的日本，正按照我們的期望在行動。」當時，隨著冷戰的激化，美國大幅度改變了佔領政策，不但停止清算日本的戰爭罪行，而且打算將日本建造成「共產主義的防波堤」。