祖大壽在投降大清之後，並沒有得到皇太極的信任與重用，這還與其之前「降而復叛」的經歷有著密切關係。
清崇德七年（1642年），松錦大戰以明軍慘敗收場，主將洪承疇被俘後投降，此時祖大壽所困守的錦州已經被清軍圍困長達一年的時間，城內早已是彈盡糧絕，甚至出現了殺人相食的慘狀，迫於無奈的祖大壽只能選擇開城向清軍投降。
儘管祖大壽受到了皇太極的熱誠歡迎，並且還被授予了漢軍正黃旗總兵的職位，但是至此之後祖大壽就如同在政治舞臺上消失了一般，鮮有記載。
而造成這一局面與祖大壽當年大凌河之戰後，「降而復叛」的經歷有關。
後金天聰五年（1631年），皇太極率兵攻打大凌河，此時大凌河也面臨著當時後金軍隊的重重包圍，城內彈盡糧絕。
此時的祖大壽殺掉了決心力戰到死的何可綱，向皇太極投降，之後又以勸降錦州為名，逃離了後金，重新回到明軍之中，繼續同皇太極進行對抗。而祖大壽這樣的「不忠」的行為，遭到了後金朝堂之上大多數將領的反感與排斥，只有皇太極力排眾議，甚至不但沒有為難在後金帳下作為人質的祖大壽的兒子們，包括長子組潤澤、養子祖可法等，甚至還給了他們極高的位置，並依舊對於祖大壽保有幻想。
然而祖大壽不惜用自己的子侄、部將三十餘口的性命表明自己對於明朝的中心，更是用十年的時間消耗完了皇太極對他的信任與期望，儘管這次投降再一次受到了皇太極的熱誠歡迎，但是投降後的祖大壽，所擔任的職務甚至不如他的兒子，同時還要受到皇太極的懷疑與監視，這也使得祖大壽在投降皇太極後很難再有所作為。
實際上，並不僅僅是祖大壽，包括在松錦大戰中投降的明軍主帥洪承疇起初也受到了皇太極的監視與猜忌，直到多鐸率兵打下了弘光政權，洪承疇為了撫慰江南漢族百姓才得以重用。
類似於洪承疇、祖大壽等，這些兵敗後投降的明朝舊將，其待遇和地位相較於孔有德、尚可喜、耿仲明等這些主動投誠而來的，確實有著非常明顯的差距。
與此同時，不得不提到的是，此時的祖大壽年事已高，能發揮的作用也是非常有限。
祖大壽生於1579年，在1642年，他第二次投降皇太極的時候，已經是63歲了，如此年齡之下，能在戰場上發揮的作用是非常的有限。
而反觀祖大壽的兒子們，卻受到了皇太極重用，一方面是為了昭顯懷柔之道，另一方面也是為了進一步限制祖大壽的實力和影響力。特別是前文中所說的，祖大壽的兩個兒子祖澤潤和祖可法，都是漢軍八旗的高級將領和主要領導人，與石廷柱、佟圖賴這些屬於一個級別的。
在這樣的情況下，此時對於祖大壽來說，他最為重要，甚至可以說唯一可以利用的價值便是勸降自己的外甥吳三桂，然而祖大壽的接二連三的勸降均遭到了吳三桂的嚴正拒絕，這也使得祖大壽的地位變得異常尷尬。
直到在清順治元年（1644年），吳三桂在山海關大戰的陣前宣布正式投降，這幾乎與祖大壽也沒有任何的關係，祖大壽在吳三桂投降後也算是徹底失去了應有的作用。
最終，投降清朝後的祖大壽並沒有太多作為，也就慢慢的消失在了明末清初的政治舞臺上，直至順治十三年（1656年），祖大壽以77歲的高齡去世。而他下一次重新為人所提及，並且再次為世人所熟知，便是在一百多年後的乾隆朝時期，他被編入《貳臣傳》的時候了。
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