清朝時期，大多沿用明制，比如：河南行政區劃基本沒變，裁撤了明代獨有的衛所制度。
清代山海關以內、長城以南的漢族地區被稱為關內。內地的行政區劃承襲了明代省—府（州）—縣的建制。
一級政區為布政使司，通稱「行省」或「省」。二級政區為府、直隸州。府管轄的州（散州、屬州）不再領縣，形成了單式的三級制。
清代初年，原為臨時差官的巡撫取代布政使，成為一省的長官。在一些民族雜居之處及戰略要地，設置了新型政區：廳，分為省直轄的直隸廳和府轄的散廳。少數直隸廳下轄縣。
在清代，還有一個獨特的區劃，那就是道，道員的統轄區域是道，介於省與府之間，有分巡道、分守道、糧儲道、鹽法道、兵備道等名目。
清初的道並不是行政區，道員亦無品級。乾隆以後，定道員秩品為正四品，分巡道、分守道的職權也漸趨一致。有的道下直接領縣。有人認為清末的道實際上已成為省、府之間的一級政區
清朝時期的河南，主要區劃是這樣的，9個府，分別是：開封府，河南府，歸德府，彰德府，陳州府，衛輝府，南陽府，汝寧府，懷慶府，5直隸州（鄭州，陝州，光州，許州，汝州），1直隸廳（浙川廳），5散州，95縣。
開封府:也就是今天的開封市，為至清末轄禹州及祥符、新鄭、陳留、杞、洧川、鄢陵、通許、尉氏、中牟、蘭封、密等1州11縣，府治祥符縣
河南府，今天的洛陽，府治洛陽縣，至清末轄洛陽、偃師、宜陽、永寧、新安、鞏、孟津、澠池、登封、嵩等10縣
歸德府，府治商丘縣，至清末轄睢州及商丘、寧陵、鹿邑、夏邑、虞城、永城、柘城、考城等1州8縣，與現在的商丘市相對應
陳州府，今天的周口區域，至清末轄淮寧、商水、沈丘、太康、西華、項城、扶溝等7縣，府治淮寧府
彰德府，府治安陽，臨漳、林、武安、湯陰、涉、內黃等7縣，
衛輝府，今天的新鄉市區域，府治汲縣，至清末轄汲、新鄉、淇、輝、延津、獲嘉、浚、滑、封丘等9縣
懷慶府，今天的濟源焦作一帶，府治河內縣，至清末轄河內、濟源、原武、修武、武陟、孟、溫、陽武等8縣
南陽府，府治南陽，至清末轄裕州、鄧州及南陽、鎮平、唐、泌陽、新野、桐柏、南召、內鄉、舞陽、葉等2州10縣。
汝寧府，今天的駐馬店區域，府治汝南，至清末轄信陽州及汝南、正陽、確山、上蔡、新蔡、西平、遂平、羅山等1州8縣。
光州直隸州，原屬汝寧府，雍正二年升為直隸州，至清末轄光山、固始、息、商城等4縣.
許州直隸州，至清末領臨潁、襄城、郾城、長葛等4縣
汝州直隸州，至清末領魯山、寶豐、郟、伊陽等4縣
陝州直隸州，至清末轄盧氏、閿鄉、靈寶3縣，民國廢州設陝縣
鄭州直隸州，至清末轄滎陽、滎澤、汜水3縣，民國廢州設鄭縣。
民國二十八年，彭雪楓等無產階級革命家開闢豫皖蘇抗日根據地，商丘永城為根據地的首府。
1949年1月10日，淮海戰役勝利結束，河南全境解放。1949年8月，黃河以北地區成立平原省，省會駐新鄉市，河南省保留黃河以南地區。
1952年11月，撤銷平原省，其行政區域大部分併入河南省。1954年10月，河南省會駐地從開封市遷駐鄭州市，今日河南區劃基本定型。