賴氏大體發源於河南省境域，傳說周武王之弟叔穎的後裔最早居於古代潁川一帶。所以在《賴氏族譜》中一般都記載:「賴氏之先本姬姓，為周文王第十三子仲叔九代之孫穎公。宣王時錫封潁川，是為賴國。潁公之後傳十四世而國亡於楚，子孫遂隱居潁川，以賴為姓，以潁川為郡焉。」
姬叔穎建賴國於何方，歷史上一直有多種說法:有以西晉杜預為代表的「湖北隨縣」之說，有以西晉司馬彪為代表的「河南息縣」之說，有以明末清初的王夫之為代表的「河南鹿邑」之說，以及顧祖禹為代表的「河南商城」之說，甚至近代的一些地理學家還有主張「山東章丘」之說者。
但據古今許學者考證後認為，隨州、鹿邑之賴多稱厲國，其源出姜姓厲山氏所建厲子國的可能性更高;而商城之說形成較晚，章丘則一般認為僅只是邑名;而後世息縣賴國應為姬叔穎之封國的後遷之地。這一觀點則頗得眾多學者認可，如宋朝的鄭樵、羅泌，元朝的馬端臨等都贊同這種說法。
部分學者們認為，當時的賴國國都在汝寧境域，即今河南息縣包信鎮。汝寧，秦代時屬潁川郡。秦王政十七年(公元前230年)置穎川郡;其境域相當於今河南登封、寶豐以東，尉氏、郾城以西，密縣以南，葉縣、舞陽以北縣地。西周景王貴七年賴國被楚國所滅後，賴氏後裔被迫遷徙至鄢陵(今湖北宜城)。
關於這段歷史，《春秋左傳·昭公四年》有一段記述:「楚子以諸侯伐吳……遂以諸侯滅賴。賴子面縛銜璧，士袒，輿櫬從之，造於軍中。王問椒舉，對曰:『成王克許，許僖公如是。王親釋其縛，受其璧，焚其櫬。』王從之，遷賴於鄢。」鄢即荊州的鄢陵，在今湖北宜城一帶，一度為楚國都城，並非河南鄢陵。潁川賴氏後裔長時間在荊州一帶繁衍生息。所以，《元和姓纂》載:「漢有交趾(今越南河內)太守賴先，蜀零陵(今湖南零陵)太守賴文。」其活動範圍也都在古荊州境域。
秦王朝短暫的統一中國後，由於秦二世的昏聵無能、殘暴無度而引發了全國大規模的反秦戰爭，大批中原先民為避戰亂紛紛南下，其中有賴氏族人開始了南徙的經途。
東晉興寧年元年(公元363年)，潁川賴氏的賴忠誠任虔州(今江西贛州)知府，舉家遷徙至虔州。晉太元九年(公元384年)，賴忠誠的兒子賴光擢官為浙江觀察御史，舉家遷居浙江松陽，繁衍發展了松陽賴氏一族。
晉隆安二年(公元398年)，賴光的裔孫賴遇任江東太守，他奏請朝廷準許他以松陽為府第。晉安帝司馬德宗恩準並御筆題寫「松陽世家」匾賜予賴遇。松陽賴氏以「松陽」為郡望，成為當地望族。
據臺中賴羅傅宗親會的資料載:南北朝後期，松陽賴氏的賴燦有七個兒子，其中兩個兒子留居松陽，其餘五個兒子全部遷往江西。後來，留居松陽的賴氏後裔又有一些人遷居福建，先後定居在汀州、寧化、上杭、永定、吉田、延平、永安、南靖、詔安、平和，以及廣東程鄉、大埔、饒平、揭陽等地。其中，居於詔安的賴延顯生有五個兒子，分別遷居平和心田、葛竹、安厚等地。
據臺灣《西盛賴氏族譜·松陽七十二房考略》載:東晉安帝四年(公元400年)，穎川賴氏有一支遷居潭州豐陸桴原(今湖南長沙)，不久又遷到虔州石城禮上裡秋溪，至宋朝時期又遷居福建汀州府寧化縣田心裡石壁城，明朝洪武二年(公元1369年)又遷漳州府平和縣葛竹社。
南北朝元嘉十一~三十年間(公元434~453年)，穎川賴氏第五十七世、賴光的後裔賴碩與其弟賴毅為避戰亂遷徙至江西寧都，再遷居南康郡揭陽。賴碩的裔孫賴得(賴碩第三子賴燦的兒子)入仕，由寧都遷居福建上杭古田。賴得有三個兒子，其中長子賴標由古田遷居寧化石壁。「南康」為西晉太康三年(公元282年)置郡，東晉時移治贛縣，相當今江西省南康、贛縣、興國、寧都以南地。
賴碩在南康開基南康賴氏一族，這一支賴氏以「南康」為堂號。這支賴氏中又有人遷居赤竹坪，隋朝開皇十八年(公元598年)，赤竹坪改虔化縣，他們也改稱虔化賴氏。其後裔播衍湖南潭州、福建汀州、清流、寧化、上杭、永定等地。
唐武德五年(公元622年)，賴得的次子賴桂自浙江松陽遷居寧化石牛村(今曹坊雙石)。唐乾符元年(公元874年)，松陽賴氏的後裔賴標遷居汀州古路上杭縣古田。賴標的裔孫始遷居清流，其後裔分居賴安、賴武等地。
唐乾元年間(公元758~760年)，江西雩都(今寧都賴村)出了一位著名的學者賴斐。賴斐從小受到很好的家庭教育，以七歲能文，弱冠通九經百氏而遠近知名。唐乾元年間，賴斐中進士，被任命為崇義館校書郎。但賴斐無意於宦途，悄然引退，回到家鄉，以詩書安享餘年。賴斐的崇高的胸懷得到許多人的敬重。
唐大曆初年(公元766年),于都縣令李景腸說:「三國時隱士龐統名其家鄉日冠蓋,東漢著名經學家鄭玄稱其家鄉為通德,賴棐與他們比並不遜色」。於是，人們把賴棐的住宅稱為「秘書坊」。賴氏後裔以「秘書堂」為堂號，祀祠先祖。
唐朝末期，賴碩的後裔賴由率領族下從寧都沿石城進入福進，定居於長汀，後又遷居上杭古田、清流、寧化、永定、連城等地，明清間又進一步遷到廣東大埔、梅州、興寧等地，也是賴氏在南方影響較大的一個支派。唐乾符年間(公元874~879年)，賴朝英出任福建汀州府寧化知縣，舉家定居於寧化石壁田心。福建、廣東許多賴氏族人都是賴朝英一支的後裔。
宋朝時期，中原一帶的賴氏族人一部分以起源地為軸心逐漸向周邊地區擴衍。河南郡、河內郡都是賴氏人口比較集中的地區。河南郡境域相當如今河南省黃河以南洛水、伊水下遊，雙洎河、賈魯河上遊地區及黃河以北原陽縣。河內郡境域相當今河南省黃河以北，京漢鐵路以西地區，以至野王(今河南沁陽)。賴氏是這兩郡的當地望族。這裡的賴氏族人分別以「河南」、「河內」為郡望。
北宋年間，賴二十郎從福建清流縣移居永安安砂，是為永安賴氏始祖;其後裔分遷到安砂、曹遠、大湖、小陶及永安城關等地。南宋初期，賴小一從永安安砂遷徙至龍巖;賴小二從永安城區移居永安大湖。其後，永安安砂賴氏的賴千一的後裔，一支移居留塘，一支移居曹遠;賴千五的長子、第三子的一支移居明溪。據永安大陶洋頭《賴氏族譜》載:賴氏第四十六世明房，仕宋為處州路(今浙江)松陽縣尹，封為松陽大夫。
明房之孫二十郎宦遊延平府浮流村(今永安)，卜居安砂。二十郎次曾孫小七(字志大)於南宋年間移居賴山林口坪(今漳平市新橋鎮南半村)，忠演於明正德年間由賴山遷居永安小陶大陶洋頭峰頭坑，生三子，長子玄朝、次子玄坤、三子玄圭。另據貢川《賴氏家譜》載，先祖賴安，由南劍州遷徙沙邑之貢川定居，郡望為穎川。
另一部分賴氏族人則紛紛渡江南下，向江南諸地擴衍。南宋時，湖南也已有大量的賴氏族人。據湖南的一些《賴氏族譜》載，湖南最早的賴氏來之福建汀州上杭縣古田，為賴標的後裔，居於三湘、益陽一帶。著名的茶販起義軍領袖賴文政就是湖南人。賴文政，一名五，南宋荊南人(今湖南)，以種茶、茶販為生。當時的茶賦是朝廷的重要財政收入之一，朝廷壟斷茶葉的經營。廣大茶家不堪朝廷的壓迫，紛紛起來反抗。宋乾道九年(公元1173年)，賴文政參加了湖南茶販起義。
宋淳熙二年(公元1175年)，賴文政被湖北茶販推為領袖。領導的茶軍自湖北起義，進而轉入湖南、江西，多次打敗官軍。賴文政領導的起義軍是得到廣大百姓支持的。曾居宰相的周必大向朝廷奏報說:當地居民給起義軍通風報信，「故彼設伏而我不知，我設伏則彼引避」。官吏趙善括也說，百姓與起義軍「互相交結」。朝廷調集重兵進行鎮壓，也屢戰屢敗。後來朝廷任用辛棄疾為江西提點刑獄，專力鎮壓茶販起義軍。辛棄疾把賴文政引誘到江州後殺害，茶農起義才失敗了。
在宋朝時期，江西石城秋溪潁川賴氏的一支遷居寧化石壁，明洪武二年(1369年)又遷居漳州府平和縣葛竹社;清康熙年間(公元1662~1722年)裔孫東渡臺灣。
賴六的次子賴朝美為南宋理宗(公元1225~1264年)時進士，初授巡檢，後升任武平縣令，擢升為中憲大夫，舉家定居福建永定，為永定湯湖賴氏開基始祖;元泰定年間(公元1324~1328年)其後裔由上杭遷居永定。據明溪瀚仙《松陽賴氏家譜》載:賴標的第十二世孫賴萬一為安遠巡檢。他的孫子賴通正遷居明溪胡坊大地。
賴通正的第五世孫賴益有四個兒子:長子賴念四遷居明溪瀚仙巖地，為瀚仙巖地賴氏開基始祖;次子賴念五遷居閩縣;第三子賴念六遷居晉江;第四子賴念七遷居建安。賴念四的第九世孫賴丙一遷居永安;第十世孫賴宗勝(賴甲一的季子)遷居明溪城東，為明溪城東賴氏開基始祖。
南宋紹興年間(公元1131~1162年)，賴極(報)，號素軒，從江西寧都遷居寧化登榮巷(賴家巷)。
宋末元初，賴廷貴的裔孫賴澤翁由泉州擇居晉江八仙山鳳山裡。晉江賴厝賴氏為當地名門望族，人才輩出:賴忠郎為明翰林侍講、江東太守中憲大夫;南宋時期，賴標的第十二世孫賴五為守殿將軍。他有九個兒子，其中賴八遷居清流、當化;賴九遷居上杭;賴十遷居大埔，後又轉徙汀州賴坊;賴十三遷居興寧、長樂。
元朝時期，賴廷貴(賴雍的長子)由福建寧化田心(赤嶺馬江)遷居泉州賴厝(今晉江青陽鎮賴厝村)，遂為泉州賴厝始祖。賴廷貴有五個兒子:長子賴隆、次子賴卜英、季子賴卜芳、第四子賴十芳、第五子賴十夢。
明正德年間(公元1506~1521年)，賴氏第九世祖賴鳳進士出身，為兵部給事中;其第十一世祖賴庭檜為明嘉靖年間(公元1522~1566年)進士，為四川按察使;其第十二世祖賴克俊為明萬曆二十三年(公元1595年)二甲一名傳臚，授禮部郎中;其第十二世祖長子賴熙為明天啟年間(公元1621~1627年)進士，授廣西思州正堂。
值得一提的是賴存業與海青天海瑞結下了一段情誼。明嘉靖年間，泉州賴厝的賴存業、賴存謹兄弟均為貢生。賴存業以歲貢出任瓊州教諭。當時，海瑞考入庠(秀才)，賴存業成了海瑞的老師。賴存業對海瑞極為器重;海瑞對老師也非常尊重。
後來，海瑞在南京吏部任職時特為恩師立匾額，題寫了「兄弟明經」、「兩邦總翰」二匾。現在這兩匾仍然掛在青陽鎮賴厝村賴氏家廟內。泉州賴厝的賴氏後裔分衍福建的惠安塗嶺、羅溪、德化、平和、長汀、內坑社仔村以及臺灣、新加坡等地。
明朝初年，賴氏又有遷居於四川、雲南一帶者，並且多數融入阿昌族。在明朝中期，有大量賴氏族人隨軍分播廣西地區，逐漸在當地融合為壯族。
福建賴氏族人紛紛遷徙至廣東潮州地區。明朝初期，賴七的次子賴祖華、賴祖三由寧化遷居廣東梅縣的程鄉四都開基。寧化知縣、寧化縣石壁鄉城田心賴氏開基始祖賴朝英的後裔遷入廣東海陽縣上饒上坪村(今廣東饒平上饒鎮)置業創基;另一支遷入海陽縣新豐葵坑、蔡子角(今廣東饒平)等處安家立業。不久，又有福建賴氏族人遷居廣東揭陽縣坡洋，開基其賴氏一族;明末，其後裔賴龍渠又從揭陽縣坡洋遷往潮陽縣黃隴都埔尾(今兩英鎮)另創基業。
明洪武初，永安大湖賴小二的第九世孫賴志仁遷居明溪城南門，為明溪城南門賴氏開基始祖。賴志仁有三個兒子:長子賴宗佑、次子賴宗寶遷居沙縣;第三子賴宗繼留居明溪城南門。賴宗紗的後裔分居胡坊奮發新華坊。
明朝中葉，福建詔安縣人賴洪和 遷徙至廣東潮州貴山都官田賴厝鄉(今谷饒鎮)，開基當地賴氏一族;清同治十年(公元1871年)，其裔孫賴明初移居黃隴都司馬浦下鄉(今司馬浦鎮)。清初，福建莆田的賴奕強兄弟四人分別遷徙至廣東南澳雲蓋寺(今雲澳)、海陽縣金石村(今潮安金石鎮)、澄海縣港口村(今澄城鎮)、澄海縣東隴村(今東裡鎮)建村立寨。當時廣東的東隴、樟林是對外通商口岸，造船業比較發達。賴奕強、賴奕明本是有名的造船工匠，很容易就在濱海之地安居立業。因此，兄弟倆便成為東隴、樟林兩地賴氏的開基始祖。現在潮汕賴氏人口約十二萬餘人。
明至清時，福建賴氏族人也陸續遷徙至湖南。明嘉靖年間(公元1522~1566年)，福建上杭的賴熙照經商入湘，衍居於益陽歐公店。據湖南《寧鄉賴氏族譜》載:明末清初，福建的賴時能、賴時泰兄弟入湘。賴時能先遷衡陽三泥洞，後居湘鄉評事二十九都黃泥洞，時泰公居湘鄉宣豐二十都杏子區藏石衝。
清朝初期，福建賴氏有十支遷至廣東寧鄉。這十支賴氏的先祖為世居福建的賴待衿。賴待衿有三個兒子:賴壽卿、賴明甫、賴舞庭。賴壽卿的後裔子念、子廣、子儀，賴明甫後裔子海、子鳳、子勤、子嘉、子嶽，賴舞庭後裔子兆、子任共十支，陸續遷至湖南寧鄉。清順治間(公元1644~1661年)，又有福建的賴應元遷居湖南醴陵高岡衝;其後裔分布於石報灘、龍山鋪、神福港等地。
清乾隆年間(公元1736~1795年)，福建龍巖的賴起鎔遷居醴陵梘頭洲;其後裔分布於普口市、萍鄉等地。清光緒年間(公元1875~1908年)，福建汀州賴炳元遷居炎陵十都圩。
明末清初，賴氏族人開始遷徙至臺灣。據《臺灣文化志》、《雲林沿革志》等書載:南明永曆三十一年(公元1677年)，鄭成功收復臺灣後，原鄭成功部將賴某與杜某合墾沙連堡社寮莊及山腳莊;另還有一位賴氏人與林杞一起入墾臺灣竹山鎮後埔社寮東埔蚋，成為第一批進入臺灣島的賴氏人。
據臺灣《西盛賴氏族譜·松陽七十二房考略》中記載，他們是在東晉安帝四年(公元400年)遷居潭州豐陸桴原(今湖南長沙一帶)的，此後不久又遷到虔州石城禮上裡秋溪，至宋朝時期又遷居福建汀州府寧化縣田心裡石壁城，明洪武二年(公元1369年)又遷漳州府平和縣葛竹社。
此外又有譜稱，東晉時期，有位名叫賴忠誡的人任處州(今浙江麗水)，太守，至其孫賴碩等人時西遷入江西，定居於虔州陽都，其後代便在當地發展繁衍。至唐末時，這支賴氏族人又在賴由得率領下從寧都沿石城進入福進，定居於長汀，後又遷居上杭古田、清流、寧化、永定、連城等地，明清間又進一步遷到廣東大埔、梅州、興寧等地，也是賴氏在南方影響較大的一個支派。
另外，臺中賴羅傅宗親會的數據也說，居住在松陽的賴氏族人大約在南北朝後期的賴燦時因生有七個兒子的緣故而分為七支，其中有兩支留居松陽，另外五支全部遷往江西。留居松陽的人後來又有一些遷居福建，先後定居在汀州、寧化、上杭、永定、吉田、延平、永安、南靖、詔安、平和，以及廣東程鄉、大埔、饒平、揭陽等地。其中居於詔安的賴延顯生子五人，分別遷居平和心田、葛竹、安厚等鄉，或者留居當地，分別成為各有關地區的開基祖。
綜合以上各支家譜的記載，原生活在發祥地或穎川郡的賴氏族人大約在東晉時開始向南方遷徙，定居在浙江松陽一帶，以後又進一步分衍出南康郡望，並以松陽、南康為中心向江西、福建、湖南、廣東等省發展，散居在許多縣鄉之中，遂使賴氏成為南方大姓之一。
至於賴氏族人向臺灣的遷徙，大約開始於明清之際，是由鄭成功收復臺灣一事引起的。據《臺灣文化志》、《雲林沿革志》等書記載，早在南明永曆三十一年(公元1677年)，就有原鄭成功部將賴某與杜某合墾沙連堡社寮莊及山腳莊，另外還有一位賴氏族人與林杞一起入墾臺灣竹山鎮後埔社寮東埔蚋，成為第一批進入臺灣島的賴氏族人。此後，隨著清朝統治在臺灣島的完全確立，又相繼有一些賴氏族人由東南沿海遷居臺灣。
這些遷徙可考的約有十四次，分布於清康熙三十四年~道光十五年之間(公元1695~1835年)，其中清康熙時期三次，清雍正時期一次，清乾隆時期七次，清嘉慶時期二次，清道光時期一次。如據《新埔賴氏族譜》記載，在清康熙六十年(公元1721年)，有漳州平和縣葛竹鄉人賴天經入遷臺北板橋鎮，成為新埔賴氏開基祖。
另據臺中賴羅傅宗親會數據記載，清乾隆年間，居住在平和縣心田鄉的賴雲從遷居臺中三份埔，有子五人各具才能，人稱「心田五美」，後來發展成為臺中一帶影響最大的賴氏支派。又據《臺北縣誌稿·開闢志》記載，清雍正五年(公元1727年)，廣東人賴玉蒼與曹姓人一起遷居臺北，倡建今陽明山區士林鎮市街。
另據《屏東縣古碑文集》記載，清乾隆四十二年(公元1778年)，有位名叫賴永漢的人遷居縣中坊寮街，從此也在當地發展繁衍。另外，據德化《侯卿賴氏族譜》記載，該縣下湧東陽派的賴祖等八人，因前往臺灣經簡而定居於彰化院務三佳春。
總計，由大陸沿海陸續遷往臺灣的賴氏族人以原居於福建南部的漳州、泉州各縣耆為最多，其次為廣東饒平、大埔、揭陽、福建寧化等地的人。其中來自福建南部的人在遷入臺灣後多居住在沙鹿、鹿港、清水、臺南、高雄等地，而來自廣東的賴氏族人則定居在臺灣的北部和中部，如新竹、苗慄、桃園、臺中等地。此後，從閩、粵遷往臺灣，進而移居海外者不絕。如今，賴氏在臺灣是一個大姓，在姓氏人口中排列第十五位。
今日賴氏族人以廣東省居多，約佔全國賴氏人口的54%左右。賴氏族人在分布上所以呈南多北少局面，與其歷史源流有密切關係。如歷史上的賴氏知名人物多集中在南方，北方較少，甚至幾乎沒有。
如唐朝時期的賴是雩都人，宋朝時期的賴文俊是處州人，賴紱是清流人，賴良遂是長汀人，賴夢齡是福寧人，賴文政是荊南人;元朝時期的賴陸孫是寧化人，賴良是天台人;明朝時期的賴厚福是增城人，賴獻民是龍巖人，賴瑛是廣昌人，賴祖是南康人，賴鳳是泉州人，賴廷用是永定人，賴隆是河源人，賴嘉謨是永豐人，賴萬耀是英德人，賴道南是永安人，賴燧是平和人;清朝時期的賴華鍾是明溪人，賴文光是嘉應人，賴以邠是仁和人，賴銳是城西人，賴餛生是會昌人，賴文鴻是廣西人;現當代賴和是彭化人，賴心輝是三臺人，賴世璜是石城人，賴可可是廣東人，賴傳珠是贛縣人，賴汝樵是平江人，賴若愚是五臺人，賴昌祚是瑞金人，賴經邦是吉安人，賴少其是普寧人，賴亞力是內江人，賴其芳是武平人，賴紹堯是汝城人，賴春風是寧岡人，賴祖武是福州人，賴愛光是惠陽人，等等。
從上述這些賴氏名人的籍貫上，可以看出其主要集中在福建、廣束、江西、湖南、四川等省，大體符合賴氏族人在分布上南多北少的基本規律。
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