一部11月上旬，湘軍乘勝東下，連佔彭澤、望江，東流，楊嶽斌水師越過安慶攻佔銅陵，前鋒直至泥漢口，與江南大營西上之紅單船」取得聯繫。這是一種江南大營從廣東奏調的外洋帆力船，船型大裝炮多，活動於金陵附近長江水域。11月24日，水師返抵湖口，胡林翼水師馬步專注九江，以期迅速攻克由於失去小池口和湖口的支持，九江成了座孤城。從1858年（鹹豐八年）3月30日起，李續賓、楊嶽斌督率湘軍圍攻九江，晝夜環攻，地道雲梯，多路並舉。林啟榮則督率守城將士，城垣隨塌隨補。胡翼見湘軍傷亡慘重，函囑李續賓等相機持重，不要操之過急，以免造成更大傷亡。林啟容令士兵和民眾在城裡空地種麥子，用草和麥子合起來做餅充飢。消息傳到城外，李續賓說，堅守四年很難，這樣的困境下還能做草麥餅。
李續賓惺惺相惜，射書城內招降。林啟容到城頭來作答，謝謝好意，厚誼心領，但「自知不赦」，你決定不了我的生死，我就算投降也會被處死，我們還是接著往下看吧。「自知不赦」是清方記載，湘軍記，包括將來對安慶葉芸來、蘇州李秀成，都曾經招降；李秀成在《自述》裡也用過這樣的詞，說你們都可以投降，但是我作為主帥，投降也是死，還不如不投降，先頑抗一陣。這種說法可能有違太平軍統帥的本意，因為事實上，太平軍裡也有投降的，包括將來李鴻章在蘇州殺降的那些，如果不是因為別的事，條件談不攏的話，那些人並不一定會死。既然不肯投降，只好繼續攻城。湘軍建炮臺，類似攻擊小池口一樣，用大炮轟擊。
炮不可能轟塌城牆，而是用炮做掩護，在下面挖地道。想靠一條地道就能成功，很難，同時挖幾條。這條被破，那條還在那動工。工程兵作業時炮聲晝夜不息，目的是幹擾，讓對方沒法通過聽聲音找出地道。最終挖成一條填上一萬五千斤火藥。安排士兵在城牆附近的土坡挖貓耳洞那樣的小洞，躲在裡面、為的是城牆一旦炸出缺口，就趕緊搶攻進去，不要讓對方臨時把城牆口補起來。1858年（鹹豐八年）5月8日、12日，湘軍地道轟塌九江東門、南門城牆登城士兵被太平軍拋擲的大桶火藥炸死炸傷，缺口重新堵住。此戰，湘軍死傷無數，胡林翼奏報說，湘軍「傷亡士卒之慘」，使將士「莫不欲歐飲泣」。
19日湘軍用地道轟塌九江東南城牆百餘丈，湘軍「前者傷，後者繼進，衝上城頭」。林啟容率部下浴血巷戰。一萬七千多將士全部英勇戰死，其壯烈為太平天國戰史中所僅見。有一種說法是，林啟榮是被部下殺死的，估計是所謂將功贖罪要拿來向湘軍請賞。結果湘軍對九江實行了屠城，殺掉一萬七千多人。湘軍大規模屠城，這是第一回，用湘軍自己的話講，因為塔齊布死在九江城下，羅澤南之死也與九江有關，湘軍從上到下懷著強烈怨恨，所以才會屠城。李續賓凱旋武昌，官文和胡林翼郊迎，胡林翼把官署讓給李續賓下榻。
鹹豐皇帝賜黃馬褂。李續賓在軍中穿著與士兵差不多，而黃馬褂不能穿在粗布衣衫上，得加在正式官袍上。胡林翼趕緊叫人到市面買袍料，做藍袍。藍袍是清代官服，袍子是一樣的，不同官位配不同補子。穿上官服，把帽子戴上，朝珠掛上，就是官服。李續賓身材高大，黃馬褂穿在身上小。副官建議把黃馬褂改大點，李續賓說，這東西由內務府織造，一針一線不能動。他沒有再穿過，因為確實難看。湘軍攻佔九江後，準備東進。胡林翼說:「目前大計，自應以九江得勝之陸師渡江剿辦，先清北岸，而後再及於江南，水師則先清安慶，而以餘力分討金陵，或再以餘力，調入蘇杭太湖等處。」一個月後，東進計劃進一步明確為:「李續賓統師由中路進攻，都興阿由宿（松）太（湖）進兵，楊嶽斌水師直攻安慶。」
正在這時，太平軍各路將領匯集於安徽樅陽鎮。當時他們首先商議的不是如何對付湘軍東進，而是如何破清軍的江北大營，以打通天京與江北的交通會後，太平軍便兵分兩路，李秀成一路回滁州地，陳玉成率一路北上，於8月23日攻佔廬州，然後東走店埠，梁園，進向滁州，與李秀成部會師後，於9月27日攻破江北大營，重佔江浦，揚州、六合等地，打通了天京北路糧道有必要提及，李續賓打下九江時，後方支持是湖北巡撫胡林翼。那時曾國藩仍然在老家丁憂。沒過多久，曾國藩就二次出山了。
曾國藩先赴長沙見駱秉章與左宗棠。駱秉章奏摺保舉曾國藩再度出山曾國藩知道。他更想見左宗棠。左宗棠罵他最厲害，認真想想，罵得也不錯，自己不該負氣離開湘軍，而且伸手要官，不是初衷，徒取其辱，所以一定要以老子的「大柔非柔」，以屈求伸的態度處理好左宗棠及諸文武官員的關係左宗棠已四十七歲，在駱秉章幕府中襄理軍務，還是體制外的人，沒有官職雖然如此，他的名聲很高。御史宗稷辰向朝廷推薦人才，把他的名字排在第一位鹹豐皇帝順便打聽了他的情況，記下名字。
後來鹹豐皇帝接見郭嵩燾，君臣又議論了左宗棠，當皇帝知道左宗棠常以未中進士感到自憾時，便託郭嵩燾帶話寬慰他:「不必非要以文章功名建功，而要在國家用人之際立業。經駱秉章傳話，曾國藩見左宗棠，與左宗棠交談，毫無掩飾之情。左宗棠不免納悶:自己罵他那麼厲害，他卻屈駕造訪，消解了心中疑團，兩人和好如初。他們從用兵談到做人，左宗棠那氣沖斗牛，以天下蒼生為己任的凜然正氣感染著曾國藩。但此時的曾國藩已不再是一年前的曾國藩了，儒道融揉的老練、神鬼莫測的神態，連左宗棠也感到曾國藩再次出山，已非昔日可比了。