1941年12月7日，日本聯合艦隊偷襲珍珠港，挑起了太平洋戰爭。在此次戰鬥中，美國人領教了日本軍人「悍不畏死」的精神，他們不太明白日本人在戰場上為何如此瘋狂？於是美國開始專門研究日本的「武士道」精神。
1945年，美國陸軍部拍攝的一部名為《認識你的敵人日本》的影片揭露了日本軍國主義的起源。影片中清晰地說道：「天皇對日本人來說是神，他一人獨享各種大權。所以日本人相信戰死的靈魂可以被供奉于靖國神社，這是戰死後軍人的最高榮譽」。可以說，靖國神社實際上充當了天皇籠絡愚民的工具，驅使著日本軍人在戰場上「悍不畏死」。
二戰後美國國務院的機密檔案中寫道：「靖國神社等神社並非是傳統意義上的宗教，它們崇拜軍國主義精神，培育了狂熱的武裝分子，這樣的場所應該完全關閉」。1945年，日本無條件投降，美軍將領麥克阿瑟抵達日本，開始改造日本。其中，關閉靖國神社就是首當其衝的任務。
麥克阿瑟作為盟軍的最高統帥，決定著7500萬日本人的命運。此時的麥克阿瑟對日本軍國主義恨之入骨，他一到任就下令解除日本武裝，逮捕窮兇惡極的戰犯。隨後，美國公布了「戰後初期對日政策」，表明美軍將在日本實行宗教信仰自由的方針，並禁止日本人打著宗教的名義搞極端軍國主義運動，矛頭直指罪惡源頭靖國神社。
緊接著，美國國務院針對日本問題也公開宣布戰後日本廢止國家神道，全面壓制日本軍國主義。美國政府就靖國神社的處置問題提出各種方案，有的認為應該變成「國營紀念碑」，有的主張修改濃鬱的宗教色彩。然而，這一切在駐日美軍眼裡實在是太便宜日本人了。一些美軍將領，尤其是盟軍的軍官們，強烈建議麥克阿瑟火燒靖國神社，斷了日本人的念想。這個建議打動了麥克阿瑟，很快，美國大兵們開進了靖國神社。
美軍的行動讓日本軍國主義分子驚慌失措，就在這時，他們接到了日本前首相東條英機的命令，希望讓靖國神社永存於世。隨後，日本軍國主義分子展開了積極活動，企圖維護靖國神社。同時，靖國神社的負責人決定利用盟軍尊重宗教信仰的政策，藉以維護靖國神社。日本軍國主義分子煽動戰爭遺孤上請願書，希望保留靖國神社。這一障眼法最終騙過了美國人，最終方案被提高給了麥克阿瑟。
就在軍國主義分子積極遊說的同時，日本海軍省也在謀劃靖國神社臨時大祭，為死掉的侵略軍人祈福。雖然此事遭到了一些美軍軍官的反對，但由於盟軍內部的分歧，決定同意日本人舉行祭祀活動。1945年11月20日，在盟軍的監視下，靖國神社舉行大祭，以裕仁天皇為首的各級官員參加了活動。
據資料記載，當時參拜人數多達3萬人。為了給盟軍留下好印象，軍人們穿著西服入宮參拜。很快，日本人的偽裝有了收穫。1945年12月15日，麥克阿瑟發布指令，宣布廢除國家神道，但這條指令卻同意靖國神社繼續存在，靖國神社終於逃過了滅頂之災。
此時的靖國神社雖然已成為一般的宗教性團體，但神社中供奉的戰爭亡靈的牌位並沒有撤除。隨著美軍佔領時代的結束，各種參拜靖國神社的活動相繼死灰復燃。靖國神社搖身一變成為日本右翼分子的工具，承擔著為軍國主義招魂的任務。至於當年美軍為何沒有燒毀靖國神社，據說是麥克阿瑟徵詢了羅馬教廷駐日代表比特神父的意見後，才終止了燒毀靖國神社的計劃。
然而真正的答案顯然不是這樣。幾十年後解密的一份盟軍檔案記載了沒有廢除靖國神社的原因。原來美國人擔心激化日本人的反抗情緒，進而導致暴亂發生。因此，對於當前日本存在的靖國神社問題，美國人當年的自私行徑顯然應負有一定責任。