瑪雅文明最大的神奇之處就在於，他們雖然處於石器時代，但是卻誕生出很多讓現代人擔驚訝的成就感，所以產生很多的謎團，瑪雅文明到底有什麼神奇的地方。
瑪雅文明是發布於在現今墨西哥東南部，瓜地馬拉，洪但拉斯，等地區的叢林文明，誕生於公元前10世紀，也就是3000千多年前，公元1502年哥倫布最後一次遠航美洲。
這次他來到了，洪但拉斯灣，在這裡歐洲人第一次接觸到了一個叫做瑪雅文明，但是這也為瑪雅文明帶來了災難，之後西班牙侵略者席捲了美洲大陸，最先遭到破壞的是與瑪雅文明同屬美洲3大文明的，啊茲特克文明。
到了1523年一支西班牙探險隊來到了尤卡坦，打算在這裡建立西班牙殖民地，而他們的第一步就是摧毀當地人們的信仰，在這裡推行基督教，人家都打到家門口了瑪雅人自然也不能屈服於是瑪雅人展開了長達百年的反擊戰，但是一個石器時代的文明怎麼敵得過他們的長槍大炮。
1697年最後一個瑪雅城邦在西班牙人的炮火中灰飛煙滅，但是瑪雅文明的覆滅，並不是因為西班牙人的侵略，其實早在公元9世紀左右，瑪雅人就已經出現了，大舉遷移的現象大量的城池被放棄到處都有修建至一半的，金字塔，寺廟和城堡，人們開始從城市走向兩林，瑪雅文明仿佛一夜之間就消失於美州的熱帶叢林中，也就是從這個時候開始，瑪雅文明也從全盛的古典期進入到後古典期，瑪雅人為什麼要放棄己有的城池，轉身走進深山兩林之中，至今仍然是一個謎。
瑪雅文明的所以城市中並沒有發現過金屬製成的工具，大部分工具都是石頭做的。
這意味著瑪雅文明還處於石器時代，一提起石器時代，大家腦海中會出現什麼的畫面，是不是一群野人圍著簡單的皮圍裙拿著長石矛等工具嘴裡嗚呀呀的呼喊著去抓獵物和野獸住的是簡單的小木屋，吃的飯是野獸的肉和採集來的果實，其實在某些地方瑪雅人也差不多，他們不會牲口種植也不會靠畜牧，這意味他們完全是靠天吃飯，主要的糧食來源就是玉米，這些就是正常石器時代該有的畫面。
文明常說的四大文明有，古埃及，古印度，古中國，古巴比倫，他們都在石器時代壓根就談不上文明，連文字都還沒有，更不要說什麼數學，天文學之類的了，都是瑪雅文明不一樣，雖然生產力處於石器時代，不過瑪雅人在天文學，數學，農業，藝術意境文字等方面，卻有著極高成就，這簡直就是推翻了人們的認知。
所以很多學者都懷疑，瑪雅人的知識來源，他們覺得瑪雅人的知識，很可能是來源於別人的，教授而不是自己研究。
神奇的天文曆法，瑪雅人有自己的三套天文曆法，第一套叫做，(卓爾金歷)這套曆法裡一年發為13個月，每個月有20天，一年就是260天，第二套曆法是(太陽曆)這套曆法裡一年被分為18個月，每個月20天，還有5天禁忌日，這樣一年就是365天，並且瑪雅人將每年的天數，精確到(365.242129天)跟我們現在測量的(365.242198天)相差無幾，最後一套就是長紀年曆的第一天按照公曆是公元前 3114年 8月13日，瑪雅人根據這個曆法推算過去長遠的歷史，而著名的(世界末日)說法。
就是出自這個曆法，根據長曆年的說法，世界分為5個世紀，而每個紀元在結束時都會走向毀滅，世界也將重新開始迎接新的紀元，2012年12月21日就是一個紀元的結束，所以2012年12月21日是世界末日的說法，我們也知道當天並沒有發生什麼事，世界也沒有毀滅，後來有瑪雅人的後裔出來解釋說，一個新紀元的結束，並不意味著世界毀滅，而是迎來了一個全新的起點，世界將會走向一個全新的時代。從目前來看，除了中國的崛起，川普的瘋狂，世界格局並沒有太大的變化，
1924年，一位英國考古學家的女兒，在宏都拉斯附近的，瑪雅城市，(盧班圖姆)遺蹟中，發現了一顆水晶骷髏，這個骷髏太小和真人差不多，是用一整塊水晶打磨而成，並且下顎部分還能活動，據傳說這個水晶骷髏有3600多年的歷史，是當時瑪雅人祭祀用的重要物品，瑪雅人一共留下了 13個水晶骷髏頭，如果有人集齊了13個水晶骷髏頭就可以知道人類的過來和未來。如果這個水晶骷髏頭3600多年的瑪雅人製作的，那就顯得太不可思議了，直到十八世紀解剖學興起，人們才能準確地認識自己的骨骼結構，難道瑪雅人在3000多年前就有了解剖學，還有水晶的硬度在6.5－7之間，現在打磨水晶一般是用金剛砂，金剛砂的硬度達到了9 ，都是瑪雅人處於石器時代，是用什麼工具打磨的水晶骷髏頭呢？
2005年大英帝國博物館，用電子掃描顯微鏡，對幾個傳說中的水晶頭骨，進行測試，但是並沒有發現手工打磨的痕跡，反而發現了現代機輪留下的弧線，於是將這些水晶頭骨定義為：現代的工藝品，因為當時英國的水晶頭骨多如牛毛，誰不知道哪些是真的哪些是假的，大英帝國博物館檢測的只是一小部分，不代表沒有真正的水晶骷髏頭。
瑪雅文明大部分的成就都出現得很突然，很可能是來自於地外高等文明的饋贈，這些水晶骷髏頭骨會不會也是來自於地外文明的饋贈。
瑪雅文明並不像四大古文明一樣有著自己的帝國，他們從未被統一過，而是以上百個大大小小的超邦組成，其中(帕倫克)就是最大的城邦之一，帕倫克輝煌的締造者就是，他們的國王 (巴加爾二世)是在二世紀公元615年登基成為帕克國王，當時他只有12歲，在他的帶領下，帕倫克從一個小的城邦成為瑪雅西部地區的霸主，並且巴爾加在位時間長達68年，是瑪雅歷史上在位最長的國王。
1952年考古學家發現了，巴加爾二世的陵墓，是一座高大的金字塔，奇怪的是瑪雅人的金字塔和埃及金字塔很像，但是這兩個文明都是獨立發展起來的，之間並沒有任何的聯繫，巴加爾二世的遺骸，就躺在金字塔下方的石棺中，而讓他名聲大嗓的就是石棺上雕刻的畫，這一幅畫是一個故事。
巴加爾二世正在掉入地獄而他的背後則是升起的聖樹，直到1961年4月12日，前蘇聯發射了世界上第一艘載人飛船(東方1號)宇宙飛船，人們發現壁畫中的巴加爾二世，似乎與正在駕駛宇宙飛船的太空人很像，更有人將這個浮雕圖案用3D模型做了出來。
神秘的瑪雅文明，瑪雅人究竟去了哪裡沒有人知道，一直是個謎。