神秘數字是人類在認識世界的過程中逐步形成的文化產物，其發生根源為史前時期的某種原始數觀念。在文化人類學視野中，神秘數字在觀念上主要有藉天地表象認識空間方位、以空間觀念表達時間意識、以人自身直觀類比等生成來源。因此，「如果我們試圖追溯附著於各個聖數的情感值的起源，那麼我們幾乎總能發現，它的基礎是神話空間感、時間感或自我意識的特殊性」。具體而言，在人類尚未認識並理解附著於世界萬物表象的數的蒙昧時期，某些與自然界秩序或結構存在著某種對應關係的數字被賦予了神秘意義，甚至被認為是上帝或造物主特別選定的數。
由於地理環境、氣候風物、思維習慣、文化心理的差異，某些民族的文化中會產生該民族特有的神秘數字。例如，中國古代社會中 「五」和「八」的數字，因為「五行思想」和「八卦學說」的盛行而具有西方民族所不及的神秘色彩。在日本，大和民族最鍾情的數字是「七」，「四」和「九」等數字則是令人生厭的。在西方，深受基督教文化影響的人們往往對數字「十三」敬而遠之。可見，神秘數字具有民族文化的特殊性，不同的民族賦予了神秘數字不同的象徵意義和文化內涵，是該民族宇宙觀、價值觀、審美觀的反映。然從總體來講，在認識世界的進程中，人類的智力水平並未由於種族和地域的不同而存在較大的差異。不僅如此，人類認識世界的思維與觀念是非常接近的。所以，在不同的民族、地域會出現諸如「二」、「三」、「四」、「七」、「十」、「十二」等人類共有的神秘數字的現象。
有關神秘數字的文化一直存活於中國源遠流長的歷史長河中，並滲透在神話、民俗、文學、宗教、語言等多個領域裡。在中國神秘數字譜系中，以 X=2n，X=3n，X=（3×2）×n 這三組立算公式衍生出來的「二」、「四」、「三」、「九」、「十二」、「二十四」、「二十八」、「三十六」、「七十二」、「一百零八」等神秘數字，它們不僅是原始數字觀念的載體，還蘊含著人類的集體無意識中深厚的文化內涵和多樣的構型作用。在中國古代的神秘數字當中，神秘數字「二」和「三」較之其他神秘數字不僅具有更為神秘的意義，也被作為文化元編碼和結構素運用被人類長期運用。久而久之，人類便在數字崇拜基礎上產生了關於神秘數字更深的信仰。
《老子》云：「道生一，一生二，二生三，三生萬物」。神秘數字「二」象徵天和地從混沌一團中分化和獨立，它是對事物對立統一規律的高度概括，象徵著雙數和對數，表示形式上的對稱和對偶。作為神秘數字，在很長一段時間內，是作為切分世界的原型編碼而存在的。「三」作為萬事萬物發展的基數，「天、地、人」三才的齊備才成了化育萬物的前提，所以，「三」形成了宇宙創化的第一個完整的單元，亦是數的認識史上的一個質的飛躍。
一提起數字「二」，我們首先想到的是諸如陰陽、天地、日月、男女、剛柔等並列且對立的二元範疇。雖然我們無法順著古人原始思維的路徑，追溯宇宙世界為什麼會有天與地、日和月，也無法探討人類萬物為什麼會有男女、大小，更無法回答古人因何將時間分為春秋二季、將空間分為東西二方。但可以肯定的是，「一分為二」顯然是人類認識、切分宇宙世界的必經階段。混沌的世界因為「一分為二」而逐漸變成了晝夜交替、寒暑往來的有序世界，可見神秘數字「二」與「二分時空」密不可分。
《周易·繫辭下》云：「古者包犧氏之王天下也，仰則觀象於天，俯則觀法於地，觀鳥獸之文與地之宜，近取諸身，遠取諸物，於是始作八卦，以通神明之德，以類萬物之情」。由此可見，古人以「自身」為參照，將「男」、「女」二分法推及世間萬物。這就意味著，神秘數字「二」的神秘性的確立與母系社會男女二元關係聯繫緊密。
張開焱先生在《敘事作品三維結構的文化基礎與精神持徵》一文中指出，前男權社會盛行著神秘數字「二」崇拜：「『二』作為前男權社會的元編碼聖數，與兩個方面的歷史因素相關。一是前男權社會的女陰崇拜，二是前男權社會男女婚姻關係的短暫性只突出了二元關係。大量人類學資料顯示，在前男權社會生殖崇拜對象中，女陰崇拜是最重要的。 而女陰與男陽的刻符和數字表示式，則常為女二男一，郭沫若等早已指出，中國古代八卦符號中的陽爻『一』即男根的象徵，而陰爻『一—』為女陰的象徵。男一女二，男奇女偶，是八卦卦爻象數的一個通用密碼，更重要的是，男女婚性關係在前男權社會的頻變性、短暫性，只突出了二元意識，強化了二極特徵，這一切，都可能是『二』作為女性的象徵數，並作為前男權社會文化元編碼的社會歷史基礎」。由此可見，對於神秘數字「二」的起源，從時間上可以追溯至母系社會。
我們幾乎可以說，「天、地、人」是宇宙世界的三分序列。「三」在中國古代是很多事物凝結成數理結構所倚重的神秘數字。例如，「三皇」、「三聖」、「三世」、「三統」、「三教合流」、「三足鼎立」無不反映出神秘數字作為跨文化、超時空的通用符號和中華民族、不同的祖系間的匯通和凝結。
就神秘數字「三」的起源而論，笛爾斯所著《On the number nine of scared number》（《論作為神秘數字的「九」》）和《 》以及烏節尼爾（H.Usener）所著《Dreiheit》（《論「三」》）3等研究資料表明：「三」起源於人類社會計數不超過「三」的時代，卻與「多」緊密相聯。通常，人們大都認為神秘數字「三」源於《周易》「三畫成爻」的卦畫組合模式或「道生一，一生二，二生三，三生萬物」4的記載。
誠然，《周易》卦爻之象似乎是老子的宇宙生成模式的數理化或圖像化。以陽爻、陰爻各為一畫，積三畫而成一卦，三畫的不同排列構成八卦。由一畫二分為陰、陽二爻，由二爻組合成三畫而成卦，這就是「一生二，二生三」。而八卦本以代表萬物，此後的六十四卦及三百八十四爻，不過是對八卦的進一步推衍。並且，「三生萬物」的表述除了慣用的表達方式以外，還蘊含著古人對世界的認知方式和心理定勢。在指稱「多」時，「二」猶不及，「四」則過之，唯有「三」最宜。