正當殷墟考古方興未艾之時，抗戰爆發，日本鬼子的鐵蹄踐踏安陽。致力於重建「殷商秩序」的學者們，自己生活和研究的秩序被完全打破。
「七七盧溝橋事變」後，殷墟發掘匆忙結束，董作賓與同仁們踏上漫長而艱難的流亡之路。
中央研究院歷史語言研究所（兼程史語所）有21萬冊圖書，有一大批考古發掘物和金石拓片，轉移起來非常不易。艱難到達長沙後，由於前途未卜，傅斯年做出了一個艱難的決定：遣散部分人員。
當時中國最有光彩，聯手打出中國考古學、歷史學一片新天地的學術團隊，在長沙生離死別，很多人此後終生再無謀面。其中最讓人痛心是著名的「殷墟十兄弟」。
「十兄弟」大多以在校或剛畢業的大學生的身份，參與殷墟發掘，因朝夕相處，志趣相投，年齡相仿，於是就按年齡大小「老大」、「老二」地叫起來。老大李景聃，然後依次是石璋如、李光宇、劉耀、尹煥章、祁延霈、胡厚宣、王湘、高去尋、潘愨。此外，短暫參與發掘的吳金鼎、夏鼐、向達等，雖未加入，也與他們情深誼厚。
離開史語所後，劉耀、石璋如——兩個河南大學的同學相約一同前往延安。走到八路軍臨汾辦事處，工作人員見劉耀衣著「土氣」，而石璋如乾淨整齊，還戴頂禮帽，因此拒絕了石璋如，留下了劉耀（去延安後改名尹達）。
兩兄弟從此天各一方。尹達後來成為學部委員、著名史學家，曾任中國科學院考古所所長，是那個時期大陸考古的實際領導者。
石璋如自臨汾返回家鄉偃師，途中遭遇土匪，錢財被搶劫一空。幸好後來史語所安定下來，董作賓得知他的情況，寫信讓他南下重新加入了史語所。後來他去了臺灣，一生著述極其豐富，活了104歲，被尊為「考古人瑞」。
1998年，為紀念兄弟劉耀去世15周年，96歲高齡的石璋如寫下《劉耀先生考古的五大貢獻》。此時，距臨汾一別已61年，兩兄弟再未謀面，但心中的情誼卻絲毫未減。
上世紀八十年代初，海峽兩岸有了聯繫。張光直（李濟、董作賓在臺灣的學生，著名考古學家）與夏鼐的通信，經常代「十兄弟」互致問候，代為尋訪親友。1983年9月10日，夏鼐致張光直：「前承囑託打聽石二哥在大陸家屬情況，現已得消息，茲另紙附奉，以便轉去，並望代為問候。」夏鼐在殷墟時間不長，未名列「十兄弟」，但仍尊石璋如一聲「石二哥」，這個稱呼，不知凝聚了多少親情與滄桑。
石璋如
「十兄弟」中的王湘等人在發掘現場午餐。正是在這樣艱苦環境中的同心協力，使他們結下了生死不渝的友情。
與「十兄弟」等相別別，董作賓隨史語所繼續南遷，先在昆明，後搬到四川宜賓李莊，逐漸安定下來。
即便在艱難的流亡路上，董作賓和同仁們仍致力於殷墟研究，未嘗稍怠。董作賓是個踏實勤奮的人，但也不乏幽默感。從南京，經武漢，到長沙、昆明，艱苦的逃難途中，不管在哪兒，也不管條件多簡陋，一到晚上，他就一手抱孩子，一手拿筆伏案寫作，曾抱著孩子自嘲：「早知道這個年頭兒也不來這一手了」，同事們聞言，捧腹大笑不已。
在昆明安頓下來後，董作賓他完成了《殷歷譜》的寫作準備，開始進入計算和寫作階段。而此時，他興奮地發現，流亡竟然給他帶來了一大好處。
《殷歷譜》是根據甲骨卜辭記日、旬、月、年的資料編纂的一部著作，共十四卷，分上下兩編，是董作賓用時最長、費力最多、苦心經營的一部著作。從1930年開始，他就注意甲骨文中的殷歷，爾後，不斷匯集資料，細心整理，到1935年初步理出頭緒。深入研究是在戰亂流離中。到昆明時，他完成了《殷歷譜》的寫作準備，開始進入計算和寫作階段。
抗戰時期，顛簸流離，生計維艱，但勤奮的人，總能找到有利於生存和發展的機會，如當初輟學經商，董作賓即利用進貨機會經營壽山石、書籍，滿足個人愛好。這一次，中國最高學術研究機構紛紛逃難到昆明，如中國天文學會、中央地質調查所，梁思成的營造學社，中央研究院的社會所，以及西南聯大、上海同濟等，科學界精英雲集。董作賓看到一大好處：《殷歷譜》的研究，涉及眾多學科，正好就近求教。如著名天文學家高子平先生，給予他極大的幫助，在諸多名家幫助下，董作賓「使用以教皇曆法為依據的斯卡利格計算日程表，並遵循它，通過連續的數字計算相互無銜接的日子。」
自左至右董作賓、梁思永、傅斯年
當時沒有電腦，董作賓又不慣使用計算機(手搖機械式的)，憑著筆算或算盤來計算一切。有關曆法的計算量極大，每一算題數字多到20多位，為了減少錯誤，每道題往往計算三遍到五遍，常常把人弄暈。
董作賓不以為苦，每次算清楚一個日期，他都很興奮，時常興高採烈地告訴別人，「我算出文丁十三年六月二十五日丁亥，是一個夏至，與這一片卜辭所記密合」，「帝辛徵東夷的時候，在他的十年十一月十六日癸丑這一天，從『亳』往『鴻』，當晚就到了。」
但計算量實在太大了，他常常抓住史語所的年輕同事幫他演算。董作賓南陽口音很重，南陽很多人把「老天爺」三個字當口頭禪，他就有這習慣，往往張口就是「老天爺呀——」。久而久之，史語所的年輕人悄悄給他起了個外號：「老天爺」。
「老天爺」安排的活兒，年輕人自然樂於從命，大家常拿著算盤噼裡啪啦，石璋如回憶說，當時「董先生自己常常說笑話：我們史語所成了數學研究所了」。
流亡生活，無比艱苦。尤其到宜賓李莊後，物價飛漲，米麵等漲七八倍，布匹漲八九倍，做新衣服已成奢望，能顧住肚子，已非易事，誰家殺只雞或買一條水鼻子(魚)，都會成為山村重大新聞。久而久之，所有的人，都滿臉菜色。
這些滿臉菜色的人們，工作卻仍繁重。史語所南遷時，大批殷墟發掘資料尚未整理完畢，匆忙裝箱運走。在昆明安定下來，他們就開始整理這些珍貴的文物。
離開南京時，甲骨是被精心放置在紙盒中，然後放入木箱的，此時開箱，卻讓他們大為震驚，欲哭無淚——數年潮溼，萬裡震蕩，甲骨已破損混雜，面目全非。
艱難的整理工作持續了一年多。高去尋、胡厚宣負責清理編號，楊若芝小姐拓片，最後交由董作賓摹寫。這四人工作小組，日夜工作，每晚工作到十點。有字的殘片，基本被整理出來。1936年，董作賓已將前期發掘甲骨精華變為《殷墟文字甲編》，此時開始著手編錄《殷墟文字乙編》的工作。
從1940年起，董作賓又開始代理史語所所務。抗戰爆發後，傅斯年的主要精力放在了參政議政上，他高潔的人格，激烈的愛國情懷，深得各界推崇，被選為國民參政會駐會委員。為了說話的自由和說話的分量，他拒絕蔣介石請他當國府委員的邀約，並力勸胡適不要當官，曾一言打動胡適：「他們要你當官，不過是想在大糞堆上插朵花。」後來他以貪腐問題，將孔祥熙、宋子文兩位行政院長拉下馬，成為著名的「大炮」。因無暇分身，他將所務委託董作賓代理。
所以，抗戰八年的大部分時間，董作賓是行政、科研「雙肩挑」。不過，這絲毫沒有降低他研究的質量，他的辦法是白天辦公，晚上「幹活」。
美術史家、輝縣人李霖燦曾近距離感受過董作賓的勤奮。李霖燦剛結束雲南民族藝術調查時，曾借居在董作賓書房。在玉龍雪山山居四年，他養成了日出而作、日入而息的習慣，每到黃昏，頭一碰枕頭，即墜入「黑甜鄉中」，等到睜眼，已是晨霞滿天。
有一天晚上，李霖燦罕見的凌晨兩點醒來，只見一盞煤油燈下，董作賓正伏案疾書，蓬亂的頭髮、著長袍的身體，在牆上形成一個巨大的剪影。他才知道，董作賓的皇皇巨著，都是這樣完成的。
董作賓那盞煤油燈，在當時是奢侈品。那時一般用的都是桐油、菜油燈，光線弱不說，常用的話，鼻孔還會黑如煙囪。這盞燈，是傅斯年特意從重慶帶來，附帶一桶煤油、一個「美麗」的玻璃罩，讓董作賓擁有了方圓十幾裡最亮的一盞燈。
正是在這盞燈下，董作賓寫出了《殷歷譜》。1945年4月，經過無數個寂靜長夜的勤奮工作，凝聚十年心血的皇皇巨著終於寫成。
宜賓李莊，《殷歷譜》誕生的地方
作為共事多年的同事，考古界大家李濟對董作賓的這本巨著的價值深為了解：「其目的是用科學分析把數量驚人的甲骨材料和現代日期聯繫起來，為此他下了很大的工夫，成為抗戰時期中國知識分子現代化成就的代表。」
當時學術大家紛紛為這部著作點讚。
彥堂（董作賓，字彥堂）這部書（《殷歷譜》）真可以說是做到了大膽的假設，小心的求證的境界。佩服佩服。——胡適
當世甲骨學之每進一步，即是彥堂之每進一步……彥堂之書出，集文獻大小總匯，用新法則厥信史上贈益三百年，孔子嘆為文獻無證者，經彥堂而有證焉。——傅斯年
抗戰八年，學術著作當以《殷歷譜》為第一部，決無疑義也。……病中匆匆拜讀一過，不朽之盛業，唯有合掌讚嘆而已。——陳寅恪
許多傑出學者對甲骨文進行了研究，但只有四個成績卓著的階段，每一個階段都有一個作出貢獻的著名專家，由他率領學者們在前進的徵途上向前邁步。實際上這些專家的著作都是綜合性的。這四部裡程碑的著作是：（1）王國維的《殷卜辭中所見先公先王考》；（2）董作賓的《甲骨文斷代研究例》；（3）郭沫若的《卜辭通纂》；（4）董作賓的《殷歷譜》。四部巨著中董是其中兩部的作者。——李濟
這部學術著作也得到了官方嘉獎：
發凡起例，考證精實，使代遠年湮之古史之年曆，爬疏有緒，脈絡貫通，有俾學術文化誠非淺顯，良深嘉勉。——蔣中正籤發董作賓《殷歷譜》的嘉獎令
董作賓甲骨文書法。「日在林中初入暮，風來水上自成文」