新一季會基於原著第二部《奧秘匕首》（The Subtle Knife），Lyra和Will會在一個名為Cittagazze的地方花上很多時間。與此同時，來自首季的諸多角色則會花費大量的精力試圖找到Lyra，有人帶著善意，有人則動機不純。
作為電影版《黑暗物質》以外的電視劇版，故事講述了在異世界中，一系列兒童失蹤事件正在陸續發生，而擁有守護精靈的萊拉·貝拉奎亞在尋找失蹤朋友過程中，發現了父親追尋的神秘物質及黑暗真相的故事。
在這個世界中，所有的人類均擁有被稱為守護精靈的動物同伴，這些動物是人類靈魂的具象體現，萊拉·貝拉奎亞成長於英國牛津的約旦學院，在她前往倫敦尋找被拐賣而失蹤的朋友羅傑過程中，發現一系列兒童失蹤事件與神秘物質「星塵」有關，而隨著線索的展開，她還發現了涉及到阿斯瑞爾勳爵和瑪莉莎·庫爾特的危險秘密，這個秘密與自己息息相關。
《黑暗物質三部曲》「背景」強大，劇集由BBC和HBO兩大頂尖電視臺共同打造，而「一美（X教授）」在劇中飾演野心勃勃的勳爵阿斯裡爾，《金剛狼3》中飾演金剛狼「女兒」的X23達芙妮·科恩飾演主角萊拉。
雖然只是電視劇，但是製作小組非常強大，《黑暗物質三部曲》的第一部導演是憑《國王的演講》獲得第83屆奧斯卡最佳導演獎的湯姆·霍伯。