陳念祖，字修園，又字良有，號慎修，福建長樂縣湄村人。幼年時家貧，刻苦學儒，兼習醫典，隨名醫蔡廷玉學習，盡得其傳。乾隆五十一年，補諸生，乾隆五十七年中舉。嘉慶十四年，任職樂亭知縣。任職期間，勤政愛民，救災濟苦，深受樂亭人民愛戴。公事之餘，運用醫術之長，治病救人，聞名於世。
相傳嘉慶十六年，樂亭縣內洪水泛濫，念祖微服到汀流河視察災情，住在了鎮上的王家客店。店主人的妻子患病，數年百治不效終日腹痛難忍，呻吟之聲達於戶外。念祖的隨童得知，悄聲告訴店主人說：我的主人能治此病。店主人聽後，喜出望外，遂即前去叩求，念祖欣然答應。診後說道：「此病不難醫治，一付藥便好。」立刻給他開了藥方。又說道：「我今日有事，須要回去一趟，最遲五日還要回來。」
念祖走後，店主人馬上就去藥店抓藥，藥店的司藥一看處方，不覺吃了一驚，告訴他說：「這是一劑毒藥，給你開方的人，一定和你有仇。」店主人問其原故，司藥告訴他說，方子開的是，紅礬六錢，灶心土六錢，共為細末，溫白開水送下。紅礬又名八步斷腸散，少用也能要命。這麼大的量，服後必死。店主人聽後，長嘆一聲說：「我看開方的這位客官，是一個好人，我與他無冤無仇，人家為什麼要害我？這個病是生不如死，萬一用藥後出事，並無所怨。」司藥說道：「依我看不如先抓半付，試一試看，如真的有效，然後再抓那半付。」店主人聽了說道：「這個法子也不錯。」隨即抓了半付，回家後就給他的妻子吃了。
服藥以後果然立時腹中就不疼了，一家人喜笑顏開，都說是遇到了神醫，來了救命的活菩薩。誰知歡喜不到一個時辰，病人突然腹痛，大叫一聲，口中吐出鮮血，氣絕而亡。
病人暴死，如同頭上炸雷，全家人手足無措，嚎啕哭叫，並且驚動了全鎮。四鄰街坊，詢問其經過，人們聽了以後，都心中懷有不平，一齊給店主人出招兒，叫他不要埋葬屍體，暫時停放在屋中，等客人來時，向他討一個公道。
五天之後，念祖果然來了，進門就問病人的情況。鄰裡得知，都急忙趕來，一上前，都說他用藥害死了人，不平之聲，難以平息。念祖仔細向店主問了究竟，沉思片刻說道：「我是本縣縣官陳念祖，這個人命大案，如果責任在我，我絕不會推託，請你們找人拿我的名片和一封書信，去縣衙把師爺找來，一定給大家一個滿意的答覆。」
當時在場的人，一聽說治病的是縣官，都吃驚不小，只得遵命而行，以觀其究竟。師爺到後，同時也帶來了杵作。念祖把裡長和鎮上的主事父老都找了來。面對眾人說道：「店主人妻子的腹痛，是因為胃裡面有兩條蟲子，並且是一雌一雄。得了這個病的人，平時愛吃甜食。我用紅礬與灶心土配方，是為了引誘蟲子來吃，但必須是六錢紅礬，才能將兩條蟲子全都藥死，紅礬雖然毒大，因為被蟲子吃了，卻與主人無害。而病人卻只吃了半付，這是一條蟲子的藥量，所以只死了一條。那一條雖然吃的不多，但為藥所制，也發了一個昏，因此當時腹中就不痛了。等未死的蟲子還陽之後，見它的同伴死了，就大鬧不止，這才導致了破胃貫腸，腹中暴痛，吐血身亡。今天叫杵作破腹驗屍，以證餘言，如不符，願以性命相抵。」
等仵作解剖了屍體之後，果然從腹中拿出了一死一活的兩條蟲子，與念祖的說法一樣。在一旁觀看的父老群眾，這才個個心悅誠服，都說致死的原因，責任在於店主人和司藥不尊醫囑，而不是念祖用藥不當。從此以後，縣令的治醫之能，不翼而飛，處處皆知，去縣衙找他治病的人越來越多。
以上這個傳聞故事，雖然於史無據，在念祖所著的《公餘醫案》中，也找不到記載，但是卻在樂亭民間相傳已久。
古時的大儒，悲人世之危難，志在行道以救民。古時的大醫，傷沉痾之莫救，志在治病以救人。陳念祖說：「三不朽事，立其言居其一，若能明仲景之道，不為異端末學所亂，民不夭亡，其功德且及於天下後世也。」
既懷救人之心，須懷救人之術。陳念祖的醫術來源於家傳與師承，更有自己之心得。不欲懷術以居奇，而欲利濟於天下，他在公事之餘，秉筆著書，一生中寫下的醫著有一百五十餘卷之多。其《傷寒論淺注》和《金匱要略淺注》完成於嘉慶十六年，都是在樂亭為官時的著作。其子元犀說：「家君公事稍暇，取傷寒金匱書，業已三四注者，而又易其稿。」《公餘醫案》一書，就是他在任時的醫案。《長少方歌括》所載，嘉慶十四年，曹扶谷等的諸多病例，也是他在任時的醫案。而《時方妙用》、《神農草本經讀》出版於嘉慶八年，《醫學三字經》出版於嘉慶九年，鑑於他當時醫名影響，凡行醫之人紛紛購買。在上世紀五十年代，很多老中醫，都能夠將《醫學三字經》背誦得朗朗上口。
陳念祖在樂亭做了三年滿任縣令，易地繼續做官，為醫仍在公事之餘。與念祖為同鄉的林則徐說：「聆其談醫，有見垣一方之言，竊謂近世業醫者，無能出其右也。」又說：「先生在官在鄉用其術活人歲以千計」，足以證明他在當時的名聲。
陳念祖的醫術曾名震京師，澤及神州，他的醫學著作至今流行海內外。