上次說到1999年夏天,在尤文圖斯鬱郁不得志的亨利以1650萬歐元的身價轉會溫格執教的兵工廠阿森納。和他一起加盟球隊的還有一位大名鼎鼎的人物,那就是克羅埃西亞前鋒蘇克,這位左腳能拉小提琴的射手,據說在效力阿森納的短短一年時間內,將勤奮好學的亨利的左腳技術提高了不少,亨利在阿森納的首個進球是99年9月在和南安普頓隊比賽中打入的一腳遠射。
此後亨利很快就進入了角色,成為阿森納鋒線上的尖刀人物。亨利在英超淋漓盡致的發揮出了他的特點,速度快,技術細膩,而且亨利踢球最令人印象深刻的是他的冷靜和放鬆,技術動作運用非常合理,首個賽季,亨利為阿森納出場48次,打入26球,阿森納那個賽季獲得聯賽亞軍。球迷們很快被他的表現徵服,這1650萬的價格簡直是撿到了大白菜。
2000年歐洲杯,亨利繼續跟隨無敵之師法國隊出戰,這次亨利的表現依舊出色,他又一次打入三球,其中最關鍵的是半決賽和葡萄牙隊的進球幫助法國隊扳平比分。決賽前夕,亨利前往義大利隊訓練營探班,看望了闊別一年的尤文圖斯老隊友,最終法國隊在決賽又一次上演大逆轉好戲,不過最終絕殺義大利的亨利的好搭檔特雷澤蓋。就這樣,在短短兩年內,亨利獲得了世界盃和歐錦賽的冠軍,當時他僅僅23歲。
這讓亨利更加自信,在當年的阿森納,亨利還有兩位良師益友,一位是老鄉皮雷斯,另一位是老大哥博格坎普,他們對亨利幫助非常大,除了不斷給亨利餵餅,亨利的技術也在這一時期有了更長足的進步。01-02賽季,亨利迎來了爆發,他在那個賽季打入24個進球,成為英超金靴,幫助阿森納獲得了聯賽和足總杯的冠軍。
正在春風得意之時,韓日世界盃如期而至,沒想到亨利和法國隊居然是來打醬油的,揭幕戰被黑馬塞內加爾1比0爆冷擊敗,在第二輪亨利有因為不冷靜的危險鏟球動作吃到紅牌,自己的世界盃之旅也告一段落,法國隊又在最後一輪被丹麥擊敗,衛冕冠軍小組墊底回了老家,當時亨利是nike 剛剛發布的刺客1代的代言人,他使用的炭灰色的mv1,但這雙鞋沒給他帶來好運。
回到英超,臥薪嘗膽的亨利變得更加成熟,03年5月,阿森納被利茲聯主場擊敗,衛冕冠軍失敗,但是02-03亨利表現爆棚,英超聯賽完成24進球23助攻的雙20奇蹟,雖然被範尼搶走了英超金靴,但是個人獲得英超最佳球員稱號。在2003年的聯合會杯中,亨利一掃世界盃的陰霾,帶領法國獲得了冠軍,個人表現更是無可挑剔,他在五場比賽打入4球,成為賽事最佳射手,決戰中金球絕殺喀麥隆。他全面的表現讓他在當年世界足球先生的評選中獲得了第二名。
更令人難以置信的是阿森納在6-1血洗南安普頓後,開啟了不敗模式,一年半沒有輸球,完成了49場不敗的英超紀錄。03-04賽季,阿森納以不敗金身獲得英超冠軍,亨利在聯賽狂轟30球,他的滑跪慶祝也成為了英超一道亮麗的風景線。在奪回英超金靴後,亨利還獲得英超最佳球員和歐洲金靴獎。
2004年葡萄牙歐錦賽,法國隊志在衛冕,他們在小組賽表現也非常強勢,戰勝了英格蘭和瑞士,亨利打入兩球,小組第一讓他們在十分之一決賽遇上並不被看好的希臘隊,沒想到當年的希臘異常頑強,不僅僅爆冷1比0擊敗了法國,還最終一黑到底上演希臘神話。但憑藉在阿森納的無敵表現,亨利在年底他當選法國足球先生,可惜在世界足球先生評選中又一次屈居第二。
此時nike已經將亨利定位位刺客系列的第二號代言人,僅次於外星人羅納爾多,在刺客2的配色中,有白紅和紅白兩款配色和當時阿森納的球衣顏色基本一致。亨利也不負眾望,在04-05賽季繼續著自己無敵刺客的表現,他賽季英超打入25球,衛冕了英超冠軍,還以31個進球衛冕了歐洲金靴獎。2005年夏天,維埃拉轉會尤文圖斯,亨利接過老大哥留下的隊長袖標,成為阿森納隊長。
2005年10月16日,亨利在歐冠杯對布拉格斯巴達的比賽中梅開二度,將自己在阿森納的進球數提升到186個,打破了伊恩賴特保持的185個的隊史紀錄,賴特還專門為此來到海布裡球場為亨利送來祝賀。四個月後,亨利又打破了巴斯蒂恩保持的阿森納聯賽150個進球的紀錄,2006年5月7日,海布裡球場的告別之戰,亨利大發神威,上演帽子戲法,賽後他親吻了海布裡的草皮,他在這塊場地上打入了超過100個進球,是名副其實的海布裡之王。
賽季結束,亨利以27個進球再次衛冕英超金靴,在7個賽季中,四次封王,還完成了連續5個賽季英超進球超過20個的壯舉。那個賽季,阿森納雖然在英超賽場排名第四,開始了爭四狂魔生涯,不過歐冠賽場表現出色,一路過關斬將殺入決賽,但是決賽中,阿森納遇到了如日中天的巴薩夢2隊,雖竭盡全力但最終還是飲恨巴黎。
緊接著的德國世界盃,亨利繼續著自己火爆的狀態,他在和多哥隊和韓國隊的小組賽取得進球,又在關鍵的四分之一決賽絕殺巴西,當時他穿的nike刺客3代的首發白金配色,將外星人淘汰出局,基本也宣告了一個時代的過去。可惜在最終的決賽,亨利未能取得進球,法國隊在點球大戰惜敗義大利,亨利在歐冠之後又和大力神杯擦肩而過。
世界盃結束後,本以為亨利將取代羅納爾多成為nike的刺客頭號代言人,但是29歲的亨利卻選擇了和剛剛被adidas收購的reebok籤約,成為了當時已經日薄西山的銳步足球鞋代言人。無奈那個賽季亨利由於傷病,僅僅為阿森納出場了17場聯賽,但還是有10個進球入帳。可能由於傷病,亨利使用的reebok球鞋居然是一雙全袋鼠皮的定製球鞋,這款鞋並沒有市售,只能算是一雙廣告球鞋。2007年3月的歐冠八分之一決賽和埃因霍溫的第二回合比賽中,亨利上場沒多久就因為大腿拉傷無法堅持,這也成為了他在那個賽季的最後一場比賽。
賽季結束,亨利最後一次為兵工廠亮相是07年6月19日阿森納和玉寶的活動,當時他和超模邦辰一同出席發布會為玉寶手錶代言,但僅僅一周後,亨利就宣布以2400萬歐元身價轉會巴塞隆納。而亨利轉會巴薩的原因眾說紛紜,有的說是因為溫格遲遲沒有和阿森納續約,有的說是亨利和溫格有矛盾,其實說白了亨利的目的只有一個,不是680萬歐的年薪,而是為了湊滿他足球生涯榮譽大滿貫的最後一塊拼圖歐冠冠軍。