《藥師經》講:【時彼世尊，入三摩地，名曰「除滅一切眾生苦惱。」既入定已，於肉髻中，出大光明；光中演說大陀羅尼曰：
南(ná)謨(mó)薄(báo)伽(qié)伐(fá)帝(dì)。鞞(pí)殺(shā)社(shè)。窶(jù)嚕(lǔ)薛(bì)琉(liú)璃(lí)。缽(bō)喇(lā)婆(pó)。喝(hē)囉(là)闍(shé)也(yě)。怛(dá)他(tuō)揭(jiē)多(duō)也(yě)。阿(ā)囉(là)喝(hē)帝(dì)。三(sān)藐(miǎo)三(sān)勃(bó)陀(tuó)耶(yě)。怛(dá)侄(zhí)他(tuō)。唵(ōng)。鞞(pí)殺(shā)逝(shì)。鞞(pí)殺(shā)逝(shì)。鞞(pí)殺(shā)社(shè)。三(sān)沒(mó)揭(jiē)帝(dì)莎(suō)訶(hē)
三摩地是入正定境界，此境界是什麼境界？滅除一切苦惱的境界。佛陀進入了這個三摩地，從頭頂上出大光明，於光中演說大陀羅尼總持咒語。這是全咒，顯教、密教所有關於藥師咒語都集中全了。這個咒子平常至誠念誦，效力很大。
經常念誦此咒，臨終時可以往生淨土琉璃世界，有八大菩薩護送到西方極樂世界。現生可以健康長壽，此咒有大威德，若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。
經言：曼殊師利!若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食，或藥，或無蟲水。咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提」。此言於此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。
藥師灌頂真言(藥師咒)，修持讀誦能拔一切業障、護持身心安康、使得消災免難、去病卻苦、得無量福慧。
許多人都聽過藥師佛的殊勝功德，藥師法門，是根據經典唐朝玄奘大師所譯的《藥師琉璃光如來本願功德經》。在這部經中，釋迦牟尼佛介紹出藥師佛國，藥師佛十二大願度眾生。並開示許多消災延壽之妙法。以及東方淨琉璃世界的種種殊妙，修學藥師法門還有十二藥叉大將，在佛前發願守護，因此修持藥師法門者，不僅能得到世尊藥師佛的加持，亦可受到十二藥叉大將的護念，感應迅速。
藥師佛不忍眾生深受病苦惡業纏身，入於除滅一切眾生苦惱三摩地，頂髻放光、大地震動，宣說藥師咒，我們如果發清淨心、慈愍心，用一杯乾淨的水置於佛前，念108遍藥師佛咒給病人飲用，必能早日解脫病苦。若能日日念誦此咒，能滅除惡業和病苦。
若有受病苦纏身者，尤其在這個時期，人們遭受病魔之苦，很多無明病、瘟疫橫行，若能發清淨心，持念藥師佛咒，甚至能懺悔、素食，加持力更是加倍功效。
同時可兼念「南無藥師琉璃光如來"聖號，若能觀想藥師佛像，功德無量，大家都修行藥師咒，身心自在、福慧圓滿。
平常心裡念，做事也好，開車也好，出門也好，隨時念，無病延年，可以保健康。即使死了，因持藥師咒，命終之後，往生東方藥師琉璃世界，得不退轉，乃至菩提，到那裡再去留學進修。
藥師佛的正法寶藏是什麼？這就是我們大家需要深入研究了。不要忘記，藥師佛十二基本大願就是正法寶藏，這十二大願的精神所在是什麼？就是「捨己為人」四個字，忘記了我自己，而為一切眾生著想。換句話說，藥師如來的正法寶藏是一切利人，不是利己。
如果我們只曉得念藥師經，盲目地祈求藥師佛保佑我，消災免難，又要長壽，又要不生病。又想進醫院時醫藥費最好便宜一點，或者向醫生打個折扣，最好不花一毛錢拿三包藥，先吃一包，另外兩名還可以留著將來慢慢吃。這種心態啊！不是學藥師佛，那是三惡道的心態。
所以，我們研究藥師經，歸納起來，就是四個字：「捨己為人」，一切為利他而著想，這才是他的正法寶藏。
藥師法門，其修行的原理在那裡呢？先要以現行的、現在的意識作為生起次第。換句話說，拿現在的名辭來說，要從自己的心理建設開始，先擴充自己的心量、願力，學習藥師佛初發心的大願，以捨己為人為目的。先由心的轉變，然後是身的轉變。
你想請藥師佛給你醫病，很容易！你走他的願力，就有感應，病就會好，身體就會健康。
念藥師佛沒有感應，是你自己沒念好。你生病求佛沒有感應，是你自己沒有救自己，沒有真懂藥師佛的道理，真懂了立刻有感應。
你念佛不是以清淨梵行之心去求，而是以妄想多欲之心、愚頑痴騃之心去求，所以藥師如來的光永遠不會與你相接。
因此要想修藥師法門，隨時要修一切清淨梵行。何謂梵行？就是清淨行，究竟的清淨，沒有一點渣滓，沒有一點瑕疵。絕對清淨莊嚴之行謂之梵行。
自己內心不修清淨梵行，光想念一聲「南無消災延壽藥師佛」，就算藥師佛想替你消災，你也得不到感應，因為你心裡有如莊子所說的「夫子之心，其蓬也夫」，亂草一堆，琉璃光想進都進不來，你的心裡被亂草般的煩惱塞住了，得不到加庇。
歸納一句話，不是光口念就能達到絕對的效果，要注意啊！要想達到絕對的效果，必須要心行，由現行心理上的修持，然後影響到身，身心合一的那個心行，才能夠做到。
如果念到藥師琉璃光境界，你自性光中，父母所生之肉身的大藥就產生了。這在道家、密宗是求之不得的，叫「天元丹」，是從虛無中自然而來。藥師如來從虛無中自然而來，大藥自然產生。
換句話說，你的心光、性光要與藥師佛的心光相感應，自心還到自性的光明中，那是最大的大藥，這個藥是不死之大藥，所以藥師如來是修長壽法。
如果真正修持的藥師法門，生命是自己可以控制的，自己不能把握生命而受生老病死，尤其是病死橫死所支配的，都不算是八正道的正命。
你們要懂一個要點，藥師佛的修法，是包括了一切佛最高深的秘密的修行法門，不是普通人所能了解；同時也暗示了我們父母所生的這個報身是可以常在的，自己真修這個法門的話，當然功德也要到。