根據現行房地產開發政策，房地產企業實行預售制度，即開發進度達到一定程度，主體建築進度基本為地上1/3時，可以辦理預售證。在企業開始預售時，可以辦理網籤及銀行按揭，雖然收到預收款但尚未達到增值稅收入確認條件。由於業主需要開具發票用於提取公積金或其他用途，開發企業可以先開具不徵稅發票。針對不徵稅發票如何開具，納稅申報表如何填制，後續交房開具正式發票時是否需要收回之前開具的不徵稅發票或者進行衝紅，進行如下分析。
一、不徵稅發票開具
根據國家稅務總局公告（2016）年第53號第九條11款規定：增加6「未發生銷售行為的不徵稅項目」，用於納稅人收取款項但未發生銷售貨物、應稅勞務、服務、無形資產或不動產的情形。「未發生銷售行為的不徵稅項目」下設601 「預付卡銷售和充值」、602「銷售自行開發的房地產項目預收款」、603 「已申報繳納營業稅未開票補開票」。
使用「未發生銷售行為的不徵稅項目」編碼，發票稅率欄應填寫不徵稅，不得開具增值稅專用發票。
房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目預收款，包括首付和按揭款，可以根據總局53號公告的規定開具不徵稅發票，因增值稅納稅義務尚未發生，所以企業不得開具專用發票。綜上所述不徵稅發票性質不是正真意義上的發票，只是收款憑據，作用相當於收據。
二、開具內容
房產處於預售階段，只具備預測面積，實測面積還未確定，如果房子超面積在3%範圍內，超面積部分由開發商承擔，則業主不需要再向開發商支付房款，即總房款確定、面積不確定、單價也不確定，因此企業無法按正常發票欄目開具不徵稅發票。不徵稅發票規格、型號、單位、數量、單價欄可暫不填寫，其他項目應填寫齊全，商品名稱為「房地產項目名稱-商品房預收款」，且備註欄註明預收款性質（如：定金、30%首付款等）、預售不動產的詳細地址和商品房預測面積，房號、業主信息等。參考文件（河北省局答疑八）。
三、不徵稅發票開錯的處理
不徵稅發票不小心開錯了，應如何處理？如果開錯，當月可以直接作廢，重新開具正確的發票即可。如果日期跨月或者業主把錯票無法交回，可以開具紅字發票，然後再開具正確的藍字發票，將錯誤的藍字發票收回；或將紅字發票和正確的藍字發票一併交由業主。
四、申報表填制
房地產企業預收款應當根據不含稅金額的3%預繳增值稅，填寫增值稅申報表附件5「增值稅預繳稅款表」，在第二行「銷售不動產」第一欄銷售額填寫預售款不含稅金額，預徵率欄填寫3%，系統自動計算預徵稅額。之後在附表四（增值稅納稅申報表附列資料（四））第四行（銷售不動產預徵繳納稅款）第二列本期發生額欄，填寫本期預繳增值稅金額，系統會計算預繳總金額及抵扣情況。
預繳稅款和開票金額無直接聯繫，預繳稅款的基數是預收款，開具不徵稅發票金額並不在申報表單獨填列。
五、開具正式發票時如何處理
由於各地政策不一致，廣東稅務答覆開具正式發票時應衝紅，福建廈門國稅12366答覆開具正式發票時應衝紅，然後再開具全額的增值稅普通發票或者增值稅專用發票，但根據北京12366熱線答覆，收到預收款開具的本來是不徵稅發票，不需要收回。
預收款不徵稅發票在開具正式發票時是否衝紅，按稅理分析情況如下：
1、國家稅務總局公告2016年第47號第一條規定，增值稅一般納稅人開具紅字專用發票的範圍，即開具增值稅專用發票後，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止等情形但不符合發票作廢條件，銷售自行開發的房地產項目預收款開具不徵稅發票並不屬於銷售退回、服務中止、銷售折讓，也非開票有誤，不符合開具紅字發票的相關條件。
2、開具不徵稅發票和預繳稅款並無關係，預繳稅款的基數是預售款。並不是所有的預收款都開具不徵稅發票，只是根據客戶需求開具，開具金額也不在申報表填列，企業只製作臺帳進行內部管理。不徵稅發票的實質為實收款憑據，並不是實際意義上的發票，也不可以作為稅前扣除憑證。開具紅字不徵稅發票既不影響稅款的繳納，也不通過紅字預收款發票抵減銷售額，不抵減應繳納的稅金，不在納稅申報表填列開票信息。
3、總局53號公告考慮到房地產行業業務的特殊性，為方便購房者辦理退還公積金等業務的特殊需求，增設602「銷售自行開發的房地產項目預收款」，允許開具不徵稅發票，此發票並不是辦理房產證的正式發票，開具正式發票時沒必要收回，也不必要衝紅。
最後總結如下：房地產企業行業特殊，由於開發周期較長，各地都執行預售制度，稅款也按預收款繳納。總局53號公告明確規定，未確認收入前允許開具不徵稅發票，此開票金額和稅款繳納也無必然關聯。針對開具正式發票時，不徵稅發票是否衝紅，各地政策不一，廣東、廈門國稅要求企業後續開具正式發票時，應將原開具的不徵稅增值稅普通發票紅衝，但這樣做只會增加企業與稅務機關工作量，浪費社會公共資源，對稅收徵管沒有幫助。個人觀點，房地產開發企業開具的不徵稅發票相當於「收據」，在開具正式發票時不需要衝紅。