廣州中醫藥大學辦學基礎為創立於1924年的廣東中醫藥專門學校。1956年經國務院批准成立廣州中醫學院，是新中國首批四所高等中醫藥本科院校之一，1995年更名為廣州中醫藥大學。原直屬國家衛生部，2000年轉由廣東省人民政府管理。2017年入選國家「雙一流」學科建設高校，2018年晉級廣東省高水平大學重點建設高校。
廣州中醫藥大學現一共有附屬醫院30所，分別為第一附屬醫院、第二附屬醫院、第三附屬醫院和附屬粵海醫院、附屬深圳中醫院、附屬中山中醫院、附屬廣州中醫院、附屬佛山中醫院、附屬廣東第二中醫院、附屬南海婦產兒童醫院、附屬茂名中醫院、附屬湛江第一中醫院、附屬廣州中西醫結合醫院、附屬新會中醫院。
附屬臺山中醫院、附屬湛江第二中醫院、附屬廣東中西醫結合醫院、附屬順德中醫院、附屬汕頭中醫院、附屬海南中醫院、附屬重慶北碚中醫院、附屬清遠中醫院、附屬三亞中醫院、附屬寶安中醫院、附屬陝西安康中醫院、附屬海口中醫院、附屬深圳平樂骨傷科醫院、附屬內蒙古國際蒙醫醫院、附屬內蒙古中醫院和附屬東莞中醫院。
其中附屬東莞中醫院為廣州中醫藥大學新晉附屬醫院，2020年7月25日，在東莞市中醫院舉行廣州中醫藥大學與東莞市人民政府合作共建廣州中醫藥大學東莞醫院籤約及揭牌儀式。省中醫藥局、東莞市政府和廣中醫等領導出席籤約和揭牌儀式。
廣州中醫藥大學東莞醫院是廣州中醫藥大學與地市政府合作共建的第四所醫院。根據合作協議，東莞市中醫院將參照廣州中醫藥大學直屬附屬醫院的標準運營和管理。未來，醫院將以「廣州中醫藥大學東莞醫院」為第一名稱，保留「東莞市中醫院」的名稱及建制。