質粒圖譜怎麼找,找對方法很重要!

2020-12-23 生化細胞所蘇州研究院

方法一:使用Vector NT 軟體做分子實驗,經常和不同的質粒打交道,了解各種質粒的圖譜信息是必需的,invitrogen公司的這款軟體絕對是分子生物學蟲子們的福音,要想對質粒圖譜了解更直觀,安裝這款軟體是非常必要的。這款軟體的軟體包裡面會包括invitrogen公司的所有質粒圖譜信息和其他比較常見和經典的質粒圖譜。

方法二:查找質粒圖譜的網站:1.Vector Database(addgene)地址:http://www.addgene.org/這個網站很頁面很人性化,直入主題,比如查找pRS類質粒圖譜(注意,是一類質粒圖譜,沒關係,照樣能找到),直接在搜索框輸入pRS,可以看到,之類質粒一共有三十多個。2.Vector DB網址:http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html此網站頁面比較簡陋,但分類比較直觀,總結和分類都比較完整。基本包括了所有表達系統的質粒信息。3.NCBI網址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/重點介紹如何用NCBI查找質粒圖譜信息。如下圖,search下拉框中選中Nucleotide,搜索欄輸入質粒名稱,拿pRS303舉例:search後,得到搜索結果,如下圖,點擊右邊的send to,選中file,genebank等選項,點擊Create File選項,得到一個gb格式的文件,導入vector軟體中,就得到了我們需要的質粒圖譜了。4.Google及Google學術:Google確實是個好東西,學生物的應該好好的學習下他的用法,雖然對於牆內有時總提示無法打開,但搜索的效率是某娘不能比的,更不要提那個小三了。檢索式子:質粒名 + map質粒名 +sequence +filetype:txt or filetype:pdf或者:進入google,點擊」圖片搜索」,直接查找圖譜.5.其他的一些核酸資料庫歐洲分子生物學實驗室EMBLhttp://www.ebi.ac.uk/

方法三:一些重要試劑公司網頁其實也是一些網站,因為這些網站除了得到質粒圖譜等信息,還可以得到關於質粒使用方面的信息,因此單獨拿出來做一個分類。現在很多質粒,特別是應用比較廣泛的質粒都一些公司商業化的質粒,一些表達載體,使用最廣泛的,pET系列,Novagen公司(默克)的;有雙MCS的Duet系列載體,Novagen的;畢赤酵母表達質粒pPIC3.5k,pPIC9k,pPICZA,pPICZaA等等,都是invitrogen的;另外一些pYES釀酒酵母表達系統,也是invitrogen的,因此知道常見的質粒是哪個公司的,去他們公司網站上肯定可以找到該質粒的相關信息。方法四:如何查找經過改造過的質粒的質粒圖譜有些質粒是經過改造的,所以通過上述方法不能查詢到相應信息。這時,可以在google scholar中輸入質粒名稱,可以直觀地看哪些學者在何文章中使用了該質粒,從而可了解到質粒的來源;或者籍此向作者諮詢或索取。google scholar:http://scholar.google.com/方法五、論壇求助呵呵,這個應該也算是新手童鞋獲得的一個不錯的途徑吧,去一些比較知名的論壇,小木蟲、丁香園之類的去求助了,是個下下之策不鼓勵哦,還有丁香園論壇整理《丁香園質粒圖譜庫》

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