病因以遺傳和環境因素為主
兒童錯（牙合）畸形發生的病因以遺傳與環境因素為主。
遺傳因素體現在3個方面：①不同人種的顱頜面形態結構有其種族相似性；②不同個體的顱頜面形態結構有其個體特殊性；③每個個體的不同發育階段有其顱頜面形態結構的延續性。顱頜面生長發育的遺傳控制機制是多基因交互影響的。臨床尚無法確定每種錯（牙合）畸形的特定遺傳控制基因，這決定了兒童錯（牙合）畸形在針對遺傳因素改變顱頜面形態結構時的複雜性。兒童顱頜面形態結構異常的環境因素包括口腔功能、口腔肌肉功能、口腔健康及全身生長發育因素。這些因素在兒童生長發育過程中極大地影響顱頜面的正常發育，從而出現錯（牙合）畸形。
目前，兒童口腔醫學及口腔正畸學的觀點認為，在導致兒童顱頜面形態結構異常過程中環境因素的作用大於遺傳因素的作用。
因此，兒童錯（牙合）畸形的錯（牙合）矯治提倡早期預防與阻斷，避免兒童顱頜面生長發育異常，預防與阻斷錯（牙合）畸形的發生發展。咬合發育管理及兒童顱頜面畸形的臨床治療原則是預防、引導、阻斷及綜合矯治。
早期矯治的核心問題
兒童錯（牙合）畸形早期矯治的核心問題：
首先要明確「早期矯治是否應該做？」的問題，這基本是全球口腔醫生的共識。
從疾病的發生發展來說，錯（牙合）畸形是隨兒童顱頜面發育而來的問題，早期矯治是解決錯（牙合）畸形的首選。
其次，早期矯治要解決臨床矯治效果及效率的困惑。
對於臨床不同類別、不同嚴重程度、不同病因的錯（牙合）畸形，早期矯治是否有效？早期矯治是否值得？這是臨床能否有效開展錯（牙合）早期矯治的前題，也是目前兒童錯（牙合）畸形早期矯治的難點。
有效的兒童錯合早期矯治有賴於正確的診斷、矯治時機的合理選擇、矯治計劃的正確安排、矯治器的正確選擇，是早期高效矯治兒童錯（牙合）畸形的前提。只有高效的矯治以及良好的矯治效果才能達到早期矯治的有效開展，這有待於兒童錯（牙合）早期矯治醫生不斷的努力。
早期矯治的內容
兒童錯（牙合）畸形的早期矯治包括：錯（牙合）畸形的預防、咬合發育的引導、錯（牙合）畸形的阻斷矯治，最後是錯（牙合）畸形的綜合矯治。
兒童錯（牙合）畸形的發生發展是伴隨兒童生長發育而進行的，所以臨床提倡兒童顱頜面全生長發育過程的全程顱頜面形態結構管理。
兒童錯（牙合）畸形從病因機制的角度，其內容包括：兒童口腔功能發育管理、口腔健康管理、兒童咬合發育管理、兒童顱面形態管理等四大部分；從正畸技術上包括：口腔不良習慣矯治、乳恆牙替換的間隙管理、正畸活動矯治、正畸功能矯形、牙槽骨塑形矯治、正畸固定矯治。
相信通過對兒童顱頜面形態、結構及功能的全面管理，兒童錯（牙合）畸形的發生發展及嚴重程度能大大降低，從而提高我國兒童健康水平。