（一）古神廟文獻碎片：鯀治水神話剖析
雖然在傳世記錄中，每當提及治水之事，經常會聯繫到治水英雄大禹，並描繪其所具有的超越性神力，但這並不足以否定其歷史性。中國神話中，成湯、帝辛、周文王、周武王、周穆王、周幽王、管仲、秦穆公、漢高祖、漢武帝、關羽、梁武帝、唐玄宗等等很多歷史人物在後期記憶中也成為神仙、聖王英雄或昏庸暴君，作為崇拜的或反面的對象，雖在神話中描述他們具有超越性的表現，但同時也不能因此而否定歷史上確實存在這些人。同理，我們亦不能像疑古學者那樣，僅僅以傳說中大禹被神格化作為依據，而否定曾經有這種歷史人物。
不過，前引《淮南子·本經訓》關於舜帝時候治水的事情，與「大禹治水」大告成功的故事，並不是同一件事，這是「大禹治水」之前的另一場治水。這一點與女媧補天或各地所傳世界大洪水的故事很不一樣，世界大洪水是一次性發生的重大災害與世界的再生，而不是人們長期管理水的記錄。但是，在有關大禹治水這一傳說之不同版本的描述中，曾經在堯帝和舜帝時代都發生了多場持久重複的浩大洪水。在此過程中，堯舜都盡力治水，其中也包括治水英雄鯀用堵的辦法治水而失敗；後來從鯀死後的變形體中通過神生方式誕生的禹，改用疏的方式，通過艱辛而持久的努力，最終治服洪水。
一般來說，大洪水是一種突發性的異常災害，但是，所有文獻記載中隻言片語的描述表明，堯舜禹時期的「洪水」更像是水位長年持續升高所引發，是年年汛季，水量超過人們原有排水設施所能承受的範圍，因此經常造成水患。傳說中，鯀、舜、禹先後都治水，也都很努力，但這三位英雄的命運卻不同。
古籍描述鯀治水時，高水位長年不退，嚴重威脅人們的生產與生活。在此情況下，鯀數次被推舉為治水負責人，採取築堤防水的方式，但奈何此時洪水正酣而治水失敗。《尚書·堯典》云：「九載，績用弗成。」又云：「『諮！四嶽，湯湯洪水方割，蕩蕩懷山襄陵，浩浩滔天。下民其諮，有能俾乂？』僉曰：『於！鯀哉。』」《史記·五帝本紀》亦載：「堯又曰：『嗟，四嶽，湯湯洪水滔天，浩浩懷山襄陵，下民其憂，有能使治者？』皆曰鯀可。堯曰：『鯀負命毀族，不可。』嶽曰：『異哉，試不可用而已。』堯於是聽嶽用鯀。九歲，功用不成。」在此情況下，根據《淮南子·修務訓》和其他諸古籍載，堯「殛鯀於羽山」。
鯀治水失敗，被殺而身死的原因，並不在於他不努力。根據《山海經·海內經》之記錄將其歸罪於「竊帝之息壤以堙洪水，不待帝命」。這實際上是在描述並否定一種具體的治水做法，所以我們或許可以推想，這隱約反映出人們對這種以土築城治水方式的失望和憤怒。《呂氏春秋·審分覽·君守》言：「奚仲作車，蒼頡作書，后稷作稼，皋陶作刑，昆吾作陶，夏鯀作城，此六人者所作當矣」，描述作城是鯀的偉大功勞。但是，築城只能保命保家，若田園被淹，無法正常生產而使生存根基被動搖。這種以土城、堤壩保衛家園的方法，可能是當地人們以往所用之古法。但因當時所謂「洪水」，是長年持續的大範圍內水位升高事件，築壩護城已無法達到目標，故鯀之失敗，是用古法治水的失敗。《山海經·海內經》續言：「帝令祝融殺鯀於羽郊。鯀復生禹。帝乃命禹卒布土以定九州。」表達鯀失敗後被殺而化身成禹，重新換做法，使得治水成功。《論語·泰伯》更詳細記錄了夏禹治水的辦法：「惡衣服，而致美乎黻冕；卑宮室，而盡力乎溝洫。」利用「溝洫」 以治水，即多開闢農田間的水道。溝洫既有灌溉作用，亦可排盡積水以平治水土。
安妮·比瑞爾認為，堯殺鯀的故事隱示洪水與犯罪的關聯。但以筆者淺見，這種並非遠古的故事，未必符合用神話的典範來理解。鯀的「罪」只在於其治水做法不符合實際所需，他並無道德上的罪，尤其是在神話中，禹這位大英雄居然是鯀之復生。文獻留下了很具體的關於治水設施的描述。世界上哪會有討論人工技術準確性的創世神話？創世神話神哪有不用超越性神力（譬如「補天」），而用修城築壩或開溝洫這種人世間的勞動去解除洪水的破壞力？所以，上述記載更像是人世間的事情，是有關原本就具有人之本質的英雄的描述，只不過被加上神格化的包裝。
筆者認為，文獻中所留下的有關鯀治水的蛛絲馬跡，最初可能源自神廟檔案，即在後來出土及傳世文獻中被稱為「冊」「典」和盟書之類的文字紀錄。這些檔案離不開信仰的形象以及用作「祭冊」的功能，但其具體的內容卻基於社會生活，故雖然是用信仰禮儀的語言在表達，卻依然能夠看出社會中的事情。我們不應忘記，在各地上古文明中，國家神廟是最主要的社會組織機構，國家公共工程由廟會安排，並經過公共祭禮活動來堅定。堯派鯀治水的內在意義，乃不僅是在表達由鯀來負責公共治水工程的協調和安排，亦在表達他負責相關祭禮活動，負責祈禱崇高對象以安寧洪水。
進一步觀察，堯殺鯀的事情，更有可能是當時社會普遍存在的獻巫之禮，即負責治水的祭司鯀的任務失敗，因此被犧牲而獻給神，以祈禱加強治水的力量，克服水患。從甲骨文留下的記錄可知，獻巫之後人們又反過來祭祀他。有關鯀的神話恰好也表達，被殺死的鯀成為神獸崇拜對象，他入羽淵，三歲不腐，而自鯀腹生禹。《山海經·海內經》郭璞注引《開筮》云：「鯀死三歲不腐。」《天問》曰：「焉有虯龍，負熊以遊？」《左傳·昭公七年》載：「昔堯殛鯀於羽山，其神化為黃熊，以入於羽淵，實為夏郊，三代祀之。」唐代陸德明《左傳釋文》：「熊一作能，三足鱉也。」《爾雅·釋魚》：「鱉三足，能。」可見，鯀並不是被判罪而否定的對象，反而是受崇拜的治水神。根據神話，鯀在水下界化生成禹以通天，同時把自己治水的神力傳給他化生的兒子。《禮記·祭法》：「鯀鄣洪水而殛死，禹能修鯀之功。」文獻所述全面使用了神話形象的語言，但是所表達的意義並不是英雄犯罪而致大神憤怒暴發洪水，相反地，這些神話都是在描述如何長期累積克服大水的能力。
根據《山海經·海內經》所載，堯帝特別選擇火神祝融，命他殺鯀。筆者推論，此種描述更加突出獻巫禮的內在意義：火與水為相對元素，若處於均衡的狀態才為吉，這種觀念在甲骨文祭祀辭中已可以看到。火神祝融殺鯀的意思與此一致：在公共祭禮上，鯀被獻給火廟的廟主，此舉旨在加強祈禱用火的力量來克服當時大洪水的施力。所以，這些神話，都是基於以廟為統治機構的社會所留下的傳說，在兩三千年以後的戰國漢唐時代文字紀錄中，還殘存和保留了神權時代的表達方式。
《楚辭·天問》曰：「不任汩鴻，師何以尚之？……鴟龜曳銜，鯀何聽焉？順欲成功，帝何刑焉？永遏在羽山，夫何三年不施？伯禹愎鯀，夫何以變化？纂就前緒，遂成考功？」這是生活在約兩千多年以後，早已遠離當時信仰與神權意識形態的屈原，已不能接受殺鯀之事的原委，故而在敘事的同時，為其實無罪的鯀所受之冤屈鳴不平。
總而言之，鯀的故事，雖然也描述洪水，卻不宜將其與滅世大洪水這一類範型神話混為一談。文獻所留下的有關該故事的碎片記錄，最初應該是源自當時神廟的檔案，雖然使用了祈神、念咒的神秘語言，但卻隱顯當時的社會活動，即因年年面對高水位對農田造成的破壞，而需要安排治水設施，亦需組織大型祭祀活動，同時也引起一些社會緊張，包括各神廟之間神權的互鬥。在這種情況下，負責水神的祭司鯀被推舉出來領導治水，但他以傳統的築城堤的方法來治水，由於當時所謂洪水實乃常年水位升高，他的做法並未有效減輕洪水對家園造成的威脅。鯀因此被獻祭，被殺死後卻又成為人們的崇拜對象。
（二）虞舜水患及治水記錄
據文獻所述，洪水持續很久，堯舜都面臨這一問題。這一特點顯然也不符合世界大洪水神話範型，因為後者皆屬一次性發生的大事件。有關舜治水的故事，《孟子·滕文公上》云：「當堯之時，天下猶未平；洪水橫流，泛濫於天下；草木暢茂，禽獸繁殖，五穀不登；禽獸逼人，獸蹄鳥跡之道，交於中國。堯獨憂之，舉舜而敷治焉。舜使益掌火，益烈山澤而焚之，禽獸逃匿。」
依這段話的描述，堯時命舜治水，採取的措施卻不是治水，而是放火燒山。這可能也是以火克水的祭禮活動。不過同時從所採取的措施來看，是文獻記載水位雖有上升，但似乎還沒有發展到威脅人們生產生活的地步；高溫溼潤的氣候使草木茂盛、野獸橫行，所採取的對策之目標亦僅限於此。換言之，雖然在多年時間裡，洪水常常發作造成社會不穩，常常需要面對洪水而治水，但卻還沒有達到造成社會全面崩潰和人類滅亡慘禍的地步。
（三）三苗時代洪水持續發作但疏於治水
在《史記》所編正統英雄神史中，把不同的歷史英雄合為一家，把大禹描述為舜的臣屬。這是世界各地正統古史通見的修辭方法。但若從另一個角度思考，如果大禹臣於舜，為什麼文獻沒有描述他如何傳承舜帝？又假如大禹直接統治在舜之後，為什麼他就位的時候天下混亂，需要「徵三苗」而重新建國？堯、舜、禹都是正面大英雄，舜帝統治所留下的天下不應該像大禹所接受的那麼混亂。前文也顯明，據文獻記錄，舜帝時代雖然常常需要加強治水，但卻仍能控制住，沒有造成農田荒蕪、社會崩潰。如何理解此間矛盾？
新石器時代直至青銅早期，山地獵民和平原農民有著廣泛而影響深遠的互動歷史。依照當時族群互動大背景，筆者推測，所謂「三苗」是低地農耕社會對周圍某一些山地獵民的泛稱。當代人類學家對東南亞及華南山地和低地社會的研究表明，山地遊獵或遊耕社會與低地農耕社會存在共生關係；前者由山地獵民及逃避低地國家統治的農民進山而形成，其社會結構不穩定，經常在平等與階層之間作周期性振動，其所需要的一些關鍵經濟資源依靠低地社會供給，所以經常有內在動力下山搶奪或進行和平交換。相應地，農民與獵民的互動，既有和平共處，亦有戰爭與徵伐。由於和平交易屬於日常生活背景，不屬於英雄大事，所以很少會被列入傳說中，古代人只會記載國家大事，因此文獻也多次提到所謂「三苗之亂」，應該是指曾有數個生活在農耕國家周圍的山地獵民族群，多次下山侵擾農耕社會，甚至一度佔領和奪取了農耕國家政權，造成農耕社會系統性混亂。
根據文獻所表達，大禹有兩個大貢獻：第一是治水，第二是徵服三苗並建立夏國。文獻中零星提及，三苗曾構成長期持續的騷擾和威脅。堯舜都斷續面對三苗的攻擊，雖然數次擊退他們，但同時也付出很大代價，如《尚書·舜典》曰：舜「竄三苗於三危。」《淮南子·修務訓》：「堯立孝慈仁愛……竄三苗於三危……舜作室……南徵三苗。」孔穎達《禮記正義》說明：「言苗民者，有苗，九黎之後。顓頊代少昊，誅九黎，分流其子孫，為居於西裔者三苗。至高辛之衰，又復九黎之惡。堯興，又誅之。堯末，又在朝。舜時，又竄之。後王深惡此族三生兇惡。」也就是說，顓頊常討伐九黎，最終徵誅；但在堯舜時與九黎同類的三苗又起來攻擊，堯舜多次「竄三苗」，但卻沒辦法全面打敗他們。導致最後，根據《竹書紀年》所留下來的歷史記錄的碎片，三苗還是成為了統治者，以致於禹時還得繼續面對三苗。童書業曾論證，禹之有天下乃由於徵有苗，三苗曾與夏、商一樣為「王」。也就是說，在堯舜統治和夏禹新興國家之間，還曾存在過三苗施政的時代。
關於三苗施政，《竹書紀年》留下的描述如下：「《汲冢紀年》曰：『三苗將亡，天雨血，夏有冰，地坼及泉，青龍生於廟，日夜出，晝日不出。』」《墨子·非攻下》亦有接近的記錄：「昔者三苗大亂，天命殛之。日妖宵出，雨血三朝，龍生於廟，犬哭乎市，夏冰，地坼及泉，五穀變化，民乃大振。高陽乃命玄宮，禹親把天之瑞令，以徵有苗。」《竹書》的隻言片語亦使我們理解《史記》所代表的正統英雄史所隱藏或有意忽略的黑暗時期，即在堯舜與禹夏之間，曾有過一個被人詬病的三苗政權。世界其他古文明都曾經歷過這種情況，如兩河流域曾由古提（Guti）和嚕嚕咇（Lullubi）等山地族群統治。
筆者認為，三苗的「三朝」應不是很短的幾年混亂而已，而是較長的歷史階段，否則大禹的功勞在當時人的眼目中不會那麼大，在後人的記憶中也不會被這樣神格化。筆者判斷，三苗之三朝統治的時間，或許跟歷史上一般王室的情況差不多一樣長久，即或不精確推理，大約有二三百年左右。所以，從大約公元前第20世紀建立夏王國向前推算，三苗統治年代應落在距今4 300—4 000年間。巧合的是，三苗統治的時代，也恰與古提和嚕嚕咇等山地族群統治兩河流域的時代大體相當。後來由烏圖赫加爾（Utu-hengal）和烏爾那木（Ur-namu）兩位烏爾（Ur）國王，大約在與大禹同一時代略早些（大約公元前2050年）打敗古提，重新疏通溝渠、修理灌溉系統，統一了政權。這或許也可謂世界史「軸心世紀」的表現之一。
文獻中沒有三苗時期的任何治水記錄，但有關於其時自然環境的描述，如：「天雨血，夏有冰，地坼及泉」，可以理解到此時氣候條件變得過於異常。是為天災，同時亦為人禍。由於三苗統治者源自獵民，對大型農業社會的管理經驗嚴重不足，也不重視，這使其施政嚴重背離了農業社會的基本要求。譬如，三苗政權的行事節奏不像農業社會那樣嚴格依循農時和遵守農業曆法，甚至篡改農業曆法，導致「日妖宵出」「雨血三朝」「夏冰」等天地農時紊亂現象（文獻中一貫地表達了將這種異常天象與極端氣候歸罪為三苗人禍的態度）。又如，他們也不像農業社會那樣了解水土，不能組織灌溉工程的修繕與維護，導致溝渠堵塞、灌溉破壞、農田荒蕪，「地坼及泉，五穀變化」。三苗政權還背離農業社會結群與整合的內在規律，他們彼此間互鬥、掠奪、耗盡資源，導致社會功能紊亂，「龍生於廟，犬哭乎市」，將原來秩序良好的堯舜農耕國家弄得混亂不堪。
因此，可以推想，大禹治水的核心貢獻，不是因為當時洪水最大而使其治水功績最高，而是因為社會混亂和水利工程經年失修，到大禹打敗三苗並重建農耕國家與社會時，需要組織的工程變得特別浩大，需要重新恢復農田，恢復正常的社會生活。這不像昔日堯舜面臨洪水而按時修田壩的情況。因此在當時歷史背景下，大禹所做的事被視為功勳特別卓著，這也是他在後裔的眼目中被視為大英雄的主要原因。