光緒二十六年(1900年)春夏秋三季，直隸南部地區發生互有關聯的嚴重旱災。袁世凱在向光緒的奏摺中說：「畿輔荒早，赤地千裡，民不聊生。」惡劣的天氣為病菌的孽生創造了有利的生存環境，疫病廣為流傳。光緒二十八年(1902年)六月，京津地區再次大範圍的爆發疫病。光緒二十八年(1902年)五月初一日，平靜的璦琿縣城內突然掀起波瀾，因為在城內出現了第一例霍亂病，死亡人數達60468。
患病者都出現劇烈的腹瀉與嘔吐，眼眶下陷，兩頰深凹，神志淡漠不清。由於嚴重瀉吐而引起的體內鹽類大量喪失，使鹼儲備下降，出現肌肉痛性痙攣，因而當時史料記載此病為「霍亂轉筋」。從這一天起，璦琿城內一片恐慌，因為霍亂傳染性很強，沒幾天在城內迅速蔓延開來。當時傳染上霍亂的病人都是呈「縮筋構攣」的病症，在一再的腹瀉和嘔吐後，肌肉出現劇烈的痙攣。而這裡的老鼠成為瘟疫根源，大面積的傳播。
有個愛國志士挺身而出，這個人就是伍連德，他是廣東人，當時31歲，劍橋大學醫學博士，中國現代醫學先驅、中國檢疫、防疫事業的創始人，中華醫學會首任會長，北京協和醫學院及北京協和醫院的主要籌辦者，1935年諾貝爾生理學或醫學獎候選人，是華人世界的第一個諾貝爾獎候選人，他被任命為東北三省防疫總醫官。
經過多次的實驗他發現，這種鼠疫的病毒竟然以飛沫傳播的，比以往兇險百倍的新型鼠疫-肺鼠疫，此後伍連德多次實驗證實自己的判斷，他就把這新型鼠疫的流行判斷，告訴了在哈爾濱的各國領事，遭到了列強們的蔑視。他們根本不相信，這個其貌不揚的中國人能控制這場鼠疫！所以伍連德的研究成果沒有被列強們接受。
列強們的質疑過後，立即有日本專家邁尼斯來到了哈爾濱，他命令助手抓了大量的老鼠，解剖並且研究，但一無所獲，沒有發現所謂的鼠疫桿菌。但是，當伍連德博士向他介紹自己的肺鼠疫的時候，日本專家邁尼斯嗤之以鼻，他全面否定了伍連德博士的判斷，瘟疫是老鼠傳播的，滅鼠才是關鍵，就在伍連德要闡述自己的觀點的時候，邁尼斯勃然大怒，他認為這個不天高地厚的年輕人急於表現自己。
邁尼斯強迫東三省的總督錫良任命他為東北三省總醫官，伍連德為了大局著想，立即把位置讓給了邁尼斯，這個時候，鼠疫利用交通運輸的便利，迅速蔓延，一會兒蔓延了整個東北三省。有往全國蔓延的趨勢，每天都有上百人死去，洋人都畏與華人來往，奧匈帝國派來執行鼠疫的士兵也在相繼死去，全國上下籠罩在死亡陰影下，漸漸的鼠疫讓洋人們感覺到了事態的嚴重性，他們決定向清政府的外交家施肇基施加壓力，如果伍連德失敗，他必受誅連。
施肇基經過多方的斡旋，清政府免除了日本專家邁尼斯的東北三省的總醫官的職務，伍連德博士被重新任命，清政府還派遣了京畿地區的醫學學者和醫護人員，一共五十人以供伍連德驅使，經過四個月的工作，伍連德終於撲滅了這場聲勢浩大的鼠疫，國內外為之震驚，清政府為表彰其功績，授予陸軍藍翎軍銜及醫科進士，伍連德博士也被譽為國內外防疫工作的權威。