話說明朝末年的一個晚上，數十名漁民正在南鯤鯓沙汕上捕魚，忽然從海上飄來一陣鐘鼓管弦的樂聲，並且出現一艘三檣的大帆船，緩緩駛進南鯤鯓灣。
隔天，這些漁民一齊到港口看個究竟，結果只看到一艘破舊的小船停在岸邊，裡面載著六尊神像，分別寫著：「 大王李府千歲、二王池府千歲、三王吳府千歲、四王朱府千歲、五王範府千歲、中軍府」，以及一支神木和「代天巡狩」的旌旗。
漁民於是將這些神像供奉在草寮內，早晚焚香膜拜，結果從那天起，漁民只要出海捕魚，一定滿載而歸。從此神威廣播，信徒也越來越多。後來有人提議建廟來供奉神明，但是因為財力不夠，只好祈求五王另外找尋吉地。
在隆重祭祀之後，漁民們恭送王船出港。想不到出港不到一佪時辰，王船竟然又逆流返航，而且停靠在原來的地方。漁民驚訝不已，並認為五王打算長駐在這裡，所以再次恭迎上岸，安奉在草廟中祭拜。
王船逆流返航的神跡遠近轟動，朝聖謁拜的人絡繹不絕，居民的生活也因為漁獲豐富，而日漸改善。後來沿海居民感受到神恩浩蕩，再度提議為五王建廟，於是有錢出錢，有力出力，建廟工程正式展開。
神廟建築期間，泉州名雕刻師「媽福師」受五王託夢，隻身來臺雕刻神像，原王船內的神木劃有六段，媽福師依指示取前五段雕刻成五王金身，第六段雕刻成中軍府，也就是現在所說的「開基正身」神像。
神像完成後，五王選擇吉時於四月二十六日午時開光點眼，由高功法師主持，點睛後神像鏗然有聲，振動不已，其中三王振動最為激烈，足足有半個時辰之久。
在大家的通力合作之下，終於在康熙元年（公元1662年）完工，稱為「南鯤鯓廟」，因為是開臺首廟，所以也叫做「開山廟」，而五府千歲也因此被尊為「南鯤鯓王」。
清嘉慶二十二年（1817），因山洪海潮衝蝕，信徒擇地桄榔山虎峰，歷經五年建廟，移祀五王於今址。至民國初年，廟歷百年滄桑，風雨侵蝕，磚瓦剝落，漸形傾頹。民國十七年（1928），歷經五年擴大改建，隆重舉行五王入廟大典，此即今日廟貌。
南鯤鯓代天府是臺灣開山古廟，歷經明、清、日佔時代和民國四個朝代三百五十多年，與臺灣的開發密不可分。神恩浩蕩，其功厥偉，它的威靈照耀了臺灣各角落，護佑了多少代漂洋過海的臺灣同胞創造美麗的家園，成為臺灣的宗教信仰中心，被譽為臺灣王爺總廟。