太平天國建都天京在戰略上是否正確，史學界是有著不同的看法的。有的人認為太平天國建都天京，是「太平天國領導者在戰略思想和策略方針上的重大錯誤」。持這種觀點的人認為：1853年3月，那就是在佔領天京以後，應立刻以全部軍事力量北伐，沿途發動農民起義，進攻北京；而根據當時的情況和歷史特點來說，進攻並佔領北京是具有絕對把握的。也就是說勝利的條件都是具備的。因此，認為建都天京，是太平天國領導者犯了以保守的戰略代替了進攻的戰略的錯誤，使太平軍喪失「千載一時」之機，在可以消滅敵人的時候而沒有去消滅它。
太平天國佔領南京後的形勢，是否徹底勝利的條件都是具備了呢?定都天京建立南方根據地再圖北伐的戰略方針，是否是保守的戰略代替了進攻的戰略？
首先，在佔領南京後，太平軍的軍事力量還沒有達到足以推翻清王朝的地步。
太平天國從金田起義到南京佔領的短短三年中，太平軍力量的確有了飛躍的發展，取得了輝煌的戰果。隊伍從金田起義時的一萬多人，發展到百餘萬人。凡太平軍所至，人民紛紛響應，軍事進攻勢如破竹。在三年內，他們攻克了永安、全州、道州、永州、嶽州、武昌、九江、安慶、南京等許多城市，擊敗了清軍沿途的堵截。太平天國隊伍雖然有了巨大的發展，但是,真正能作戰的力量仍然很少。佔領南京後隊伍雖號稱百萬，實際戰鬥人員只不過十萬左右。太平軍攻克的城市，多數是由於清軍未認真設防或者是「棄而不守」。清政府重點設防的城市，如桂林、長沙，太平軍就沒有能夠攻克。更重要的是太平軍佔領了城市，都是沒有鞏固下來。可見太平軍的勝利，是暴風驟雨式的不鞏固的勝利。
至於清朝統治者方面,，在太平軍和其他人民鬥爭的沉重打擊下，企圖消滅太平軍的軍事計劃被徹底粉碎了。清軍內部矛盾日益加深，統帥不和，互相推諉，士氣空前低落。三年中，喪失了江南大片土地。但是，它還沒有到達崩潰前夕。因為被太平軍攻佔的城市不久就恢復了清朝統治；清軍雖然受到了沉重的打擊，但在技術裝備和數量方面的優勢並未喪失。正因為這樣，太平軍佔領南京後的第十天，向榮就尾追到孝陵衛紮下了江南大營不久，琦善又在揚州成立了江北大營。至於北方，清朝統治還比較穩定，主力部隊基本上還沒有出動。
綜上所述，可以看出太平天國佔領南京後的形勢特點是：太平天國雖然取得了巨大的勝利，但它還是不鞏固的；江南的清朝勢力儘管受到了沉重的打擊，但它並沒有受到致命性的打擊。所以，在當時江南雙方力量的對比中，太平天國只佔相對的優勢，還未佔絕對的優勢。儘管太平軍對清軍來說有「人心齊，地利熟，膽氣壯」的優勢，而清軍比起太平軍來還有「火器精，糧餉足，兵勇眾」的特點。從全國力量對比來看，特別是北方，絕對優勢更是在清朝統治者方面。以後北伐的失敗。西徵之艱巨，就是最好的證明。認為太平軍攻克南京後，太平天國已在江南佔絕對優勢的估計是值得討論的。至於說佔領北京有絕對把握爭徹底勝利的條件都是具備的，更是值得研究了。
其次，佔領南京以後，戰爭如何繼續進行？
擺在太平天國領導者面前的有三條路：
一條是建都天京，分兵北伐。洪秀全留南而楊秀清往北；
一條是集中兵力北伐。按照這個戰略，要求在南京不要停留，一鼓作氣向北京進軍，攻克一城即棄一城；
一條是集中兵力平定南方，建立南方根據地，再圖北伐，即佔都金陵，據長江之險，分攻東南，徐圖北竄。
這是太平天國佔領南京後準備實行的戰略方針。實際上執行的主要戰略方針，是一、三兩條的混合，而以第三條為主。分兵北伐，即「懸軍深入」的戰略方針。
集中兵力北伐和集中兵力平定南方再圖北伐這兩條戰略，到底是哪一條正確呢？後者。其理由如下：
第一，如果集中兵力北伐，也就是堅持過去「攻克一城即棄一城」的戰略方針，那麼，太平軍不僅不能克服三年來革命成果不鞏固的根本弱點，而且還會在北伐過程中遇到三個難以解決的困難：
一是腹背受敵。
太平軍集中兵力北伐，勢必前有「勢不能敵」的北方清軍主力，後有江南清軍的尾追。腹背受敵，作戰困難。
二是糧食供應和交通上的困難。
「北方少水乏米」，「河南河水小而無糧」，是當時存在的客觀情況。「少水」必然會給太平軍造成交通運輸的困難，因為陸路交通比水路交通困難。「乏米」則勢必給太平軍帶來糧食供應上的困難。北伐軍將領林風祥的稟報中，就不只一次提到「糧料甚難」的問題。當時北伐軍不過二萬多人，尚且遇到如此嚴重的糧食困難，一百萬人北伐的糧食困難，將更是不可設想的了。
三是成果不能鞏固。
即使太平軍以流動作戰方式僥倖地攻克北京，也決不可能把成果鞏固下來。歷史上有過因建立根據地而逐步取得勝利的農民戰爭的先例，如元末的朱元璋農民軍，但是卻找不到一次始終採取流動作戰方式不建立根據地因而取得勝利的農民戰爭。
第二，根據當時的形勢特點來看，唯一正確的戰略方針是：集中兵力，平定南方，建立南方根據地，再圖北伐。
三年來的戰爭實踐，使太平天國領導者初步地懂得：過去那種流動作戰方式是不可能取得徹底勝利的，要取得根本勝利，就必須建立根據地，所謂「欲立永久之基，必得至當之地」。太平天國領導者正是基於這樣的認識，又考慮到集中兵力北伐的不利條件和困難，才最後決定放棄過去的流動作戰方式，採取建立南方根據地再圖北伐的戰略方針。如果說在太平天國革命初期，太平軍為了保存和發展力量，避開優勢敵人，採取流動的作戰方式打下南京，取得立足之地是必要的話，那麼在佔領南京後革命力量有了飛躍發展，但還不足以徹底消滅敵人的時候，再不建立根據地去鞏固革命的成果，則是完全錯誤的。
所以，太平天國由流動作戰到建立根據地的戰略轉變是完全正確的。其所以是正確的，因為：
1，建立根據,地是當時形勢發展的需要。它可以克服過去力量發展迅速但不鞏固的致命弱點，使太平軍「出可以戰,處可以守」。
2，東南是當時最合適的,根據地。因為它在政治上有人民的歸心，經濟上「天下糧食盡出於南方」運糧更容易，地勢上有長江天險。
3，建立以南京為中心的江南根據地，還可以切斷清朝「京師性命所系」的糧食供應地——江浙二省，致敵人於死地。
第三，太平天國定都天京再圖北伐的戰略，是極大多數太平天國領導者所贊同的。
有人提出太平天國名將羅大綱：
「天下未定，乃欲安居此都，其能久乎，吾屬無類矣」
這段話，作為建都金陵錯誤的論據。這是難以令人信服的。太平天國名將羅大綱提出的「欲圖北必先定河南」的第一個戰略方案，和太平天國領導者原定「分軍鎮守江南，欲往河南，取河南為業」的戰略方案是相同的。第二個戰略方案，即「先定南九省，無內顧憂」，再圖北伐，這是和太平天國佔領南京後採取的建立以南京為中心的江南根據地再行北伐的戰略方針是一致的。羅大綱還提出
「既都金陵，宜多備戰艦，精練水師然後可戰可守」
的積極建議。可見羅大綱並不認為建都金陵是錯誤的。
羅大綱既認為定都天京是「可戰可守」的，那麼為什麼又說那段話呢？
這段話不能說成羅大綱反對建都金陵，而只能理解為羅大綱反對「安居此都」，保守安樂思想滋長，不謀積極進取。在南京建立根據地這一戰略是正確的是一回事，而領導者保守安樂思想增長又是一回事，不能以領導者產生保守思想的錯誤來否定建都南京的正確，正好像不能以建都南京的正確來否認領導者有保守安樂思想一樣。相反，如果把羅大綱這段話說成是他反對建都南京的論據，那麼羅大綱主張「定南九省」的戰略和建都天京「可戰可守」的含義，就成為不可理解的了。
所以，羅大綱並不反對建都天京再圖北伐的戰略。
總結
太平天國領導者鑑於佔領南京後力量還不能立即推翻清王朝在全國統治，和三年來沒有根據地的弱點，改變過去流動作戰方針，採取以江寧為根本「乃謀割據」再圖北伐的戰略，這是一個正確的戰略。這是一個棄自己所短而又切合形勢發展需要的革戰略，是太平天國領導者戰略思想上的一個巨大的發展和進步。相反，不集中兵力平定南方而分兵北伐，或者堅持過去克一城棄一城的戰略方針，是一個脫離實際情況的錯誤的戰略，是一個決不可能得到成功的戰略。
當然，建立以南京為中心的江南根據地的戰略是正確的，並不意味著否認太平天國建都天京後犯了戰略上的許多錯誤。如沒有集中兵力殲滅南方的勢力，卻又分兵北伐；沒有積極向蘇南和浙江進軍；沒有積極支持南方各地人民起義；沒有建立起鞏固的根據地,等等，以致使最終遭到失敗。但是不能把這些錯誤都歸到定都天京上面去，更不能把太平天國沒有獲得勝利說成是定都天京的錯誤。