漕運總督是明、清兩朝中央政府派出的統管全國漕運事務的高級官員，品級為從一品或正二品。始設於明景泰二年（1451年），駐節於南直隸淮安府城（今江蘇省淮安市淮安區），全稱為「總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道」，不僅管理跨數省長達3000多華裡的運河沿線，並且還管理地方行政事務，在明代和清初（1649－1659）兼廬鳳巡撫，管理鳳陽府、淮安府、揚州府、廬州府和徐州、和州和滁州3州；並且各省的督糧道，都隸屬於漕運總督。
漕運總督可以有親轄武裝部隊，還有水師營。仿地方總督、巡撫之「督標」、「撫標」，而稱之為「漕標」。今據《光緒會典》載：漕運總督所親轄「漕標」共分本標左、中、右、城守、水師七營，兵額3400餘人。轄制武職官佐，最高為從二品的副將。並節制魯、豫、蘇、徽、贛、浙、鄂、湘八省漕糧衛、所（因上述八省漕糧歸漕運總督管轄，其餘省份糧務歸地方總督、巡撫）。
總督按清代官場規矩，尊稱「漕臺」。因其領兵，故又尊稱為「漕帥」。又因兼兵部侍郎及都察院右副都御史銜，故出行儀仗、官銜燈籠署「總漕部院」。沿海收糧起運、漕船北進、視察調度、彈壓運送等，均需總督親稽。每年漕船北上過津後，循例要入覲皇帝，匯報漕糧完成諸事。鹹豐年間因戰事頻仍，鹹豐皇帝特令漕運總督節制江北鎮、道，鹹豐十年裁撤江南河道總督，其河工調遣、督護及守汛、防險事務，均由漕標部隊兼管，這是漕運總督權威最重之際。漕運總督不受部院節制，向皇帝負責，可專摺奏事。