臺灣「總統府」資政姚嘉文在2001年12月13日透露，自2002年元月起臺灣護照將全面改版，陳水扁已指示「外交部」研議在護照上加注「臺灣」字眼。而「外交部」為新版的「護照」設計了三個版本，一是在「中華民國」之後加上「臺灣」，二是在臺灣之後加上「中華民國」，三是封面仍寫「中華民國」，封裡則加注「臺灣」。由於「外交部」認為事涉層次太高，將各案送交「行政院」裁決。
在2002年１月１３日，陳水扁在出席紀念「臺獨」組織「臺灣人公共事務協會」成立２０周年會議時宣布，他已批准在現行「護照」封面上加注英文的「自臺灣發行」（ISSUED IN TAIWAN）字樣。同日，臺灣「外交部」也對外公開發表改名「護照」樣本。臺灣當局認為，其在「護照」上加注「臺灣」字樣，是為了讓外國的邊檢機構更好地辨別「中華人民共和國」（英文簡寫為P．R．C．）與「中華民國」（英文簡寫為Ｒ．Ｏ．Ｃ．），以「方便」臺灣居民外出。
臺「行政院長」張俊雄在2002年1月14日正式核定在臺灣護照封面加注「ISSUED IN TAIWAN」，發行新版護照。臺灣當局發言人、「新聞局長」蘇正平表示，護照封面加注僅是為了讓民眾出外旅遊更為方便，不涉及變更「國號」，亦無特殊政策意涵。
臺「外交」相關官員更指出，目前護照內頁第二頁登載有在何地發照「ISSUED AT xxx」，由於民眾的護照發照地未必在臺北，可能在外國城市，將來在封面加入「ISSUED IN TAIWAN」(由臺灣發出)，可能產生混淆情況，「外交部」目前已擬議取消護照內頁有關發照地的登記，如此便不致發生混淆的情況。
「護照」改名又出新招臺「立法院」「外交委員會」在7月又通過附帶決議，建請「行政院」將新版臺灣「護照」更名為「Taiwan Passport」，但是，「外交部」7月9日致函文「立委」，表示將依原計劃在今年秋天發行新版「Issued in Taiwan」的「護照」。但是，由於來自民進黨方面的壓力，臺「外交部長」簡又新宣布暫緩印製新版臺灣「護照」封面，相關官員在7月11日指出，未來有可能改為在「護照」內頁加注「TAIWAN」。
放棄「TAIWAN」 加注事件「流產」 臺灣護照加注事件一波三折，臺灣「外交部」9月20日表示，「外交部」領事事務局將從十月七日起，發行2002年版加強防偽功能薄型膠膜機器可判讀的護照，封面中英文字樣維持不變，暫不加注「TAIWAN」字樣，至於未來護照加注「TAIWAN」字樣的方式，將與「立法院」各政黨協商後，再由「外交部」按行政程序辦理。
「外交部」表示，加強防偽功能薄型膠膜機器可判讀護照屬於第二代的機器可判讀護照，資料頁將採用具防偽變造效果的噴墨式列印，並護頁以薄型防偽膠膜，膠膜上含有動態光學繞射圖案，並在列印上採光學變色油墨等多項世界先進防偽技術及設計，可有效防止不法分子偽造護照。此外，2002年版護照 的資料頁及內頁底色為淡青綠色夾淡橘色，資料頁背景為保育類黑面琵鷺翱翔圖，內頁為黑面琵鷺生態圖，內頁水印顯示兩朵梅花圖形，護照封底為單純的凹版雕刻紋飾及採用光學變色油墨的黑面琵鷺圖案。