奇門遁甲有《數理奇門》和《法術奇門》之分，數理奇門中有年家奇門、月家奇門、日家奇門和時家奇門。但從排盤上又可分為二大流派，一個是陽盤奇門遁甲，另一個是陰盤奇門遁甲。
陽盤奇門遁甲根據排盤的方法又分為轉盤奇門遁甲和飛盤奇門遁甲。轉盤用於分析人、事、物的吉兇格局，飛盤用於地理風水的吉兇預測。而陰盤奇門則是預測生活與疾病的狀態及其風水調理與化解。
陽盤奇門遁甲是根據奇門盤給出的信息進行運籌和指導。陰盤奇門遁甲則是調理一般是肉眼看不到的能量場，常用方法為調理風水、做法事等。
陽盤奇門遁甲的起局則是依據天文曆法，一年二十四節氣，一個節氣十五天，分上、中、下三元，定局數，根據冬至到夏至的循環定陽遁和陰遁，根據年、月、日、時所處的時間定陽遁或陰遁幾局。而陰盤奇門遁甲起局則是用年支序數加月數加日數加時支序數所得之數，除九所得之餘數定局數，根據冬至到夏至的循環定陽遁和陰遁。
陰盤奇門遁甲和陽盤奇門遁甲在斷局上也有很多不同之處。比如空亡宮，陽盤看其先天宮位，陰盤看其對衝宮位。陰盤認為本宮與對衝宮位互為陰陽，如同手心與手背的關係，任何一面受傷都會影響手的正常使用，而陽盤則認為本宮與對宮永遠是對衝且又相剋的對立關係(艮與坤只衝而不克除外)。
陽盤的天時、地利、人和與神助與陰盤有很大的區別，而且還各有各的道理。陽盤九星生八門為得天時，九宮生八門為得地利，八神生八門為得神助，八門旺相為得人和，天時、地利、人和與神助只產生在一個宮內。而陰盤奇門則不同: 年幹生日幹為得天時，月幹生日幹為得地到，日乾落宮旺相為得人和，時幹生日幹為得神助。因為年幹為太歲，代表國家政策(天時): 月幹(地利)為地勢好壞。在人多的地方開店，銷售量比在人少的地方開店好，這是選址，當然為地利。日幹代表人和: 自身實力強弱。時幹為神助，代表銷售平臺、市場大環境，天時、地利、人和與神助存在於整個盤中。
奇門遁甲各個派系之間雖然存在著這樣與那樣的區別，但有一點是相同的，那就是奇門遁甲所有符號所代表的像儀是相同的，五行生剋制化的原理是相同的，易理分析還是相通的。很難說誰好誰不好。都是中華民族的傳統文化，存在的幾個分枝而已。就象一棵大樹長出幾個分枝，是很正常的事情。如果一棵大樹就一個技條，就一個葉片，那會是什麼樣子，醜死了。
所以，學習奇門遁甲，要博採眾家之長，只要易理相通，就能相互融合。就好比一棵桃樹上可以嫁接杏子、李子、蘋果一樣。同一棵樹上可以結出不同味道，不同形狀的果子。
每一派系的奇門遁甲即然流傳了幾千年，自然有它的道理。好比人們出行用的車子，有二個輪的，有三個輪的，也有四個輪的，各有各的長處，各有各的短版。四個輪的開著舒服，並不是人人都開得起，二個輪的人人都開得起，並不是人人都願意開。
學習奇門，不要糾結學習哪個門派，不管哪個奇門遁甲流派，只要學會了，精通了，都能發揮出神奇的作用。