概況
亞種是一隻數碼寶貝的衍生形態，大多數情況下，它們只是顏色不同於本體，其他基本和本體一樣。動漫中出現過亞古獸和亞古獸的亞種，在數碼寶貝第六部第78集中，這兩隻亞古獸有幸見了面。
早期的時候戰鬥暴龍獸還和黑暗戰鬥暴龍獸進行過一場友誼賽，亞種之間的較量還是很有看點的。亞種一定強於本體嗎？這個不好說，但有幾個數碼寶貝是真的強，他們作為亞種出現，但實力遠超過本體。
調停者
戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯各自有一個非常強的亞種，漫畫中稱他們為調停者。他們強在哪？他們聯手把NEO給逼停，它們甚至有著凌駕於世界樹的力量，它們的名字叫做勝利暴龍獸和終弩加魯魯獸。
這兩隻數碼寶貝是人為幹預而進化成的，換句話說，這兩位是世間僅有的，不存在分號的數碼寶貝，它們的實力是不是要遠勝過戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯？
奧米加獸·茲瓦特
黑奧米加獸是奧米加獸注入了某些不明的黑色物質後而暫時變為黑色形態，雖然變成了黑色，但是這個形態的奧米加獸還是疫苗種，同時也還是皇家騎士。
奧米加獸·茲瓦特的持續時間不長，但在此期間它的實力會得到一定的增強，其戰鬥力要勝過常態下的奧米加獸。
黃金拉比獸
這是亞種的又一次勝利。普通的拉比獸雖然也不錯，有著強大的火力以及超高的移動速度，但是它的亞種裝甲體黃金拉比獸已經有究極體水準的力量了。
在原有的接近光速的移動能力之上又大幅度增強了自身的攻擊力，此時的黃金三角已經可以匹敵金甲龍獸的極限聖戰波。這個本體和亞種的實力差已經有點大了。
亡魂獸
亡魂獸是猛鬼獸的亞種，目前動畫只在數碼寶貝05中登場過，這隻數碼寶貝是小丑皇進化路線上的一員，是小丑皇的成熟期。
它吸收了大量的魔法師的數據，帽子的魔力也因此大增，所以戰鬥力要遠比同族的猛鬼獸要強得多。
千兆龍獸（猛龍獸）
千兆龍獸和百萬龍獸是同一時期開發的空中數碼寶貝，百萬龍獸已經有著非常強的破壞力了，但是鋼鐵帝國不滿足於此，更加優秀的千兆龍獸緊隨其後的誕生了，它倆的出現很好的保護了鋼鐵帝國領空的安全，可它們不知道，它們也不過是無限龍獸的試作品之一。