該電影主要講述了一個喜歡畫畫的小孩馬良用一支神筆保護了自己的村子百花村的故事。
相傳很久很久以前，有兩隻叫饕餮和窮奇的惡獸，肆殺百姓。這時，他坐不住了，他——就是潑墨仙人，他打敗了兩隻惡獸，並把他倆放進了大型的秘制煉丹爐裡，經過了七七四十九天的煉製，終於成了一支神筆，就是神筆的由來。
安居樂業的村子裡，某一天，突然來了幾個不速之客，大將軍想獨霸天下，借著小皇帝的手想把村子據為己有。他讓所有人都搬出百花村，沒有人聽他的。
第一次他帶著軍隊去百花村的時候，馬良正在放羊，兩個士兵射鹿，馬良看見救了鹿，還耍了兩個士兵。
晚上的時候，百花村裡很熱鬧，就好像夜市一樣。然後，潑墨仙人就出現了。一起出現的還有一輛小車，估計是他的坐騎吧。原來今晚是百花村一年一度的煙花節。就村長說完一年一度的煙花節表演正式開始的時候，煙花表演就開始了。還有花燈子的皮影戲，因為馬良沒有幫花燈子畫好戲裡的怪獸，花燈子就讓他上了。
搞笑的事情出現了，將軍的手下看到煙花說是有人向她們開火了，有意思的是，將軍看了竟然也說村子裡的人要造反，並且向她們開炮。接著，士兵都衝了出去。到了百花村，大將軍以皇帝的命令讓村民遷出去，說百花村地下有金山。村長說沒有。然後，大將軍還搶走了馬良的畫筆，說他不光要他的筆，還要整個百花村。這時候，一個黑乎乎的老者出現了，但是，這個老者似乎是從畫裡蹦出來的。他見到大將軍囂張跋扈，就噴了他一臉的墨，然後回到了畫裡，惹的大將軍很生氣。一隻鸚鵡說道：「感覺這個村莊怪怪的，我們還是先撤吧！」大將軍說：「你們必須趕緊搬出百花村。」他們就走了。
潑墨仙人乘的那輛車從後面撞了馬良一下，「哎，累死我了。」「剛剛那些墨是你潑的？」馬良問道。「嗯，是我潑的。」「你還想畫畫嗎？」「我當然想啊。」「那我送你一支筆吧。」「百花村將遇到一場大災難，你要用這支筆拯救百花村，你要記住，心中要有一幅美麗的圖畫，神筆就能幫你戰勝黑暗。」潑墨仙人說完便上天了。
潑墨仙人走後，馬良就往回走。他用神筆在村民的牆上畫了一個圈，結果，那個圈就掉下來了。女子正在裡面洗澡，張嘴就罵他要死啊，狗狗追著他叫。回到家裡，他無意間用筆畫了一隻老鼠，結果，老鼠活了，朝著他走過來。他一慌，又畫了一隻貓，貓把老鼠打了。然後，馬良問它們，「你們是誰啊？」「我們是你畫出來的啊。」貓回答道。「原來你還不知道這支筆的神力啊，只要你畫什麼，他就有什麼。」
這時，大將軍又下令把村民的狗牛羊都搶走了。視牛如命的旺田悶悶不樂，馬良給他畫了一頭牛。大家都聽說了馬良畫什麼有什麼，就找他幫忙。當然，麻煩肯定也有的。就比如那頭牛，耕地的時候一直叫，把官兵引來了，馬良只得把它隱身。官兵看見旺田懸空坐著，嚇的「啊，有鬼啊！」就跑了。大將軍又把村民的水斷了，馬良畫了一個大茶壺，裡面灌滿了滿滿的水給村民用。大將軍納悶，村民沒牲畜沒水為啥還沒遷走。於是，派鸚鵡去看看情況。鸚鵡回來告訴他，馬良手裡有支神筆，畫啥有啥。
他就讓村長請馬良和他的朋友來為皇帝慶壽，並且搶走了馬良的神筆。然後，把馬良弄在了墨裡，大將軍真正變得黑暗了。他把皇帝變成了小狗狗，然後，想稱霸天下。最後，還是貓讓花燈子把馬良從墨裡拽了出來。馬良想起了潑墨仙人的畫，在牛、老鼠、搖錢樹還有茶壺的幫助下，他成功的拿到了神筆。但是，大將軍用小面還有百花村威脅他，讓他畫一座金山，畫一艘飛船。她們一起飛上了天，還包括村長以及他的兩個兒子。
士兵都在搬金子，大將軍和馬良打了起來。最後，金子融化了，把大將軍還有士兵除了馬良、花燈子還有貓和老鼠以外的人都變成了金子。金山坍塌，馬良和小夥伴們平安回來。
馬良還用煙花毀了大將軍的軍隊，把皇帝變回來了，把村長的兩個兒子也救活了。電影就這樣結束了。