細川澄元、三好之長死去時，澄元之子晴元只有六歲，繼承三好家的三好之長的孫子三好元長只有十九歲，儘管足利義稙前去投靠他們，但是阿波守護家的勢力暫時還是難以與細川高國抗衡。
細川晴元
大永六年（1526年），細川高國突然殺死了重臣香西元盛，自毀長城的細川高國給了阿波守護家一個介入京畿局勢的好機會。勞苦功高的香西元盛蒙受不白之冤而死，讓丹波國的國眾們對細川高國感到心寒，便紛紛向阿波國的細川晴元表示忠心。香西元盛的義兄波多野元清、弟弟柳本賢治更是在丹波國的八上城、神尾山城舉兵，要與細川高國決一死戰。
十二月十三日，細川晴元、三好元長響應丹波國眾的請求，派遣三好勝長、三好政長率軍渡海，於堺港登陸，沒多久丹波國、攝津國就都落入了細川晴元的手中。為此，細川高國不得不親自出戰，他向播磨赤松家、若狹武田家、越前朝倉家與近江六角家派去了使者，請求盟友派遣援軍。然而除了若狹武田家派出兩千援軍以外，其餘三家均不想與勢頭正盛的晴元軍交戰，便都作壁上觀。
大永七年（1527年）二月十三日，高國軍與晴元軍在桂川交戰，雙方都押上了全部底牌，最終失去大部分家臣支持的細川高國戰敗，逃回了京都。次日，細川高國帶著幕府將軍足利義晴流亡近江國，許多幕府的奉行人、評定眾也隨著將軍一起離開，室町幕府實質上停止了運作。
二月二十二日，細川晴元、三好元長擁戴足利義稙養子足利義維渡海進入堺港，由於細川晴元方的勢力在瓜分細川高國領地時侵佔了不少寺院的領地，導致朝廷對他們有些不滿，剛繼位不久的後奈良天皇一度拒絕了足利義維的任官申請。不過，最終朝廷還是讓足利義維敘任從五位下左馬頭，授予其開設陣儀的許可，讓他成為事實上的將軍繼承人。
九月中旬，細川高國終於說服了朝倉家與六角家，三家組成了一支共五萬四千人的軍勢反攻上洛，晴元軍一方的人數則比高國軍少得要多，主力分別是三好元長與畠山總州家家督畠山義堯二人率領的軍勢。高國軍先是擊敗了畠山義堯的軍勢，但是另外一邊三好元長率領的阿波國眾卻擊敗了朝倉軍，扭轉了敗勢，兩方在京都陷入了對峙的局面。在此期間六角軍、朝倉軍不願長期在京紛紛退卻，細川高國也只能返回了近江國，而晴元軍一方，由於柳本賢治的讒言，三好元長也率軍離開了陣地。
此後的細川高國依舊在為重返京都而四處奔波，他先與伊賀國守護仁木氏以及伊勢國國司北畠氏交涉，希望兩家派出軍隊支援自己，在被兩家拒絕以後，細川高國又渡海前往出雲國，想說服當時如日中天的尼子經久率軍上洛，不過也被尼子經久給拒絕了。最終，細川高國流落到了備前國，依靠備前國守護代浦上村宗。浦上家雖是赤松家家臣，但是早已有了下克上的傾向，浦上村宗正好也想借這個機會統一赤松家內的各個派系，便同意了細川高國的上洛請求。
尼子經久
享祿三年（1530年）六月，浦上村宗與細川高國一同侵入了播磨國，由于晴元軍派來的主將柳本賢治被二人派出的刺客刺殺，播磨國落入浦上村宗與細川高國手中，二人隨後立即侵入了攝津國，奪取了多座晴元方的城池。
此時的細川晴元沒有選擇，他一邊與三好元長交涉，解釋先前的事情都是柳本賢治的讒言，請求三好元長不計前嫌派出軍隊，而後又與赤松家的家督赤松政村聯絡，希望赤松政村能夠號召赤松家家臣起兵討伐浦上村宗。
三好元長收到細川晴元書信時已經在阿波國，見主君言辭懇切，他便立即率軍渡海抵達攝津國，果然在此地阻擋住了浦上·高國軍的攻勢。恰好在這個時候，赤松政村加入了晴元軍的消息傳到了浦上·高國軍的陣地之中，得知後路被抄的浦上·高國軍士兵士氣大跌，三好元長隨後下令發起總攻，浦上村宗不知所蹤，細川高國則戰敗自盡。
隨著細川高國之死，持續了數十年的「兩細川之亂」才算告一段落。然而在這個時候，由於細川高國、細川澄元等人的內訌，使得無論是細川京兆家還是室町幕府，都開始出現了崩壞的局面，室町幕府的真正衰弱時期，其實正是這段時期而不是戰國時代前期。
另外一方面，此時的細川晴元雖然統一了細川京兆家，但是畿內的對峙依舊存在，足利義維所在的「堺幕府」與足利義晴所在的近江國形成了對立的局面，而「堺幕府」內部也出現了許多矛盾。當然，「堺幕府」內部的最主要矛盾還是老生常談的阿波眾與畿內眾的對立，只是這一次，進入京畿後的細川晴元以細川京兆家家督的立場站在了畿內眾的一方。
足利義維
在這期間，由於被稱為「堺大樹」的足利義維支持阿波眾，細川晴元便決定與近江國的足利義晴和談，改為擁立足利義晴為主。與足利義維相比，當時足利義晴是各地大名普遍認可的正統的幕府將軍，而足利義晴的政權在細川高國死後，「管領」一職也出現了空缺，因此各有所需的雙方一拍即合，締結了盟約。
為了對付阿波眾的主力三好元長，細川晴元不惜煽動一向一揆攻擊三好軍，逼迫三好元長自盡。可是在三好元長死後，一向一揆逐漸失控，細川晴元又開始煽動法華宗、天台宗、臨濟宗等宗派攻擊一向宗，等到法華宗崛起以後，細川晴元又與天台宗一同鎮壓法華宗的勢力。細川晴元這種通過引發更大的麻煩來解決眼下麻煩的做法，讓京畿陷入了一片混亂之中，從此以後法華宗、一向宗、天台宗等宗教勢力開始左右京畿的武家鬥爭，直到織田信長時期方才被平定。
除此以外，被細川晴元害死的三好元長之子三好長慶也在暗處蓄勢待發，三好長慶有著阿波守護家的支持，以細川晴元家臣的身份在畿內不斷地擴張著勢力。到了天文十七年（1548年）時，擁有足夠力量的三好長慶終於對細川晴元舉起反旗，奉細川高國的養子細川氏綱為主，將細川晴元驅逐出了京都。
三好長慶
此後，細川晴元雖然一直與三好長慶交戰，但是三好長慶與父親三好元長不同，他將三好家的根據地從阿波國遷到了攝津國，做好了在京畿紮根的打算，因而細川晴元根本沒有能力能夠阻擋日益崛起的三好家。
永祿四年（1561年），由於三好長慶的弟弟十河一存去世，細川晴元與畠山高政（尾州家）、六角義賢一同舉兵與三好長慶敵對，但是晴元軍很快就被三好軍擊敗，細川晴元也被迫前往攝津國的普門寺隱居，於兩年後去世。曾經在京畿隻手遮天的細川京兆家，自細川政元死後就開始內亂不斷，到細川晴元時代，更是被阿波三好家取代，細川京兆家也逐漸被歷史的潮流給吞沒了。
值得一提的是，在戰國時代後期活躍於安土·桃山政權中的細川藤孝一系的細川家，出自細川京兆家的庶流和泉上守護家，在他們的努力下，細川一族的傳奇仍舊在繼續。
本文作者：北條早苗
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