公元581年，隋文帝楊堅建立了隋朝，在接下來的八年裡，他先平突厥，後揮師南下攻克陳朝，最終統一中國。隋朝的統一結束了西晉末年來近三百年的分裂割據狀態，開創了中國歷史上繼秦漢以後第二次大統一的局面。然而，版圖的統一僅僅是再造統一的第一步。南北朝時期王朝的頻繁更迭，給隋朝遺留了諸多問題，其中一個亟待解決的就是中央和地方官多官亂、機構多衙門多的混亂局面。
為什麼官多官亂？此前，出於戰爭的需要，為籠絡將領、鼓勵戰士們，各國都設置了大量的官職和機構，以北周為例，有大丞相、小丞相、大行臺、小行臺，柱國、將軍更是多如牛毛。此外，戰爭導致很多地區的佔領歸屬不穩定，今天是南朝佔領，明天可能被北朝佔領，同一個縣可能東邊被北齊佔領，西邊被北周佔領，都有各自不同的官職和稱謂，導致同一個地區政出多門，用《隋書》中的描述，即「民少官多，十羊九牧」。這樣的後果是，國家官僚制度混亂，各部門各機構各自為政，行政效率低，對中央集權極其不利；同時，官多意味著俸祿多，對國家財政和民生亦非常不利；此外，還大量存在官吏為官不仁、欺辱百姓的現象，讓國家失了民心，帶來的禍患就更大了。
怎樣才能改變混亂的局面，更好地加強中央集權？統一中國之後，隋文帝對一系列國家制度做出了重大革新。例如，在地方改東漢以來的州、郡、縣三級制為州、縣兩級制，撤郡五百多個，裁減了大批官員；在中央，完成從秦漢三公九卿制向隋唐三省六部制的轉型，設立以「三省六部制」為主體的中央官僚體系，等等。其中三省六部製作為一套組織嚴密的中央行政體制，成為後來中國歷史上極為重要的政治制度之一。
什麼是三省，什麼是六部？由於隋朝存續的時間很短，而唐多承隋制，我們不妨以這一制度最為完善的唐朝為例，一起來看看這一制度下國家權力是如何運行的。
首先來看三省。簡單地說，就是朝廷下面設立三個省——中書省、門下省和尚書省。這三個省的級別相當，構成朝廷的中樞。中書省主管長官為中書令，門下省為侍中，尚書省為尚書令，三省首長同為宰相，共議國政。三省在國家政務決策和執行的過程中，互相配合、互相制衡。
中書省協助皇帝草擬詔令和決策，稱為「定旨出命」。國家大事中，凡是需要皇帝下詔的，都由中書省來起草。《資治通鑑》中記載，中書省除首長中書令、副長官中書侍郎外，還有數位中書舍人具體負責文書詔令的起草。皇帝的詔書，在唐代稱為「敕」。通常情況是，接到擬敕任務後，中書舍人每人草擬一份，稱為「五花判事」，中書令或中書侍郎從中選出最佳稿為底稿，修改補充後，成為正式詔書，然後再呈送皇帝畫一「敕」字。但是，這樣的詔書還並不能稱之為政府合法命令，還要送到門下省審查覆核。
門下省負責審「敕」。門下省除長官侍中、副長官侍郎外，設有若干給事中，也是正五品，官位雖然不高，卻有對詔書的審核權。一旦他們認為詔書有問題，便可將詔書批註送還，稱為「塗歸」，意即將原詔書塗改後送還中書省重擬，也稱為「封駁」「封還」「駁還」。也就是說，所有的詔書都要通過門下省的審核才可以正式生效。正式生效後的詔書最後傳達到尚書省。
尚書省負責國家行政。這是一個執行機構，是國家最龐大的行政機構，將經過中書、門下二省的皇帝詔敕細化為具體實施的政令，頒發下去並監督執行。
「中書取旨，門下封駁，尚書奉而行之」，是三省分工原則，從而彼此配合，彼此制約。這樣的流程，有時也會碰到不便之處。例如，一份詔書可能因為中書、門下兩省意見不統一而在兩省間反反覆覆翻來覆去，既白費功夫，還耽誤事兒，怎麼辦？
於是，「政事堂」出現了。
既然中書省制定的政策，有時候門下省審核不通過，那麼制定政策前，兩省先開個會，大家坐在一起，有什麼問題先分析分析，各陳己見，集思廣益，得出一致的意見後再去擬寫敕書。這個開會的機構就叫「政事堂」。後來由於也可能會出現中書、門下兩省並不清楚尚書省具體行政狀況而導致做出的決策難以執行的情況，因此得到「同中書門下平章事」、「參知機務」等兼銜的尚書省長官，也可以出席政事堂的會議。這樣就解決了敕書總是被否的問題，還提高了決策效率。
接下來看看六部。「三省六部制」中的六部，都歸尚書省管轄。這六部分別是：
吏部：負責全國官吏的任免、升降、考績、賞罰、勳封等。
戶部：負責全國土地、戶口、賦稅、錢糧、財政收支等。
禮部：負責禮儀、祭祀、科舉、學校等。
兵部：負責武官選授及軍事行政等。
刑部：負責全國司法行政及獄訟審判等。
工部：負責工程、營造、水利、屯田、工匠、交通等。
這六部大體上對應秦漢時期「三公九卿制」中的九卿。九卿照名義來歷，大多是由原來管理皇宮內事務的官員演變而來，而六部顯然已經是正式的國家管理機構，從體制、觀念上來說都是一大進步。
六部雖各司其職，互不相統屬，但卻常有交流。尚書省的辦公地點稱為「都堂」，兩旁為左右兩廂，左側為吏部、戶部、禮部，右側為兵部、刑部、工部。各部主管上午在都堂集體辦公，遇事易於洽商，下午各歸本部分別辦公。國家大事常常需要各部合作，例如突發洪災，戶部要負責撥糧撥款賑災，工部則負責修堤築壩等。
三省六部制的優勢在於，通過這樣一種程序嚴格、職權分明的運作模式，實現決策、審議和行政權各自獨立，政令與施政相分離，使得權力分配均衡合理且在有效監督下運行。三省之間既互相配合，又互相制衡，使中央決策更為科學可行，從制度上最大限度地避免政策失誤、朝令夕改；六部分工明確、權責清晰，利於中央政令的貫徹執行，提高了行政效率。
唐太宗很重視發揮三省之間的配合與制衡。《貞觀政要·政體》中有這樣一段話：
貞觀元年，太宗謂黃門侍郎王珪曰：「中書所出詔敕，頗有意見不同，或兼錯失而相正以否，元置中書、門下，本擬相防過誤，人之意見，每或不同，有所是非，本為公事，或有護己之短，忌聞其失，有是有非，銜以為怨，或有苟避私隙，相惜顏面，知非政事，遂即施行，難違一官之小情，頓為萬人之大弊，此實亡國之政。」
這裡記載正是貞觀元年唐太宗對門下省官員的提醒。大意是說，設置中書和門下省就是為了相互防止過錯，即便每個人的意見有所不同，也都是為了公事。你們一定要大公無私，秉持正直，相互糾正。倘若護己之短，忌諱聽到批評，有不同意見便懷恨在心，或者為了避免發生嫌隙相互顧全臉面，明知政策有錯也照樣付諸實行，就會有亡國的危險。
相同意思的話，在關於唐朝的史書中留下很多記載。由於較好地發揮了中樞政權三機構的職能，貞觀年間國家政治比較穩定，為唐朝經濟文化等的發展繁榮創造了有利條件。
遺憾的是，到了唐代中後期，隨著形勢的變化和統治方式的變更，這一制度沒有得到很好的執行。唐後歷代政府機構多有變動，到明清，三省基本已經消失，只剩下六部。這也是我們今天提起三省六部制，相較於三省更熟悉六部的原因。
三省六部制構成了一套相對完整且運轉靈活、相互制衡的中央政府機構，反映了政治制度的完善和進步，是古代治理智慧的一個重要體現。