選擇北大醫學部比較好
儘管清華大學和北京大學都是我國高等院校中頂尖級大學，在海內外都具有絕對的影響力，也是中國高等院校中最著名的大學，是教育部直屬的985工程大學，211工程大學，雙一流建設大學，從綜合實力角度來講，清華大學的綜合實力要比北京大學的綜合實力強大一些，但是，從臨床醫學專業的角度進行比較，北京大學的臨床醫學專業在全國排在第4名，清華大學的臨床醫學專業在全國開設本專業的137所大學裡排在B+/137的位置，雖然具有非常鮮明的專業特色和相當強大的專業實力，但是整體來講，還是要遜色於北京大學的臨床醫學專業的。
協和總感覺比北醫更強點
北大醫學院不用說國內整體前五水平，國內老牌醫科，基礎學科培養跟北大其他學校同步，本科培養還是數一數二，八年制也不錯，協和醫學院目前跟清華合作，也就說基礎教育跟清華學生在一起上課，見習實習再到協和，以前北大醫學院基礎教育培養更好現在協和跟清華合作基礎教育這塊由清華培養，補上了，說實話協和總感覺比北醫更強點畢竟背後有個龐大的協和系，就是協和醫學院，中國醫學科學院組成的，擁有中國最好的綜合醫院協和醫院，分數差距不大，都在清華北大最低劃線上，八年制分數略高。
協和的分數更高，難度要大些
協和醫學院不招臨床的本科，唯一的本科只有護理學。如果想去協和學臨床，只能考清華醫學院或者生物學院，後續才有可能到協和完成碩博培養。但是清華的這兩個學院分數非常之高，過線很多，難度很大。相比而言北大醫學部分數要略低，但品質也不會比協和差很多，同樣屬於國內頂級醫學殿堂。綜上所述，如果你是本省前五十考生，大可以放心選擇協和醫學院；如果成績處於本省三百以內，北大、復旦、上交的醫學院(部)也可放心報考；如果一千以內的話，四川大學、湖南大學的醫學院也可以錄取；再低的話就自行選擇吧。
小編總結
北京大學醫學部原來是北京醫科大學，主要面對本科層次教育，同時擔任碩士博士教育，是國內有名的醫學院校，曾是衛生部直屬，與北京大學合併後直屬教育部。
協和醫學院以前是中國協和醫科大學，主要是培養醫學高層次人才，現在是北京協和醫學院，是目前唯一直屬衛健委。
如果是本科層次的，建議選擇北京大學醫學部，如果是碩博高層次的，可以選擇北京協和醫學院，但是北京協和醫學院招生人數較少。