清朝皇帝跟八旗之間的關係，十分的特殊。在八旗最初的時候，皇帝本人既是旗主，也是八旗的最高統帥。八旗之間互相平定，各自平等。一度時間內，八旗旗主的權力極高，甚至可以決定皇位的人選。在入關以後，順治皇帝曾對八旗做出了調整。
他讓出了原本由自己管轄下的正藍旗，同時，把讓歸皇帝名下的鑲黃、正白、正黃劃為上三旗，正紅、鑲紅、正藍、鑲藍、鑲白劃為下五旗，歸八旗旗主管轄。這提高了皇帝的地位。因為當時各旗主之間的地位仍然平等。依舊互相爭鬥。
但隨著江山坐穩，皇帝權力加大，他們與八旗旗主們的親密關係，也宣告結束。雍正元年，皇帝設立八旗都統衙門。八旗都統的出現，就是皇帝削弱八旗旗主，讓自己更好統治八旗的結果。
這個最大的轉變，就是八旗都統的人選上。在入關以前，他們是由旗主向皇帝推薦的，但到後來，卻是由皇帝直接任命，把八旗的實際事務交給都統負責。而在雍正時期，八旗都統的辦公地點，也從家裡，轉到了專門的衙門。
至於八旗王公，他們只是拿著高俸祿，卻沒有什麼實權。八旗內的軍事、政務，統統由八旗都統負責。他們底下有各種衙門，有印房、折房、折餉房、銀庫等，負責八旗內的某一具體事務。這是八旗最高的領導機構。
雖說同為八旗都統，但內部卻有一些不同的差別。簡單的話，可以分為三類。第一類是旗務都統，這類都統就是京師八旗的長官，清朝一共有滿、蒙、漢三類八旗。所以，這類的旗務都統一共有二十四個。八旗軍是一個很特殊的組織。他們在平時都是老百姓，等到戰爭時，才披甲上陣。
所以，旗務都統雖然更多是負責旗人生活方面的生活，卻要參與一些武備訓練這類的軍事事務。他們以皇帝的命令辦事，管理旗人。
第二類是駐防都統，清朝在各省駐紮八旗軍，而各省八旗軍的長官，或者被稱為將軍，或者被稱為都統。他們除了負責國防安全，鎮守險要、訓練軍隊之類的軍事事務外，也可以向皇帝報告當地的政務和民事。最後一類是贈銜都統，這是一種臨時指派的職務，屬於虛銜。
而在具體事務上，在京師的八旗都統有管轄驍騎營的權責。驍騎營是京師八旗防衛的主力，平日裡京城守衛、警戒，城內的銀庫、穀倉、宗人府等，都是由驍騎營負責。如果遇到戰事時，他們就要出徵。這是京城防衛的主力，人數有5.5萬人左右，大致是精銳主力的一半。
這是軍事上的事務，如果是政務，都統要管轄的事務就更為瑣碎了。旗人的土地、財產、人口，大小案件等，包括對旗人的教化、風俗，都要都統過問負責。不過，如果是擔任京官，或外任官的旗人，就不歸都統管轄，而是交由吏部處理。
特別值得一提的是，在清朝初年的時候，皇帝曾允許旗人圈佔大量的土地，但到後期，一些旗人出於生計，開始大規模的出售土地。但清朝皇帝是不允許的，他們禁止旗人出售土地。所以，都統經常要清查、贖回旗人的土地。這常常耗費國庫大筆的開銷。
某種意義而言，八旗都統其實更像是那些總督、巡撫這類是封疆大吏，同時掌管地方軍政。只不過，八旗都統管理的是旗人。